故事的一开始，在原本普通的不能再普通的一天里，突出出现在第三层墙壁的瓮城之外的超大型巨人，一脚踢开了封锁墙内墙外两个世界的大门，这个举动改变了所有人的命运。一直在墙外徘徊的巨人们，一下子就从缺口里进来，随之而来的是一幕幕惨剧。陷入地狱的人失去感知恐惧的能力，没有陷入地狱的人在恐惧中苟且偷生、四处鼠窜。
而这还不最坏结果，在瓮城的门被攻破之后，瓮城通往第三城墙内的门被另一个巨人——铠之巨人的一个加速跑给撞开了，这就意味着人类生存的空间被压缩在仅剩的两座墙内。奇怪的是，打破两扇大门的那两个巨人却停止了向中心前进，而是消失了。此后，人们生活在不知道这两个巨人什么时候再度出现，将剩余的两座城墙也给破坏了的恐惧中。
在104期兵团临近毕业的时候，超大型巨人再度出现了在了第二层墙壁的瓮城之外，再一次将瓮城的门给突破了，这就意味着，铠之巨人有可能再度出现，将瓮城连接第二层墙壁内部区域的大门给打破。在104期的新兵们失去了希望之际，突然出现的一个奇特的巨人给了大家希望，后来证实这个巨人是艾伦变身的。艾伦的横空出现打破了别有用心者的计划，此后，铠之巨人没有再次出现。兵团利用艾伦的巨人之力，堵住了瓮城的缺口，人类迎来首次胜利。
之后女巨人企图在壁外调查的时候夺走艾伦，结果却中了团长的圈套，差点被调查兵团捕获。在回到城里之后，团长再度设计，终于捕获了女巨人。由5年前的巨人*乱引发的户籍管理混乱终于整理完毕，调查兵团发现了跟女巨人——亚妮同乡的还有另外两个人，他们就是莱纳和贝尔托尔特，其巨人身份分别是铠之巨人、超大型巨人。
调查兵团紧急出动，想要诱捕这两人，结果出现意外，莱纳自曝身份以拉拢艾伦，最后演变成正面冲突。调查兵团VS超大型巨人，进击的巨人VS铠之巨人。铠之巨人依靠着自身能够硬化的能力，让艾伦吃尽了苦头。虽然艾伦发现了铠之巨人会在奔跑的时候暂时解除部分硬化的秘密、并运用亚妮交给他的搏击技术勉强能和铠之巨人打成平手。却在最后关头被突然下落的超大型巨人砸中，被铠之巨人获得抓走了。
在森林区战斗的时候，埃尔文团长倾尽调查兵团的兵力，并调用部分宪兵团的兵力，却也被野外徘徊的巨人们拉入苦战当中。在眼看着汉尼斯叔叔被曾夺取自己母亲性命的巨人也夺走性命之后，艾伦崩溃了。紧要关头却没办法巨人化的他，直接用自己的拳头跟巨人硬碰硬，结果却引发了奇迹。艾伦拥有的坐标之力，在无意中指挥了其他巨人打败了准备袭来的巨人。调查兵团趁机撤退，铠之巨人准备再来夺取坐标之力，结果被艾伦再度发动坐标之力指挥的巨人给拦住了。
坐标之力，是艾伦除了巨人化之外的第一个能力，实际上这是始祖巨人的能力。艾伦本身是无法使用这个能力的，只不过刚好条件成熟了，艾伦意外的就发动成功了。在地下室的时候，艾伦终于获得了硬质化的能力，这个正是可以和铠之巨人抗衡的能力。之前的第一次战斗勉强能打平手，下一次交手的时候，铠之巨人能获胜的几率为零。
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