《蝴蝶效应3》的结局中，山姆了解到，唯一能彻底阻止灾难发生的方法就是回到过去，在他姐姐出生之前将她流产。经过一番挣扎，山姆决定采取行动。他穿越回过去，劝说母亲流产，从而在他的时间线上消除了姐姐珍妮的存在。
然而，这一举动产生了额外的后果。山姆发现，由于他姐姐的不存在，他的父母关系变得紧张，最终导致他的母亲离开家庭。这给山姆带来了巨大的创伤，他意识到自己虽然拯救了姐姐，但却牺牲了自己的家庭幸福。
最后，山姆决定再次改变过去。他穿越回过去，告诉母亲她将生下一个特殊的孩子，而这个孩子将会拯救很多人的生命。这说服了山姆的母亲生下珍妮，并最终恢复了山姆原本的时间线。虽然这次改变过去仍然产生了一些负面影响，但山姆相信，这是他所能做出的最好决定。
结局意味着山姆在经历了一系列悲剧和困难之后，终于找到了一种方法来拯救他所爱的人，同时承担了自己的选择带来的后果。总体来说，结局表现出主人公在时间和命运面前的无力感，以及我们在生活中经常需要做出的艰难抉择。
