口袋妖怪比较成功的旁系作品，充分结合两个品牌各自的特色。
这是该系列推出的第二款作品，和前作一样延续了双版本的做法，分别为“时之探险队”和“暗之探险队”，2007年9月13日登陆NDS主机，将已经显得不合时宜的GBA平台彻底抛弃。和之前的作品相比，由于中间间隔了《口袋妖怪：钻石·珍珠》，所以本作中出现的口袋妖怪数量大幅增加到490种以上。两个版本除了部分口袋妖怪和道具的出现几率不同以外，其他内容基本一样，这也是“口袋妖怪”的老传统了。
从游戏机制来讲本作仍然保留了“不可思议迷宫”的内核，玩家的主要目的是打通形态、难度不等的70多个大小迷宫，只不过控制的角色是萌萌的口袋妖怪而已。回合制、伙伴系统、丰富的道具体系、迷宫中的陷阱、腹满度等等特色都得到了完整保留，并没有因为口袋妖怪的强势而弱化“不可思议迷宫”的特点，整个过程体验下来和普通的“口袋妖怪”系列游戏还是有很大区别的。
平台变成NDS的好处除了更优质的画面以外，还大大增加了玩家联机的便捷度，利用主机的Wifi功能既可以线下联机，也能像前作那样通过发送密码让好友远距离进行救助，虽然这样一来难免对游戏难度造成一定影响，但却契合了“口袋妖怪”系列的合作精神。
无论是主角变成口袋妖怪这一设定还是“不可思议迷宫”的固有系统，对于第一次接触该系列的玩家来说可能都有些难以适应，但基于随机元素的这种游戏方式还是很好上手的，而且一旦习惯之后甚至会有一种难以自拔的感觉，非常适合掌机这样的平台。
