原本以为打败暴龙改造者就能使得数码宝贝世界恢复平静，然而事实并不是如此，随着剧情的推进，我们可以显然地看出，暴龙改造者的出现只是因为一乘寺贤被利用了，背后搞鬼的正是那个神秘的长发女人。但是谁又能保证打败长发女人之后还有更加强大的BOSS呢，究竟数码宝贝危机出现的源头是什么呢？
在神秘女的作祟下，暴龙改造者基地似乎聚集了强大的黑暗力量，并随时有爆炸的风险。敏锐地通过技术手段察觉到这一点的光子郎迅速将这个消息告诉了其他被选召的孩子们，但是面对强大的对手，他们束手无策。在一乘寺贤赶来救援之后，大家虽然团结一心，却仍旧无法战胜敌人，就在此时，大辅和小贤共通的心意使得他们各自的数码宝贝发生了神奇的进化——合体进化。
合体进化的机甲龙兽为被挑选的孩子们争取到了时间，小贤正是利用此时飞速赶往暴龙改造者基地，将温柔徽章放置原味，解除了动力室的爆炸。但是爆炸并没有就此停止，也就是说，还有另一个缘由造成了暴龙改造者基地的爆炸危机！通过对管路系统的观察，他们找到了源头，管路的尽头正和黑暗世界连接，黑暗力量也通过这个渠道源源不断地输送进来。找到原因，解决起来就方便了，及时赶到的机甲龙兽迅速化解危机。
因为合体进化而感到非常好奇的孩子们找到了智慧担当光子郎，在光子郎的讲述下，大家开始明白数码宝贝世界危机的本质是黑暗力量，如果不战胜黑暗力量，是无法真正使数码宝贝世界恢复和平的。同时，在光子郎的讲述下，我们也明白了小光和阿武的数码宝贝变得难以超进化的原因。知道真相的各位更加感受到了自己身上的重担，相信他们 一定能够拯救数码宝贝世界的，加油吧！
