病原微生物指朊毒体、寄生虫（原虫、蠕虫、医学昆虫）、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。
病原微生物是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物，或称病原体。病原体中，以细菌和病毒的危害性最大。
浇灌粪肥的蔬菜会被病原微生物污染，距离施肥时间越近，蔬菜表面大肠菌群数量越多，用自来水浸泡、冲洗等方法对去除蔬菜表面的大肠菌群有一定效果，其中以冲洗效果最佳。此外，最好的*灭蔬菜病原菌的方法是沸水浸泡。
病原微生物分为非细胞型病原微生物、原核细胞型病原微生物、真核细胞型病原微生物三大类：
1、非细胞型病原微生物
主要包括病毒和朊粒等。病毒无细胞结构，仅由蛋白质外衣包裹核酸构成，如甲型肝炎病毒、SARS冠状病毒等。朊粒是一种感染性蛋白质分子，能够引起动物和人类脑组织慢性海绵体变性，如疯牛病及人类的库鲁病。
2、原核细胞型病原微生物
由裸露的DNA盘绕形成原始核质，没有核膜和细胞器，包括细菌、立克次体、衣原体、支原体、螺旋体，属于广义的细菌范畴。
3、真核细胞型病原微生物
包括真菌、原虫等。此类微生物具有核膜和复杂的细胞器，如引起疟疾的疟原虫及引起皮肤病的霉菌等。
