在刚进入战争时，南北双方并没有真正考虑战争需要的大量物资，双方都认为这是一场十分快速的战争。但随着战争的推进，双方都意识到了整个南北战争期间战争所需要的物资及大概数量，包括马匹需求。
南方大部分地区的不发达特点，使得邦联更加依赖马匹进行军事行动。因此，南北双方军队都在为征募足够的马匹不断努力。征募马匹拥有多种途径：军需部门购买是征募马匹的主要途径。战争开始时，联邦陆军现有的军需部负责购买和供应军队的马匹。
1861年6月13日，蒙哥马利·C.梅格斯（MontgomeryC.Meigs）被任命为军需官，负责监督马匹在接受服役前必须满足的身体准则。联邦马匹规范规定，动物必须有健全和平衡的体格。
马匹的腿要直、背部线条均匀而结实，胸部要深，有强壮的骨骼结构，并要有良好的外表支撑。眼睛和耳朵要十分警觉，皮肤要有弹性，毛发要有光泽，运动时要展示出灵活的步态，不受畸形或缺陷的蹄子影响。
然后按身高和体重将马匹进行分类：骑兵马匹体重必须至少达到950磅，能够在崎岖的地形上承载骑手和装备，身高从15手到16.5手不等（5英尺至5英尺4英寸）；炮兵马和马车马应该“强壮、快速、活跃”，体型稍大——至少15.5手高，体重应达到1050-1200磅以更好地适应马具。
邦联军需部门维持着一个分散在各军事部门的仓库系统，为*军服务。对于北弗吉尼亚军来说，有四个总仓库，并辅以先遣和临时仓库，由监督员管理的政府马厩补充了这一系统。到了1862年，马匹的供应对邦联军队的军需官来说较为困难，因为弗吉尼亚州西部、肯塔基州、密苏里州和田纳西州中部的养马区在战争初期就已被联邦军控制。
仓库无法提供足够的牲畜来满足军事和基本的民用需求，到了1863-64年冬天，马匹的短缺降低了军队的机动性，限制了火炮的使用。其次，由士兵私人提供是南部邦联骑兵的主要来源。私自提供马匹是将军和其他军官的常规做法。
在将军和军官的信件、日记和回忆录中，有许多关于购买马匹或从马匹崇拜者那里收获赠送马匹的记载，高级军官常常拥有多匹坐骑。当军官想要一匹缴获的马时，惯例是由军需官对其进行评估，然后向政府支付该金额。
J.E.B.斯图亚特指挥部的参谋乔治·B.麦克莱伦（GeorgeB.McClellan）解释说，“在战争开始时，南方政府感到自己无法为众多提供服务的骑兵连提供马匹”。情况确实如此，因此南方邦联需要独立建立一支完整的军队以及一个寻找和供应各种战争物资的系统。
邦联骑兵需要自己提供马匹，然后政府派遣马匹检察官对每匹马进行评估，并向士兵支付每天40美分的马匹使用费，并提供食物和马蹄铁。如果马匹在战斗中丧生，马匹主人将得到该部队征兵时的估价金额。
如果马匹因为任何原因丢失、被俘或残疾之类的损耗，士兵们不会得到任何赔偿。如果士兵仍然想留在军队中，就必须自己出钱替换掉。有意成为骑兵的人更喜欢他们熟悉的坐骑的特性和能力，他们愉快地接受了这一政策。
但是这个系统很快出现了问题。购买替代马匹超出了大多数普通士兵的能力范围，通常家庭必须提供资金来购买所需的替代坐骑。由于通货膨胀和对马匹价值的低评估，失去坐骑的骑兵们随着战争的进行在更换马匹方面遇到了更大的困难。
据弗吉尼亚州第二骑兵队的查尔斯·米纳·布莱克福德（CharlesMinorBlackford）上尉说，对于来自城市的连队来说，这种困难尤其严重。士兵家里并没有农场可以提供替代马匹，因此，失去一匹马就等于失去了一名士兵，连队规模变得越来越小。
失去马匹的骑兵不得不休假回家重新寻找获得替代马匹的机会。有时，即使一两个月也难以找到合适的替代马匹。在西部到冬天的时候，内森·贝德福德·福雷斯特（NathanBedfordForrest）和约翰·亨特·摩根（JohnHuntMorgan）将军甚至允许他们的部队回到联邦防线后方的家中去购买马匹。
在福雷斯特1864年突袭肯塔基州期间，亚伯拉罕·布福德（AbrahamBuford）准将甚至暂时解散了他的整个司令部，允许他们回家寻找更好的坐骑。但这种情况使邦联军队失去了一半以上的兵力。
除此之外，联邦和邦联都广泛正式征用马匹。在这项工作中，正式征用被定义为政府从其控制区域内征用动物的活动，军事指挥部在战役中对马匹的征用被认为是拨款，因为官方征用动物在公民中并不受欢迎，军队需要提供收据或凭证，以便公民可以凭此获得补偿。
邦联军队向公民征用所需的马匹始于战争初期。1861年，当“石墙”杰克逊在哈珀渡口担任指挥官时，发现没有马匹可以拉动他的大炮，他命令他的首席军需官约翰·A.哈曼（JohnA.Haman）少校“购买或扣押我们需要的马匹”。
1862年小石城和阿肯色河谷落入联邦军手中后，邦联军队的军需部打动了阿肯色州西南部农民的马车和队伍，以便运来物资维持军队。随着田纳西州在1863年期间被南军逐步占领，替代的马匹越来越难找到，布拉克斯顿·布拉格（BraxtonPrague）将军下令在亚特兰大对所有马匹进行征召。
弗吉尼亚州的各个军需站负责在该州扣押马匹。逐渐地，公民对大量的马匹征召表示不满，南方各州州长开始收到公民的投诉。从1863年3月到1864年3月，阿拉巴马州塔拉迪加的L.E.帕森斯先生（L.E.Parsons）和其他六位公民向托马斯·H.沃茨（ThomasH.Wirtz）州长提出抗议。他们的投诉表明被抓走的动物数量越来越多。
这些马匹的征用也影响到了农民播种和收获农作物以及运输。战争后期，媒体甚至为公民发声，呼吁公民需要他们的马。到1865年，军队被迫向公民承诺，将按市场价支付马匹征用的费用。而联邦对马匹的征用仅限于曾经发生叛乱的地区。
从理论上来说，联邦占领区内的马匹理论上是属于美国政府的。1864年夏天，波托马克军队的宪兵司令马塞纳·帕特里克（ManasePatrick）准将命令其下属征用所有动物。1864年末，詹姆斯·H.威尔逊（JamesH.Wilson）少将在田纳西州的纳什维尔下令，发生了联邦部队最大的动物扣押事件。
新近被任命为少将的乔治·托马斯（GeorgeThomas）发现其部队骑兵的坐骑数量已经严重不足了。托马斯允许他“在俄亥俄河以南的任何地方”征用马匹。
马匹的训练
在购入马匹之后，马匹们需要经过训练才能进入战场。马匹群居动物的本性对于训练大有裨益，但其本能也促使它们在遇到危险或受到惊吓时迅速逃跑，因此马匹需要通过训练使其能够与骑手充满默契地协同作战。
由于战争的紧迫性，训练骑兵的必要时间由战前的三年缩减到六个月。而大多数马匹都没有接受过专业训练，因此马匹必须要通过训练使其适应背上的马鞍和马鞍上的骑手。
罗伯特·E.李将军有一条驯马的建议，他告诉亨利·赫斯（HenryHess）将军，“让兴奋或紧张的马不再暴躁的最好办法是给它大量定期的运动——早、中、晚，直到它安静下来。”但这个过程是相当困难的。
摩根邦联骑兵队的威廉·G.史蒂文森（WilliamG.Stevenson）曾试图驯服他的马，结果被马掀翻摔断了膝盖。除此之外，骑兵队的马必须要经过训练来习惯在军队演习和战斗队列中使用的号角声。
在第一次马纳萨斯战役中，联邦军队西点军校的哈斯布鲁克中尉的马被射中三次，由于失血过多跟在队伍后方等待死亡。当炮兵连在撤退过程中顺利到达华盛顿时，这位中尉“与他忠实的马匹汇合，它凭着强烈的本能，听从了撤退的号令，与炮兵连一起找到了自己的位置”。后来这匹马在华盛顿恢复了健康并重新服役。
另外，马匹和骡子很容易受到噪音的影响。1861年，当路易斯安那州第三步兵队到达阿肯色州小石城时，他们的乐队奏起了曲子。由托马斯·丘吉尔（ThomasJ.Churchill）上校指挥的阿肯色州第一骑兵队的马匹开始躁动，并想要赶走骑手。
步兵指挥官命令乐队停止演奏，但丘吉尔上校要求乐队继续演奏，以便让马匹习惯五弦琴和鼓声的声音。一位东部的联邦骑兵回忆说，他所在的部队中马匹和士兵相处得一直很融洽，直到他们统一拔剑发出的声音使得马匹受到了惊吓，造成了混乱。
马匹适应枪声的时间要比适应音乐的时间更长，枪声会让马匹更加惊恐。1862年1月8日在密苏里州哥伦布市的堪萨斯州，第七骑兵队的马匹在听到连续的枪声后变得非常难以控制，以至于出现了踩踏事件，造成该团5人死亡，3人被从马背上摔下来并被俘。
因此，军队通过将马匹在锡罐、地雷和鞭炮的爆炸声以及连续不断的步枪声中牵着走的方式对马匹进行噪音的适应性训练。驾驭者要激发它们的“信心”，让它们逐渐习惯于战争的声音。如果马匹能够站在离咆哮的大炮20英尺的地方不动，那么训练的很大一部分就已经完成了。
纽约第二轻炮队L炮台的指挥官雅各布·罗默（JacobRoemer）发现，要让马匹适应马具，并让它们习惯于移动大炮所需的队形和动作，以及战斗中的各种声音，大约需要两周时间。
除了马匹需要训练之外，马背上的骑手也必须学会如何正确的骑马。由于骑手对马匹态度的冷漠与无知导致马匹不断受伤和生病。邦联骑兵上尉查尔斯·小布莱克福德（CharlesBlackford）指出，马匹的不适和痛苦很大程度上是由于骑手在行军中缺乏经验，使马匹腰酸背痛，不适合服役。
他认为“一个人如果懒洋洋的，骑马时摇摇晃晃的，有时坐在一边，有时又坐在另一边，而且在队伍停止时从不下马，那么他的马背总是酸痛的”。正确的骑马姿势是：始终在马鞍上坐直，不要坐得不均匀，只坐到马鞍的一侧，以均匀的步态骑马，并且在停止时始终下马并松开马鞍的腰带。
布莱克福德还指出，当行军结束或一天的工作结束时，不应立即摘下马鞍，而应该等到马背冷却下来，然后要给马匹进行合适的喂食。在战争初期，由于新兵给本就体温较高的马匹喝了大量水，导致数百匹马死亡。
为了帮助防止马匹的背部酸痛，士兵们必须学会抚平马鞍上的褶皱。他们必须学会在骑行数小时后，卸下马鞍，为马背降温。当他们的坐骑跛足时，他们应该下马并牵着它行走。
