霍集占反叛
大小和卓是指伊斯兰教白山派领袖玛罕木特的长子波罗尼都和幼子霍集占。乾隆二十年（1755年），清军西征准噶尔，大小和卓先后降清，表示愿意率领部众一同归顺。却不料当清军成功平定准噶尔，将西征大军撤回内地后，霍集占趁阿睦尔撒纳发动叛乱，清军再次失去对天山北路的控制时，击*清军副都统阿敏道等一百多名清军，公开举兵反叛。霍集占的反叛之举令乾隆帝勃然大怒，于乾隆二十三年（1758年）正月二十六日，在确认阿睦尔撒纳已经死于俄罗斯后下令征讨霍集占。二月，清朝靖逆将军雅尔哈善率领众将与八千名清军从吐鲁番西进，并于五月初将库车团团包围。
乾隆皇帝1736—1796年在位
驻守库车的是霍集占的亲信阿卜都克勒木，其弟与霍集占先后率兵前来支援，都被清军击败。霍集占负伤逃入城中，负隅顽抗。雅尔哈善急于求胜，便下令命士兵日夜挖掘隧道攻城，岂料城内守军引水灌入隧道，淹死不少清军，乾隆帝遂改令定边将军兆惠率兵南下，参与征伐。
兆惠将军
适时库车伯克（官名）鄂对的亲眷都在城中，霍集占不仅下令屠戮，还意欲强占鄂对的妻子，对其凌辱。鄂对便向雅尔哈善提议：“将清军兵分两路，分别在库车城西、北的两处隘口设伏。等到城中粮食耗尽时，霍集占一定会出城逃跑的。”然而雅尔哈善却因鄂对是刚投降的不肯听信，疏于防范。结果不久之后，霍集占果然率领四百多人自西门逃走，其亲信也弃城逃跑，城中只剩下一些老弱残兵。
乾隆帝得知战报后大为震怒，下旨将雅尔哈善押送回京议斩，并令工部尚书纳穆札尔接任靖逆将军一职，户部侍郎石三秦接任参赞大臣，听从兆惠辖制。而此时，雅尔哈善正让哈密贝子玉素富驻守库车，镶黄旗察哈尔总管端济布作为前锋开赴阿克苏。
围困黑水营
霍集占自库车逃往阿克苏途中，其亲信被阿克苏毛拉阿舒尔率众*死，霍集占攻不下阿克苏，便转向乌什。
八月，兆惠和雅尔哈善会合，进驻阿克苏，收缴雅尔哈善官印，遣人押送他回京，随后便率军向乌什出发。当时乌什的伯克是漠咱帕尔，霍集占得知漠咱帕尔企图设宴诱擒他，便派被迫依附他的霍集斯前去招降。没成想霍集斯入城后立即倒戈，投靠清军，霍集占被迫一路退至喀什噶尔，大小和卓手中仅剩喀什噶尔、叶尔羌二城。
霍集斯向兆惠提议，可先攻打叶尔羌，截住出逃之路，再发兵喀什噶尔，波罗尼都也就只能投降了。于是兆惠率领4000人进兵叶尔羌。九月，乾隆帝令在哈萨克追剿叛军的参赞大臣富德前去协助兆惠，又命舒赫德接任头等侍卫，增派1000人赶赴阿克苏。
十月初五，兆惠抵达叶尔羌城下，但因人少不能围城，霍集占居首城门不出。大和卓波罗尼都虽然责怪霍集占轻举妄动，以致清军讨伐，但见霍集占被包围，还是亲率5000人赶来支援。月中，已经抵达乌鲁木齐的富德再次接到乾隆帝下达的指令，领兵南下巴尔楚克（今巴楚县）护卫清军台站，适时如果兆惠没有攻克叶尔羌，便可直接拿下喀什噶尔。
十三日，兆惠接到和卓士兵在叶尔羌城南的英额齐盘山放牧，便率军自城南过桥，准备抢渡黑水突袭牧地。然而才过了400士兵时，桥梁突然坍塌，被霍集占重兵包围。兆惠被打了个措手不及，损失惨重。眼看无法突围，兆惠便在黑水南岸就地结营，挖掘壕沟，这就是历史上著名的“黑水营”。霍集占也就地驻扎，将清军围困其中。前来支援的纳穆札尔与石三泰在途中遭遇波罗尼都派出的3000名援军，清军几乎全军覆没。
兆惠上书请罪，并请求调集阿克苏等地守军齐集于此，合力进攻。其间和卓士兵向黑水营数次发起进攻均被击退，便长期围困于此。十一月中，喀什噶尔的属城英吉沙尔被布鲁特人纳喇巴图等人攻陷，同时兆惠焚毁了两处和卓军营。大小和卓以为清军会和布鲁特联手，便遣人与兆惠议和，表示愿意赠送粮草，撤围相见。兆惠没有答复，波罗尼都只好回防喀什噶尔。
呼尔满激战
年底，兆惠已经被困了3个月之久，粮草耗尽，营里的士兵几乎到了掠取平民烹食的地步。而另一方，十一月初接到兆惠奏报的乾隆帝当即命富德为定边右副将军赶赴叶尔羌城解救兆惠。并任命副都统阿里衮、舒赫德、爱隆阿为参赞大臣，调集兵马、骆驼前去增援，成衮扎布征发漠北达什达瓦所属准噶尔兵丁，待次年从特穆尔图淖尔转而南下增援。同时又命陕甘总督黄廷桂为西征清军准备两万匹马。
富德接到调令后连忙率领部众从乌鲁木齐出发，日夜兼程，于十二月二十五日在巴尔楚克与舒赫德的队伍会师，向叶尔羌进发。同时阿里衮押送的马匹与骆驼也送达阿克苏了。
乾隆二十四年（1759年）正月初六，富德在叶尔羌东北的呼尔满与5000名前来拦截的和卓士兵展开激战，夜间，和卓军不敌撤退。初八，和卓军利用清军马少的劣势大举围攻，富德苦战不得突围。直到初九晚上，阿里衮率援军将1000匹战马和400头骆驼送达。黎明时分，在阿里衮、护军统领努三和富德三路人马夹攻之下，和卓军不得已向南遁逃，呼尔满一战至此大捷。
阿里衮将军
大小和卓西逃
自呼尔满之战后、大小和卓兄弟二人又因维吾尔族群众的背离而陷入困境，便决定逃往葱岭以西的巴达克山，或者再从巴达克山逃往痕都斯坦。在他们移动家眷、财产准备出逃的同时，流亡于境外的和卓后裔已经纷纷投降清朝。兆惠、富德也在筹集粮饷，并议定先取喀什噶尔，再攻叶尔羌。他们发兵之前，霍集斯也曾派亲信去喀什噶尔劝说波罗尼都归降。
六月上旬，富德与兆惠兵分两路，进攻叶尔羌和喀什噶尔，阿里衮、巴禄则率领3000人把守各处关隘。二十七日，波罗尼都带着150多户居民及家眷、奴仆，从玉鲁克岭向西逃蹿。霍集占则将叶尔羌居民的马匹、牲畜抢掠一空，然后带着勒索得来的4000两白银经伯克和罗木渡口逃往羌呼勒。兄弟二人在色勒库尔会合后继续西逃。随后，清军在喀什噶尔、叶尔羌二城伯克的迎接下进城，兆惠留下处理城中事务，富德、明瑞则继续领兵追击。
葱岭三站战
六月十五日，明瑞、爱隆阿带领2000人向西进入葱岭（帕米尔）群山中。原本意欲前往巴达克山却遭众伯克拒绝的和卓兄弟只能转而北上前往安集延。二十八日黎明，明瑞率领900名前锋在霍斯库鲁克岭追上有6000余人的大小和卓军队。和卓兄弟仗着人多，将明瑞小分队合围，明瑞且战且行，设计埋伏，最终击退和卓军。
大清统一中国的最后一战
七月，富德、阿里衮、明瑞在喀喇乌苏会合，集4000名精兵进发，在阿尔楚尔山谷与埋伏在此时大小和卓展开交战。和卓军折损1000多人，随即逃至布隆库勒湖东北的伊西洱库尔淖尔湖畔。波罗尼都在湖岸北边驻扎，霍集占在东面山峰休整。清军兵分两路夹击霍集占，和卓军溃不成军，不少人纷纷投降，霍集占则夺马而逃，趁夜绕过山岭与波罗尼都会合。十二日，大小和卓一路被清军追击，仅率妻子与不到400名奴仆出逃巴达克山，富德与阿里衮继续追剿至巴达克山境内。
大小和卓一进入巴达克山境内便遭到了衮都伯克沙马苏尔等人沿途追击。无奈之下兄弟二人只好向南前往都城牌租阿巴特。与此同时，清朝使臣也抵达牌租阿巴特与素勒坦沙会面。七月二十八日，在素勒坦沙的邀请下波罗尼都随机入城，霍集占则领兵在城外要求素勒坦沙交出清朝使臣，并表示愿意做巴达克山的奴仆。但如果素勒坦沙不愿意，他就对村庄发起进攻。素勒坦沙随即派出数千名士兵迎击，霍集占最终在齐那尔河负伤被捕。
叛乱平定
素勒坦沙将波罗尼都、霍集占兄弟分别关在柴扎布的两间房内，并派人通知富德。他一面希望能得到清军庇护，一面又害怕交出伊斯兰教先知的后裔大小和卓兄弟会遭到巴达克山的阿訇（hong）和邻国的敌视。八月二十五日，由于当地阿訇极力阻挠，素勒坦沙被迫中止交移大小和卓。次日，富德通知素勒坦沙，限其在25天之内交出大小和卓，同时令侍卫额尔登额、伍岱领兵跟随。
九月九日，素勒坦沙与额尔登额会面，称大小和卓因曾暗通巴达克山的敌国塔尔巴斯而被*死，遂派遣熟识大小和卓的纳达齐去验尸，经确认后“霍集占之尸属实”，但波罗尼都的尸首却不见了。其后额尔登额派人密访，并传讯维吾尔族妇女济尔噶勒等人，证实波罗尼都、霍集占被*之事。
三十日，额尔登额带领巴达克山使者、证人返回兵营，进献霍集占首级。再次经过确认后，额尔登额奉命将霍集占首级函送京师，巴达克山使者、博洛尔使者以及证人一同进京。数年后，清廷查出波罗尼都尸首是被其仆人盗出埋了。至此，大小和卓兄弟二人的叛乱结束。
这是清朝统一中国的最后一战，奠定了极盛版图的关键一役。
