你绝对想不到，为了拯救一个人，我们需要动用如此多的武器。而这个人，就是被特工抓住的墨菲斯。墨菲斯之所以被抓住，是因为一个叛徒出卖了我们的位置信息。就在不久前，赛弗为了享受荣华富贵，与特工合作，条件是帮他们抓住墨菲斯等人。终于，在一次进入矩阵的时候，赛弗找到了机会，向特工出卖了我们的位置信息。墨菲斯等人对此毫无察觉。
就在我们准备返回现实世界时，尼奥发现了一件诡异的事情：同一只黑猫在同一个地方重复出现两次。听到“似曾相识”，我们瞬间警觉起来。墨菲斯意识到周围的代码环境发生了问题，随后我们火速上楼，准备离开。
果然，就在此时，特工剪断了我们的电话线。恰好在场外协助的坦克通过代码也看到了这一幕，于是坦克紧急通知留守的队员赶紧逃跑。然而，当队员拉开窗帘时，唯一的逃跑路线已经被封死。其实，就在尼奥看到那只黑猫时，特工就已经通过改写矩阵代码，把整栋楼的窗户用砖墙封了起来。那只猫的变化就是矩阵被改写时出现的bug。
没有退路的队员决定拿起机枪殊死一搏。通过枪声，墨菲斯得知楼上已经被袭击，转头看去，楼下也被警察包围，我们只能暂时进入其他楼层。
危急关头，坦克告诉墨菲斯洗手间墙后有一处供水管道，我们不敢犹豫，立马钻入管道隔间里。眼看就要成功逃跑时，叛徒赛弗故意制造动静暴露了我们的位置，赶来的史密斯一把抓住尼奥的脖子，试图将他拉出墙外。
为了保住尼奥，墨菲斯决定牺牲自己。他冲破墙壁，暂时压制住史密斯，然后让崔妮蒂赶紧带着尼奥逃跑，但墨菲斯根本不是史密斯的对手。没过几个回合，墨菲斯就被史密斯打的毫无还手之力，最后又被赶来的警察强行带走。好消息是，墨菲斯的惨败换来了我们的逃跑时间。坏消息是，叛徒赛弗提前与坦克取得了联系，毫不知情的坦克为赛弗安排了一个新的电话点。
铃声响起，赛弗接起电话回到了现实世界。与此同时，崔妮蒂等人也赶到了电话点。
正当尼奥接起电话准备回到现实世界时，叛徒赛弗掏出电磁炮向坦克开了枪。毫无防备的坦克兄弟俩当场报销。
随后，赛弗接通了崔妮蒂的手机，他骑在崔妮蒂的身上，说出了自己叛徒的身份。得知真相后，我们的心都凉了半截，因为我们知道自己已经成了待宰的羔羊。随后，赛弗又对着我们疯狂输出，他十分嫉妒尼奥的才华。他不仅打击尼奥的信心，还要尼奥变得跟他一样懦弱。这种在精神上打垮别人的叛徒，比在肉体上折磨别人的人要更加危险。
说完赛弗残忍地拔掉了队友的链接。俗话说，叛徒必有一死，或死于话多，或死于玩脱。叛徒赛弗不仅话多，还要玩脱。当他面对墨菲斯时，坦克没想到那辆被炸毁的坦克居然复活了。不管你信不信，你这个混蛋都死有余辜。
接着，坦克带着崔妮蒂和尼奥回到了现实世界。原来热闹的九口之家现在只剩下四个人，而其中一个人还被关押在火海中。另一边，墨菲斯被特工带到一间审讯室，特工对他进行了各种刑讯逼供，试图从他口中挖出进入锡安城市的密码。然而，作为船长的墨菲斯意志坚定，对密码只字不提。看到墨菲斯痛苦的表情，坦克知道特工迟早会击溃他的心理防线。如果墨菲斯说出密码，所有人类都将面临危险。为了保护锡安城市的安全，坦克决定拔掉墨菲斯的连接。但尼奥却拦住了他，他想起了先知的预言。
先知曾预言，他们两个将来会面临生命危险，而且必须做出一个选择：牺牲一个人。但现在看来，前面的预言已经实现了。那么，后面的预言呢？会不会也实现？回想一下，先知最后告诉尼奥：当你走出那个门后，你就不会再相信什么命中注定的话了，你的生活由你自己掌握，对吗？尼奥明白了先知的意思，我命由我不由天。如果我按照规律走，就会按规律来。为什么不试着改变一下呢？也许预言的结果也会不同。
你们都觉得特工无敌，所以就会放弃营救队友。但我偏要试试他的实力。于是，尼奥决定返回虚拟世界，救出墨菲斯。崔妮蒂也决定加入他的行动。因为先知曾预言，崔妮蒂会爱上救世主，而她已经对尼奥产生了暗恋之情。她相信尼奥就是那个救世主。于是，他们插入了链接，进入了虚拟世界。这就是他们进入大楼并开始行动的场景。
与此同时，特工继续加大对墨菲斯的酷刑。然而，无论特工怎么逼问，墨菲斯就是不肯开口。史密斯知道这样下去迟早会出问题，于是他支走了其他两名特工，并当着墨菲斯的面摘下了耳机。随后，史密斯告诉墨菲斯，他已经厌倦了这个虚拟的世界，他渴望人类真实的触感。
史密斯承认自己得到进入锡安的密码，并不是要毁灭锡安，而是想要变成人类逃离矩阵母体。很明显，史密斯的这个举动已经说明他有了自主意识。导演在这里为第二部史密斯的觉醒埋下伏笔。
与此同时，尼奥和崔妮蒂也来到了关押墨菲斯的大楼。他们要求墨菲斯拿出身上的金属物品，包括钥匙、硬币、大飞的剧本等等。但这只是一个玩笑，他们是在开玩笑。
