文 | 海若镜
2022年夏天,合成生物学在创投领域的热度仍在延续,创业项目和融资新闻屡见报端,红杉、高瓴、经纬、源码等投资机构持续加注。面对高门槛、硬科技的合成生物学,不少投资机构选择“投人”与“投项目”结合逻辑,和国内知名高校、科研院所合作,进行产学研合作和创业孵化。
对于合成生物学在创投领域的热度,行业内也有诸多讨论:中国合成生物学是虚火,还是积累多年的爆发?应用合成生物技术,有望解决哪些难题?AI、大数据和自动化实验平台,在国内应用程度如何?未来又将为行业带来怎样的赋能?
为了探究相关问题,36氪专访了中国科学院院士、分子微生物学家、中国科学院合成生物学重点实验室专家委员会主任赵国屏,站在全球与历史的高度,从科学研究、技术创新、应用转化、融资创业的多个视角,提供上述问题的思考。
赵国屏院士,受访者供图
赵国屏:首先,这可能与近两年中,资本市场上“可投资资金”总量缩减、生物医药领域“投资回报预期”下降有关;投资界期盼将手头有限的资金,投入到更具有潜力的领域。在这个背景下,合成生物学“相关企业“或“创新创业”,在多年来吸引社会和产业关注的基础上,于去年下半年到现在,获得了几笔大额融资。
虽然回顾合成生物学发展的历程,可以说是“水到渠成”的结果;但是,一些不知底理的人,就认为合成生物“一下火了起来”。当然,有人想乘机“赌一把”或者“捞一把”,又顺水推舟地“吹一把”,也不是没有可能的。
赵国屏:20世纪70年代开始到80年代末,短短二十年时间内,人类实现了对基因的写读编(即克隆、测序、突变/扩增),成就了生命科学的分子生物学革命。90年代开始的“人类基因组计划”,将对上千碱基基因测序的技术迅速上升至对百万至上亿、乃至数十亿碱基基因组测序的水平,以基因组数据为基础的计算生物学、系统生物学迅速发展起来。
2000年,采用生物基因“元件”构建逻辑(门)线路(包括生物开关、压缩振荡子以及自动调节的负反馈线路)工程的成功,将工程科学“自下而上”的研究理念引入生命科学领域,推动了“合成生物学”的重新定义。美国国家科学基金会(NSF)联合其他部门在2002年提出的“会聚技术”(Converging Technologies),即纳米(Nano)、生物(Bio)、信息(Info)、认知(cogno)四大前沿科技的两两融合、三者会聚或四者集成,突破学科边界,成为研究策略和研究过程的一种新范式。“会聚技术”将不同领域的理论、技术和方法集成而形成重大问题的系统性解决方案。
2003年,在大肠杆菌底盘细胞中,采用异源基因元件构建青蒿素前体合成线路的成功,展示了采用合成生物技术提升代谢工程能力的巨大应用前景。至此,具备“合成生物学”领域特征的研究手段和理论基本形成。
之后,二代测序(高通量测序能力)、诱导多能干细胞(哺乳动物细胞重编程能力)、人工合成细菌和酵母基因组(基因组设计与合成能力)、CRISPR-Cas系统为基础的基因组编辑等技术的突破,迅速提升了合成生物学使能技术(Enabling Technology)的水平;同时,化学(特别是材料)、物理(特别是成像)、数学、计算科学的进步,为设计、改造与合成生命提供了有效的工具包(tool kits)。与此同时,合成生物学密切相关的定量生物学和工程生物学也迅速发展起来。2014年美国国家科学院发布了《会聚:加快生命科学、物理科学和工程学以及其他学科的跨学科整合》的报告,指出“会聚研究”是推动生物科技革命的战略思想和方法。
近年来,我们也与国际同行一起在思考合成生物学进一步发展的方向。2021年9月底召开的“香山科学会议”,指出合成生物学要解决的核心科学问题是生命结构相变与功能涌现的机理;并在揭示其规律的基础上,提升改造设计合成生命系统的能力。为此,一方面,要在高质量实验观测数据的基础上,揭示复杂生物系统背后的定量维象理论,并以合成生物学的工程化迭代研究范式加以验证(白箱模型);另一方面,要在合成生物工程平台上产生的海量标准化生命系统大数据的驱动下,通过机器学习等人工智能手段,揭示生命系统的定量规律(黑箱模型),两者的会聚整合,就是定量合成生物学的研究体系。
赵国屏:2005年,中国高校参与iGEM竞赛(国际基因工程机器大赛),可以看作是“合成生物学”理念进入中国的标记。2007年,中国科学院组织开展了我国18个重要领域“至2050年科技发展路线图”的战略研究。在“重大交叉前沿”的领域中,专门列出了“生命起源、生物进化和人造生命”的重大方向,指出“在生命起源与进化方面,合成生物学的出现打开了从非生命的化学物质向人造生命转化的大门,为探索生命起源和进化,开辟了‘从整体论角度去解读生命-复杂动态系统’的崭新途径,将可能导致生命科学和生物技术的重大突破,并对人口健康、生物经济和资源环保等领域前沿产生革命性的影响。”
2008年,在先后召开关于合成生物学的香山会议、东方论坛的同时,中国科学院合成生物学重点实验室启动,标志着在这个新兴前沿交叉学科领域,中国生命科学界系统性研究工作的起步。
应该强调的是,中国合成生物学的起步与发展,都离不开国际合作和交流。2010年,英国同行发起,经一年筹备,2011-2012两年中,举办了三次“三国六院”(中国、美国、英国的三个科学院及三个工程院)合成生物学研讨会,三次大会的议题分别是:英国,“合成生物学与社会财富”;中国,“合成生物学─使能技术”;美国,“合成生物学——为了下一代”。无论从科技挑战到赋能潜力,还是从当前瓶颈到未来前瞻,都对推动中国合成生物学在科学理性的道路上扎实而迅速的发展,发挥了重要作用。
与此同时,中国政府在863、973这两类重要科研计划中,都部署了合成生物学的研究内容。当然,这个过程中,中国科学院也付出了很多努力,除建立全国首个合成生物学重点实验室之外,在天津和深圳都与地方政府合作,做出了战略性的布局,建立了专门研究机构。
回顾合成生物学在中国走过的17年发展历程;今天,我们高兴地看到,我国在这个新兴的前沿领域中,已经形成了一批从事这方面研究的实验室、研究单位,成长起了一批杰出的青年科学家和科研团队,产出了一批“建物致知”、“建物致用”的成果。所有这一切,不仅在国际同行中获得了普遍的认可;而且通过向生物技术与生物工程的转化应用,显示了强劲的“赋能”潜力,产生了比较好的经济与社会效益。
赵国屏:我们的实验室在2008年挂牌的时候,正如一些专家说的那样,是“挂羊头卖狗肉”的状态。那时,我们实验室虽然在微生物代谢调控,基因组与功能基因组研究等领域有一定的基础,但具体的研究方向和研究体系,还不能说是真正的“合成生物学”。
但我们是认真的。对于科研工作而言,在自己习惯的道路上走顺了,建立了成熟的技术平台,沉淀了相当的工作基础,继续做延长线上的研究,会比较得心应手;而如果要从头开拓一个全新的研究领域,不仅必须实实在在地把新领域所需要的技术、研究体系建立起来;而且,还不得不舍弃一些自己熟悉的“项目”─“有所不为”比“有所为”更为艰难!
那真是不容易的转型十年!但我们坚持下来了。2018年,我们从基因编辑技术的原始创新到代谢流平台支撑的新知识发现,从构建单染色体酵母的“建物致知”研究,到构建人工细胞工厂合成系列稀有人参皂苷的“建物致用”,都获得了令人兴奋的突破,完成了凤凰涅槃、浴火重生!
现在回想,正对应了马克思所说的那句话,“在科学的入口处,正像在地狱的入口处一样,必须提出这样的要求: 这里必须根绝一切犹豫;这里任何怯懦都无济于事”。
赵国屏:这是一个很好的问题,也是一个很难回答的问题。因为“合成生物学”一方面是“合成科学/合成有机化学”、“系统科学/系统生物学”以及“工程科学/工程生物学”高度融合的新兴学科,直到现在,科学界对其定义也还是见仁见智的;另一方面,它对于与生命科学和生物技术相关的各个领域都高度渗透、“全面赋能”。因此,其内涵边界也极难界定。
但是,经过过去二十多年的发展,合成生物学的确是逐步成熟起来了。中国科学院生命科学与医学学部,在自然科学基金委的支持下,在过去近十年间,针对“合成生物学”开展了两轮“发展战略研究”,我们最新总结的定义是:
在工程科学理念指导下,综合系统、合成、定量、计算与理论科学手段,采用“设计-构建-测试-学习”的迭代研究,认识生命,创建特定结构功能的、工程化生命系统的理论架构与方法体系。与此相关,合成生物学以计算机设计,基因/基因组合成及非天然生命功能分子/器件(包括元件、模块、线路、底盘)构建,先进检测与学习方法等“工具包”为核心的使能技术支撑。
合成生物学有明确的学科内涵和产出方向:以在工程科学“自下而上”的理念指导下,基于学习自然、抽象规律、理性设计的元件与模块的构建或创制,基于测试-学习-再设计-再建造的迭代的底盘细胞或细胞工厂线路构建及网络调控编程,实现目标导向的工程化研究范式为基础内涵;以工程化生命(人造生命、正交生命、合成细胞、原细胞等)的构建来研究生命科学重大问题的“建物致知”导向为生命科学内涵;以生命过程的工程化(模块化/底盘、工程生物学等)改造与重构来解决生物技术重大挑战的“建物致用”导向为生物技术/生物工程内涵。
综合起来,“合成生物学”的“会聚”特性及“赋能”潜质,是其在上世纪生命科学“分子生物学革命”和“基因组学革命”基础上发展起来并得以超越,从而支撑了“会聚革命”的核心禀赋。
与此相应,生命科学与生物技术已在合成生物学研究理念的指导下、在使能技术的推动下,发生巨大的变化。“建物致知”不仅让我们在“格物致知”的同时,开拓了研究生命未知领域的新策略,而且,开始从根本上打破“生命”和“非生命”的界限,尝试去探知生命结构相变和功能涌现的原理。“建物致用”不仅大大提高了以“改造生命过程”为核心的生物工程与生物技术的设计能力和实施效率,而且,从根本上开启了“创建复杂可重复、定量可调控的生命过程”的生物技术方向,为应对人类社会发展面临的战略挑战,提供全新的理性设计和工程实现的能力。
赵国屏:这个问题的出现及对其认识都比较复杂。如果说,一个有大发展潜力的方向、领域乃至学科的出现,总会吸引一些人去尝试,而这些先驱者又必然在自己原有的基础上起步,那么,出现如同我前面所说的,我们实验室开始转型时“挂羊头卖狗肉”的现象,完全是不足为奇的。
如果你没有认真地去转型,而一直在靠“蹭”概念来获取“资源”,那就离“骗”也没有多少距离了!当然,也正如我前面说的,合成生物学的形成与发展与上世纪留下的基因组学、系统生物学、生物技术和生物工程等新学科新技术的积累密不可分;而且,其“会聚”与“赋能”的禀赋,又决定了它必然要在这些传承的学科和技术上,找到它的出口。因此,在许多生物技术领域的项目中,人们都容易看到合成生物学的影子;而在合成生物学的项目中,也往往避不开与生物技术到系统生物学的结合交叉。这种状况,至少在目前说,还是正常的。
我想强调,你说的对象是“公司”在“市场”上蹭概念的问题。从本质上说,公司的任务,就是在市场上销售其产品,并由此将产品的使用价值实现为价值(一般主要是经济价值);而在销售的过程中,往往需要对产品进行包装,以获得消费者(需求方)的认可。现在的事实,“合成生物学”成了一个很好的包装,而它吸引的对象,主要的就是“投资者”(既有企业、金融投资者,也包括政府和社会的资助体系)。这样,问题就回到了讨论开头所说的那个状况了,也就是说,它已经不是一个简单的对技术界定的问题了。
让我们还是回到做事情(科学研究、技术研发、产品开发、企业成长)的初心吧。难道所有这一切,不都是为了满足人民对美好生活的追求吗?评价技术优劣(先进性)的标准,就在于能否对经济社会的发展、对人民生活的提高做出贡献,有用的技术就是好技术;新的技术只要更高效、能做出更大贡献,就是更好的技术。
以目标为导向,发现达到目标中的真问题(关键问题)、真研究这些问题,最后达到解决实际问题的目标,这应该是我们做事的初心。在“合成生物学”作为一个新研究领域出现的时候,的确有些研究内容没有从实际需要出发,而是为了做合成生物学而做合成生物学,这在一定程度上的确是本末倒置的,但是,这也是难以完全避免的“学费”。应用合成生物技术和思路解决问题,一定要针对用旧方法解决不了的问题、或是解决得不够好的问题。
比如我们当初选择做稀有人参皂苷CK(Compound K)的细胞工厂生产,出发点是在于其在天然人参属植物(包括西洋参和三七)中含量极低(几乎无法被检测到),但是,被普遍认为是肠道吸收转化人参或人参总皂苷后在血液中主要发挥生理功能的一种皂苷,并在若干研究中显示了其生物活性的价值。因此,通过细胞工厂构建与优化,实现CK的高速度、高产率、高质量制备,为开发其在生物医药方面新的应用场景,提供了基本条件,体现了合成生物技术路径“建物致用”的价值。
赵国屏:目前见到的合成生物创业公司,可以分为两类:第一类是做技术赋能的基础层企业,为行业提供关键的技术支持,如DNA合成与编辑的服务、菌种的改造或重构的服务等等。事实上,这一类企业已经存在并发展了20年多年了,对于领域的技术工程化发展,是发挥了积极作用。但是,鉴于其商业模式上的局限,尚未见到突破性成长的案例。
另一类是应用层的企业,其核心商业模式是用合成生物技术开发产品,这一类商业模式比较清晰,投资者对其风险与获利的判断较为直接。因此,比较容易获得融资,成长较快。当然,正如前述,对于哪些产品真正是采用合成生物学技术生产的、其市场前景如何等方面的判断,依然是一个见仁见智的问题,我也难以做具体的评说。
但是,有两个基本选择创新企业标的的核心判断:首先,如果是以技术立本,必须是好技术,这又有两个标准,一是真正创新的技术且有专利壁垒;二是能够开发出“产品”(如原料、药品等;即便提供服务,也要做到“产品化”)且产品有市场前景的技术。其次,如果以产品立本,那就应该针对产品就事论事,不必甚至不应该以“合成生物学”作为产品的标签。
这几年,我见到了一些比较专业的投资人,他们对技术、产品有比较深入的理解及相应的投资经验;并且对于各类科学家创业者的优缺点都比较了解,不仅帮助科学家在创业路上扬长避短,少走弯路,甚至具有与科学家共同创业的胸怀与能力。对于创业者来说,遇到这样的投资者就是遇到了创业的“贵人”。
当然,在投融资这个“江湖”里面,什么样的人都有,科学家创业者对于潜在的投资者一定要做好“尽调”(这本来就是一个双向认识的过程),了解他真实的过去和现在,才能把握未来。如果发现既不懂技术、也不懂产品,只因听了合成生物学概念就想投资的人,一定要小心。
赵国屏:当初,“生物工程”在分子生物学革命影响下兴起,涌现了“基因工程”、“蛋白质工程”、“酶工程”、“细胞工程”和“微生物工程”等五个子领域(之后,又发展出了 “代谢工程”)。今天,合成生物学向这些领域的渗透,就是要将当年建筑在对“个性”自然系统加以“改造”和“优化”基础上的生物技术,上升到“共性”化“设计创制”和“可控适配”的工程化体系。
由此,当年抗生素、维生素的发酵过程,之所以工艺放大会比较麻烦,是因为目标产物原本就是天然微生物的次生代谢产物,虽然在研发阶段,对菌种做了改造,但这种改造基本不是完全理性的,更不可能是“正交”可控的。因此,在改造的过程中,必须顾及菌株整体的代谢生长;改造之后,还需要优化菌种的生长环境(即发酵条件),而这些环境一旦发生大的变化,就可能需要进一步优化,这就是你提出的“工艺放大”问题。
然而“合成生物学”指导下的生物工程,采用“设计-构建-测试-学习”的迭代研发范式,创建特定结构功能的工程化生命系统,包括代谢工程系统。因此,其工艺放大的绝大部分问题,在研发阶段,已经基本解决了。
具体到我们用酿酒酵母生产人参皂苷,如果在产量、产率上有问题,都应该在实验室水平(细胞工厂),通过优化,予以解决。因为酵母细胞工厂采用统一的酿酒酵母底盘,优化了人参皂苷前体生产的途径;而每一个细胞工厂,又仅产出一种皂苷单体,细胞的代谢通路都为该特定的皂苷单体加以优化,不仅工艺的“鲁棒性”很强,而且其纯化过程特别简单,很方便就可以获得纯度在99%以上的产品。
赵国屏:以四环三萜类人参皂苷为例,从研发到量产,核心技术是找到合适的关键酶元件并与相应的底盘代谢通路适配。这方面,我们积累了不少经验,但依然面临很多挑战,需要继续努力。第二步,就是如何利用量产的天然化合物开发产品。天然化合物一般是研究药物很好的先导化合物;但是,直接成药的并不多。尽管天然化合物“成药性”差是核心因素,但天然化合物含量低、难以分离纯化,难以得到足够的量,做进一步的药物研究和开发,也是一个重要的原因。
还是拿稀有人参皂苷CK举例:从做药的角度看,批量生产高纯度的CK,只是万里长征第一步。经过多年的研究,我们比较清晰地认识了它在成药性方面的多种特征,但是,要真正做成药,还有许多环节需要跨越。人参的功效在历史上已经被反复验证过,但是,CK、Rh2、Rg3、Rg2、F1等稀有人参皂苷单体,不等于中药人参,甚至不等于直接在人参药材中提取的人参总皂苷!能否将这些稀有皂苷做成药品,还需要明确其在治病或保健中的生物学功效及安全性,必需有从动物模型到临床医学、药学等方面的研究支持。
当然,因为有了可以量产的、高品质的天然化合物单体,其应用可以开辟一个新的天地。譬如说打通中西医、药学的基础研究:一方面如上所述为开发天然化合物为基础的新药提供更多的选项;另一方面,为研究中药机理,开发“新中药”提供创新而可行的研发思路。而且,这两个方面还可以互相借鉴和交互协同发展。
现在普遍强调中医所宣称的“治未病”,实际上可类比于现代医学对代谢失调等亚健康状态的“三级干预”(一级干预以宣教为主,二级干预以生活方式指导为主,三级干预以非药物“调理措施”为主)。现行的保健品基本就是以中药为基础的“调理品”,但是,其机理不明,有效成分或者不清,或者难以达到改善人体状态的功效。不同人参皂苷单体在降脂、降糖、降血压等方面有不同的功效,以此为研究的手段或者“成药原料”或许能够大大提高保健品“精准”的“安全有效性”。中药(包括人参提取物)在化妆品中的应用也有类似问题,也可以用同样的理念指导下,创新研发思路。我们将积极为研究者提供所需的原料。
赵国屏:还是要回到上面讲的初心,要发现真问题、真解决问题。团队周志华教授(科技部合成生物学重点专项的首席科学家)在天然皂苷的从头合成技术上研究了十多年,用合成生物方法可以产出纯度很高的CK、Rh2、Rg3、Rg2、Rg1、F1、Rh1、Re、NgR1和NgR2等10多种皂苷单体。
我们最近孵化了一家创业公司“生合万物”「生合万物(苏州)生物科技有限公司」,用合成生物学技术生产天然化合物。我们正在做两类转化:一是向市场提供大量高品质、价格合理的天然化合物单体;另一方面,希望与药物、保健品、化妆品研发机构的科学家或企业一起,深入研究人参皂苷单体及其他天然化合物的功能机制和成药性,针对与人民健康的不同层次的需求,开发不同类别的新型高效产品。
赵国屏:AI和大数据,能帮人类加速学习自然、抽象自然,最终支撑对生命体的理性设计。这话说得容易,做起来难。这三句话,正对应了首创“合成生物学”一词的法国化学家Stéphane Leduc(1853-1939)在其《生命的机理》(The Mechanism of Life)一书中对生物学发展的预测:走一条从“描述”到“分析”再到“合成”的认识之路。然而,一百多年过去,直到2020年,Alpha-Fold2的成功,才让人类对蛋白结构的认识,从观测晶体的三维“描述”跃上了基于一维序列的机器“分析”得到三维结构的高度,至于反向根据对蛋白结构的要求来设计合成一维序列,还是要期待未来的突破。但是,对应到天然化合物/药用化合物的人工细胞工厂生产,强化催化元件的筛选与改造,进而助力合成途径的重构与优化是眼前最可以期待的。
考虑到从蛋白一维序列到三维结构层面已经有大量“标准化”数据的积累,AI做起来也相对容易现实,对于复杂的细胞工厂代谢网络及其调控,AI所面临挑战的难度更是不可小觑。以大肠杆菌为例,世界上众多生物实验室在上百年间,做了非常多的生理、生化和遗传实验,积累了海量数据,但是各项研究目标不一样,数据产生的方法、实验条件也不尽相同,要把这些数据标准化标注到能够供机器学习的地步,几乎是一个不可完成的任务。
我们在前面已经提到了定量合成生物学的新研究领域,它综合工程化构建和高通量测试的合成生物学平台以及定量生物学系统表征数理建模的研究范式,为实现上述目标提供了契机。简单来说,就是由机器来做试验,采用标准化的构建与实验程序,自动化地产出海量的标准化数据,再交由AI学习,从中挖掘生物学规律,那就是数据驱动的“黑箱模型”。而在高质量实验观测数据基础上,对生物系统定量表征、数理建模并实验验证,那就是知识驱动的“白箱模型”。两者相互协同印证,不仅可为解析生命功能涌现规律开辟一个新的研究领域,而且有可能真正提升设计生命系统的能力。那时,助力设计自然界不存在的代谢通路,构建合成非天然化合物的人工细胞工厂或生物分子机器将成为常规!
赵国屏:目前,虽然国内尚无这样全面的自动化实验平台系统。但是,将其局部环节做成高通量、自动化的平台已有很好的案例,例如江南大学的表型筛选平台就做得很好。对于一般的初创公司或实验室来说,基本上也没必要从设计到构建到测试等各环节全部自动化,对没有高通量、标准化需求的环节,手动操作是可以满足需求的。
最近,位于中科院深圳先进技术研究院的合成生物学基础设施即将建成,它将为我们提供成套针对各种研究需求并具有中国知识产权的生物铸造厂(bio-foundry)流水线,是典型的机器开展自动化研究的工程平台。
赵国屏:前述“黑箱”与“白箱”结合的研究策略,直接开辟了定量合成生物学的研究方向。由此带来的极其重要的技术突破,就是真正实现生命系统的理性设计。其中,最先可以期待的突破,应该是在元件(特别是酶)的理性设计;再延伸一下,或许能跳过途径,直接预测产物。第二阶段,是希望能实现非天然途径(及其相关的非天然元件)的理性设计。
基因编辑技术,近年来虽然实现了重要突破,但是,其可使用范围还需要扩大,编辑的便利程度、效率、特别是精准性都有待提高。底盘系统也需要改进,一方面要把微生物底盘与理性设计的元件及线路匹配得更好;另一方面必须开发一些新的非微生物底盘,以适应更复杂天然化合物生产的需要。前几年我们开发了植物底盘,以提高植物天然化合物途径研究与人工生产,今后,有必要尝试动物底盘细胞的研发。
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