一天，侦探团四名成员在小河边钓鱼，水面上开来一艘遥控船，船上绑着一只红色气球，大约一点钟的时候，一声枪响，红色气球被远处飞来的子弹击中。
柯南拿起望远镜查看，远处建筑物上，一名男子举着来福枪在练习狙击，在他周围，有几名男子持枪对着他，他似乎是被胁迫在做这件事。
那些人走了之后，侦探团赶到了对面那幢建筑楼顶查看，柯南确定当时他用望远镜查看这边的时候，阳光下镜片会反光，有被那名狙击男子注意到，他们及时报警，目暮警官赶到。
现场找到了一只计算器，屏幕上有一长串数字，意义不明，柯南认为，那就是被胁迫的男子故意留下的线索，他想要通过这一串数字给出讯息。
回到毛利侦探事务所以后，柯南一直在纸上分析这串数字，小兰在一旁帮忙推测可能的情况，毛利小五郎则悠闲地一边喝饮料一边看一本旅行杂志，刚好翻到“平成快车”那一页。
目暮警官召集毛利小五郎和侦探团，说明事情严重性，一名警员在度假期间失踪，他是一名来福枪狙击手，其女友被犯罪组织挟持，要求他狙击一名男子，目暮警官拿出这名警员的照片给大家看。
柯南认出了这名警员，他就是当时望远镜里看到的那名被挟持男子，也就是举枪练习射击的人，当时他发现了柯南的望远镜，在镜头里朝他示意。
多次推断尝试无果，一次偶然，意外发现如果把计算器倒过来看，这行数字也能读得通顺，不过是以英文字母的读取方式，也许当时狙击手正是想以这种方式留下讯息。
毛利小五郎摸摸脑袋，说似乎在哪里见过这些英文字母，他想起那天翻看的旅行杂志，正是“平成快车”那一页，狙击手的意思正是在说“平成快车”列车，他要狙击乘坐这辆列车的人。
符合狙击时间的“平成快车”即将发车，被狙击的目标人物一家已经上车，目标是一家之主的中年男子，警方在其四周部署警力，并出动直升机，目暮警官亲自带队，试图阻止这一场狙击事件。
另一边，犯罪组织也在积极准备行动，狙击手的女友被绑得死死的，狙击手迫于无奈，只好在犯罪组织的严密监视下为狙击做准备，他不知道自己透露的讯息是否被解读。
犯罪组织来到了铁路附近的建筑物顶上，狙击手拿枪对准轨道上火车开来的方向，设定的狙击位置是在桥上，枪支子弹已经上膛，只等列车开过来，难道这一切已经无法阻止？
列车准时往大桥开来，狙击手将靶心瞄准了目标人物，那是一个微胖和善的中年男子，身边是他的妻子和两名可爱的孩子，只要他动动手指，眼前的温馨幸福就瞬间灰飞烟灭。
就在狙击手准备扣动扳机的时候，一辆直升机从空中飞来，驱散了狙击手身旁的挟持者，狙击手赶忙放下枪，直升机上正是赶来的目暮警官和柯南。
犯罪组织和警方在楼顶经历了一场肉搏厮*，关键时候，柯南以飞行头盔代替足球，一脚飞踢，正中犯罪分子头部，眼镜片被踢碎，警方乘机制服了对手。
一场惊心动魄的大救援宣告胜利结束，狙击手扔掉枪支，奔向被捆绑的女友，两人相拥而泣，目暮警官不明所以，把飞行头盔戴回到柯南头上，告诉他小心不要再掉了。
