F1摩托艇是一项高危险的运动，在水中高速飞驰的同时还要绕过浮标，千万不要忘记这是在比赛，随时都会有赛艇在旁边出现，这又加大了危险出现的机率。
在70后期和80年代早期，F1摩托艇没有一点任何的保护措施。这些带有V8型发动机的船体，仅仅是由夹板拼合而成一旦发生意外，几只赛艇撞在一起时，暴露中在船仓中的赛手随时遇到生命危险。
80年代赛艇采用开放式驾驶舱
后来，英国F1设计者、制造商、参赛队CHRIS公司设计了一个可以抵抗强压复合型的船体，和座仓成为主结构一部分设计不同的是，CHRIS的座仓是和主结构分离的而赛手被固定在它的座位上。这样设计的目的出于，如果发生意外，座仓毁坏之后，赛手可以很安全的得到船体的保护。
2015年阿布扎比站15号和23号赛艇激烈冲撞
在90年代后期，意大供应商DAC设计出一套充气系统置于赛手的顶部以防不测。在发生意外时，它会自动的充气使赛手仓浮于水面直到救援人员的赶到。
现在的F1摩托艇船体的两端采用可以变形的材料，常用塑料泡沫，假如发生碰撞，这种材料可以吸收能量，降低穿透力对赛手的危害。驾驶舱的主要材料是碳纤维和凯尔拉夫纤维(一般用于手工制造的木制船体)，表面覆盖一层防震材料为了保护赛手的头部，肘部和膝盖，减少震动对赛手身体造成的影响。
F1摩托艇座舱内部，没有放置任何带有尖锐棱角和悬挂的物体，驾驶舱里有五根保险带来固定赛手，肩上两根、腰部两根、胯部一根。赛手的右脚控制油门，左脚根据个人的习惯用于调整赛艇的角度。 每个驾驶舱里的座椅高度、宽度都是按赛手的坐姿和习惯量身定制的，每艘赛艇都只属于一个赛手。
F1摩托艇赛手的头盔直接连接氧气
一般来讲，在驾驶舱上会有一个安全气囊和一个氧气面罩，保证摩托艇在遭到撞击时运动员不会受伤并能保证正常供氧，直至救生艇到来。同时，在摩托艇的外部也会有一个巨大的气囊随之展开，最大限度地防止艇身倾倒。而发动机在遭到撞击时也会自动切断燃油供给，防止爆炸。F1摩托艇都储存足够的空气，保证在赛艇倾覆，赛手失去意识时能呼吸到氧气，并且也能使赛艇浮出水面，便于救援队的救护。
