故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺斯) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘女性，自此亚伦的身体就开始发生了变化。另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的青梅竹马萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。在两年之后，天马终于成为了天马星座的圣斗士。另外一方面，受到潘多拉引导的亚伦，体内的冥王哈迪斯的灵魂觉醒，并向圣域发动全面进攻
这部动画可以说是圣斗士的前传，讲述的就是上次圣战的经过，所有的出场人员都是历代的圣斗士，黄金白银青铜，精彩程度超越了前作，和冥王篇，
圣战开始后，天马成为讨伐冥王军的一员，得知哈迪斯于自己故乡的小镇复活，于是加入了讨伐队，没想到冥王竟然是自己的好友亚伦，并被亚伦亲手*死。但由于戴在手上的花环注入了当年雅典娜的祈祷，灵魂得以在冥界保持自由意志，并获得了在冥界寻找圣战获胜关键的新任务，最后通过处女座圣斗士阿释密达的考验，帮助阿释密达取得木栾子后复活回到嘉米尔，穿上藉由阿释密达之血而复活的新生圣衣再次开始战斗。
返回圣域后，天马又数次与亚伦及其麾下的冥王军对抗，但一直处于下风，只在偶然的时候爆发出惊人战力。目睹数位黄金圣斗士的战死后，为了获得更强的力量，一度前往卡隆岛接受被称为“鬼”的神秘男子特训，领悟到第七感，实力大增。圣域军向LC进军开始时，天马及时赶回，参加了对星之魔宫的攻略战，途中意外与父亲杳马和母亲帕蒂塔相遇，帕蒂塔以生命为代价帮天马取得神圣衣。在众多战士用生命换来的前进道路终点，天马终于得以与亚伦正面对决，并在残存同伴们的协助下将亚伦打倒。
其后为了击退哈迪斯的真正灵魂，与萨莎、亚伦一起前往最后的决战地，从此音讯全无。
