对巴拉克来说，2006年是开启全新挑战的一年，当年5月15日切尔西官宣签下了与拜仁合同到期的巴拉克，德国队长就此开启了他的蓝军岁月。
但德国队长的切尔西首秀并未留下美好的记忆，2006年8月13日社区盾杯，切尔西对阵利物浦，巴拉克代表切尔西首发出场。结果仅踢了26分钟巴拉克就因伤下场，切尔西最终也1:2输掉了比赛，巴拉克获得了他在英伦的第一个亚军。
2006年8月27日，在英超第三轮客场对阵布莱克本的比赛中，巴拉克首发出场完成了在英超的首秀。9月9日第四轮主场对阵查尔顿，巴拉克在比赛第6分钟助攻德罗巴破门，这是他在英超的首个助攻，帮助球队2:1战胜对手。
9月12日欧冠小组赛首轮主场对阵不莱梅，巴拉克在比赛第68分钟利用点球打进了他在切尔西的首粒进球，帮助球队2:0取胜。
9月17日，英超第五轮主场对阵利物浦，巴拉克在比赛第52分钟对穆罕默德·西索科严重犯规而被红牌罚下，吃到了来到英超后的首张红牌，好在切尔西最终1:0战胜了对手。赛后英足总对巴拉克处以了禁赛3场的处罚。
10月21日英超第九轮主场对阵朴茨茅斯，巴拉克解禁复出，在比赛第57分钟斩获了英超生涯首球，帮助球队2:1战胜对手。
整个06/07赛季，巴拉克代表切尔西出场46次，打进7球助攻6次。加盟球队的首个赛季巴拉克也是喜忧参半，当年英超切尔西位居曼联之后获得亚军，巴拉克在蓝军第一年就收获了2个亚军，欧冠赛场他们也被利物浦挡在了决赛门外。好在切尔西在足总杯和联赛杯顺利捧杯，尤其是联赛杯对阵阿森纳巴拉克助攻德罗巴打进了扳平比分的一球。
因为脚踝伤势，巴拉克缺席了2007年8月至12月几乎全部比赛，在此期间切尔西社区盾杯不敌曼联，让巴拉克的荣誉室里再添一座亚军。巴拉克直到当年12月26日英超第19轮主场对阵阿斯顿维拉的比赛中才迎来复出，这场比赛巴拉克贡献了1个进球和1次助攻，帮助球队4:4战平对手。
这个赛季的切尔西是比较混乱的，穆里尼奥在欧冠被罗森博格逼平后惨遭下课，以色列人格兰特接手球队。对巴拉克来说在因伤缺席了大量比赛的情况下，在赛季末期他却险些成为切尔西的功臣。2008年4月26日，英超第36轮主场面对领头羊曼联，巴拉克梅开二度帮助切尔西2:1战胜对手，积分追平对手的同时重燃夺冠希望。
不过奇迹并未发生，切尔西最终还是以2分之差屈居曼联之后获得英超亚军，算上联赛杯决赛不敌热刺，这已经是巴拉克这个赛季第三次收获亚军。但命运对巴拉克的残酷还远不于此，5月21日切尔西首次亮相欧冠决赛，而他们的对手又是曼联。莫斯科雨夜的故事大家已经耳熟能详，两队鏖战至点球大战，巴拉克代表切尔西第一个主罚并且命中。奈何之后特里阿内尔卡却未能将球罚进，巴拉克再次与大耳朵杯擦肩而过。
和八年前一样，巴拉克再次收获了大量亚军，但他怎么也不会想到，残酷的命运还远没有要结束的意思。赛季刚结束巴拉克又马不停蹄的率领德国队征战这一年的欧锦赛，德国队的开局不错，2:0战胜了波兰，但次轮0:2输给克罗地亚又让人怀疑他们是否要连续第三次折戟小组赛了。危急关头又是巴拉克挺身而出，小组赛末轮对阵东道主奥地利，巴拉克在下半场开始后不久的一锤定音帮助德国队战胜对手，顺利小组出线。
1/4决赛对阵葡萄牙，巴拉克又在比赛第61分钟头球破门，帮助德国队3:2击败对手晋级半决赛。
在3:2惊险战胜土耳其后，巴拉克离欧锦赛冠军只有一步之遥了，他们的对手则是西班牙,最终决赛在2008年6月29日进行。然而比赛第32分钟托雷斯的进球让巴拉克预感到了情况不妙，作为队长的他当然不会轻言放弃，即便眉角被撞出一道口子血洒赛场，他也是在简单处理后继续坚持比赛。
可惜老天并没有被巴拉克的坚持所感动，西班牙1:0战胜德国获得了最后的冠军。巴拉克只能再次无奈的收获亚军，更让人扼腕叹息的是，这竟然成了德国队长在世界大赛的绝唱。
