《曹操传》结局有三种。
其一，奸雄路线，游戏的结局是曹操接受献帝禅让并称帝。游戏通关后，重新开始时，主界面将出现一只红色的铜雀（就难度来说，此路线，陆战较水战难）。
其二，游戏的结局是曹操打倒占据孔明肉身的大魔王。游戏重新开始时，主界面将出现一只蓝色的铜雀。（就难度来说，此路线，水战较陆战难）。
其三，非忠非奸路线，此路线与奸雄路线的过关流程是一模一样，但是结局不同。游戏最终，曹操没有称帝，而是六十六岁寿终之后，其子曹丕废汉建魏。感觉很熟吧，对！这就是真正的历史结局。此路线通关后，主界面将会增添一只金色的铜雀。
结局一：红鸟—曹操的野心值在85以上，从第31关后，游戏中的剧情将成为光荣虚构的幻想历史结局支线。游戏的结局却是曹操接受献帝禅让并称帝。
结局二：金鸟—曹操的野心值在16-84之间，游戏最终，曹操没有称帝，而是六十六岁寿终之后，其子曹丕废汉建魏，这就是真正的历史结局。
结局三：蓝鸟—曹操的野心值在15以下（包括15），最后打倒魔王，开创新世纪。从第31关后，然后进入虚构的幻想神话结局支线。游戏的结局是曹操打倒占据孔明肉身的大魔王，匡扶汉室。
