奔龙之后，雏鸟有奔龙下颌所有的6种骨头，其目的是达到以下三个功能要求：（1）飞行；（2）扩展大脑；（3）具备移动上颌的能力。这与它们进食习惯的改变有关。颅骨结构简单，符合空气动力学的设计要求。真皮骨的致密层变薄，减轻了颅骨的重量，但由于成年动物的骨缝愈合了，颅骨仍然很坚固。颅内的一些骨头已经萎缩或者消失。球形脑壳是容纳增大了的大脑的最佳形态。球形脑壳上的巨大凹陷，即眼眶，可以容纳巨大的眼睛。与奔龙不同的是，鸟类能够使上颌向着脑壳移动。三角形尖喙是可移动的，是一种高效的食物收集装置。
可以将一只雏鸡（原鸡）的颅骨（其骨缝处仍然是开放的）与奔龙的颅骨对比，来追溯这种结构变化。鸟类颅骨与奔龙颅骨最大的不同，就是其巨大的眼眶以及膨胀的脑壳。当我们比较它们颅骨的侧视图，尤其是脸颊区域（图2-3A、B）时，这些变化就很清楚了。鸟类的眼眶与两个颞部开口之间的眶后骨和颧骨上突消失，使得眼眶与两个颞部开口融合。这三个开口的合并为巨大的眼球提供了空间，从而使其看到的事物更清晰、视力范围更大。视觉信息对于鸟类来说非常重要。另一种双孔型拱也消失了，它位于方骨前面的鳞骨——方轭骨条处。被解放的方骨变成了移动的，或者是链状的。牙齿脱落，使得颌骨变成轻质支柱，以支撑角质上下喙。胃中的砂囊在处理食物时起到牙齿的作用。
方骨在鸟类身上有很大的变化。它的背侧向内扩张，目的是与脑壳进行额外接触。在靠近腹侧边缘的内侧，它在球窝关节处接收翼突。因此，方骨充当肌肉杠杆，形成了独特的眶突。另一种骨骼即前额骨在鸟类中也消失了，而泪骨下突退化，从而阻止了其与颧骨的接触。随着各种垂直支柱的断裂，上颌骨、颧骨和方轭骨的结合处出现了一根细长的水平杆，即颧骨条。
在背侧，额鼻中枢周围可见明显变化。前颌骨和前额变得足够大，可以沿着中线相互靠近，这样鼻骨就可以朝旁边移位。鼻骨在靠近额骨处变得非常薄且柔韧，并骨化成了一种新的骨骼——中筛骨，形成了额鼻中枢的枢纽（图2-3C、D）。在腭部，没有了外翼状骨，因此，翼突得以从颧骨中伸出来。鼻后孔（内鼻孔）后移，与腭部小孔合并，并沿中线形成大面积的裂口。犁骨萎缩成一段小骨头，而在牺牲翼突的情况下，腭骨得以拉长。在今颚总目类的翼突与上颚之间新增了一个额外的活动关节（图2-3E、F）。随着一些骨骼的退化以及中线裂隙的发育，鸟类的腭部成了一种脆弱的、有弹性的结构。鸟脑向后方、下方扩大，使枕骨大孔从枕骨移动到颅骨腹侧。从腹侧看，枕髁可以看作一个小的球形突起。髁突前方是高度扩张的基蝶骨。大脑的扩大使脑袋呈现出圆顶形外观。一些背盖骨，如额骨、顶骨和上枕骨，会膨胀以适应变大的大脑。由于脑壳向后凸出，在外耳的方骨后面会形成一个巨大的鼓室。在鼓室下部和喙部，漏斗形凹陷通向骨性咽鼓管。内耳具有细长的耳蜗和扩大的小管系统，服务于听觉和保持身体平衡。
雏鸟有奔龙下颌所有的6种骨头——齿骨、夹板骨、隅骨、上隅骨、前关节骨和关节骨，但这些骨头在成年鸟类身上都消失了。随着牙齿的脱落，下颌变成了一种浅而脆弱的结构。值得注意的变化是，在牙齿上形成了一种骨化联合，使下喙变硬并具有不小的力量。
