又见主角强势出场，上次故事中，机器人占领了整个世界，利用人类的生物电能和身体热能作为能源。为了控制人类，机器人向人类大脑传输电子信号，建立了一套虚拟的矩阵。在这部电影中，男主角尼奥肩负着拯救更多人类的重任。现在，他已经变得非常强大，其他反抗军的舰长带来了一个坏消息。
人类最后的栖息地锡安已经被机器人发现，机器人正在使用巨大的机器钻头打洞。预计三天后，所有的幸存人类都将面临毁灭的命运。在虚拟矩阵中，反抗军的舰长们正在开会，此时，无敌的男主角担任保镖，轻松击败了追来的特工。男主角和女主角回到了阔别已久的锡安，这是一座深入地底的钢铁城市。由于所有的人类都被压缩在这里，他们只能垂直居住在各个房间里。虽然人类苟延残喘地活着，但这里的军事指挥官正在积极布防。
今晚是一年一度的狂欢日，孟菲斯作为屡立战功的舰长，不仅业务能力强，热场功夫也是一流，一番鼓舞人心的演讲，将场子的情绪调动到了极点。在这种激情之下，男主角和女主角也度过了他们生命中的第一次。第二天，飞船的能源已经得到补充。
孟菲斯再次带着大家出发，前往寻找先知，希望从他那里得到建议。刚进门，男主角就遇到了先知的守护者，一看就是个华人，自然中国功夫使得行云流水。这也让男主角能够和他过招。男主角的保镖带着他穿过一条长长的走廊，这里就是矩阵的后门入口。每一扇门都可以通往程序员想去的地方。程序员当然是建立矩阵的人了，一扇门打开，果然，先知出现在这里。
先知并不是人类，他其实也是系统的一个程序，但似乎并不是站在系统的那一边。关于她存在的意义，男主角问了半天也没问出个所以然。临走前，先知告诉男主角：如果想要拯救锡安，就必须找到系统的核心。要找到核心，就必须找到锁匠才能打开大门，锁匠就是矩阵的一个密码程序。说完，先知就匆忙离开了。原来，特工史密斯已经追踪到了这里。在男主角上次的行动中，他似乎受到了男主角的影响，发生了异变，拥有了特异功能，可以像病毒一样自我复制。更重要的是，他似乎已经不再受控于系统。为了自己，他甚至想要感染男主角。毕竟现在的男主角非常强大，通过一番痛苦的挣扎，男主角成功摆脱了史密斯的控制，史密斯只能召唤更多的自己的复制品。
男主角和女主角一起加入了战斗，就像打不死的小强一样令人讨厌。男主角直接离开了，锁匠的位置谁也不知道，除了矩阵里无所不知的瘦脸哥。
