书接上上上上上回，士官长与科塔娜将04环带暴力拆迁后驾驶一架长剑截击机逃离。最初的扫描结果显示他们是唯一(或唯二)幸存的人，不断扫描过程中他们发现了琳达的冷冻仓，一艘人类鹈鹕号，还有由7艘星舰1艘旗舰组成的星盟舰队。鹈鹕号搭乘的是约翰逊中士，ODST洛克里尔(Locklear)下士，ONI探员哈维逊(Elias Haverson)中尉，茜拉(Shiela Polaski,女)准尉，士官长与他们会合后夺取了星盟旗舰无尚正义号(Ascendant Justice),跃迁返回致远星(遵守科尔协议,远离地球)，救走了困在致远星的维特康(Danforth Whitcomb)中将，哈尔茜博士和幸存的斯巴达。科塔娜在致远星人类舰队残骸中找到了葛底斯堡号(Gettysburg)挂接在无尚正义号上以补充动力.
星盟在致远星疯狂寻找的先行者水晶被哈尔茜带走。受水晶影响,飞船跃迁时困在一个时空泡泡中,为了修补飞船漏洞,茜拉和斯巴达安东-044(Anton-044)以及李-008(Li-008)牺牲.
他们来到一处叛军基地维修飞船,与叛军达成暂时的和平.哈尔茜修复了琳达.发现约翰逊患有鲍伦综合征后,哈尔茜交给士官长两个芯片,一个是常规分析,另一个是可能会*死约翰逊的源文件.她让士官长自己决定交给哈维逊哪一个.
哈尔茜认为人类失败已不可避免，她将水晶交给洛克里尔保管，然后带着被迷晕的凯丽偷偷驾驶叛军首领的飞船跃迁前往奥星，期望可以保住更多斯巴达的性命(在奥星的三期),哈尔茜将此次叛逃看作自我救赎。洛克里尔毁掉了水晶以防其落入追击而来的星盟之手（这哥们也壮烈了）。
科塔娜得知星盟舰队正在集结准备对地球发起进攻.数百艘战舰集结在不屈之祭司(Unyielding Hierophant)基地(星盟一种指挥控制中心)周围.实际上,这些舰队听命于真相先知,他早已得知了地球是人类的母星,并获取到了她的位置.然而他没有将这个重要消息告知忏悔先知和怜悯先知,这支庞大舰队主要由鬼面兽指挥.真相先知意图借此让鬼面兽替代精英,顺便清除其他两个高阶先知,大权独揽.
士官长率斯巴达去炸毁星盟不屈之祭司的反应堆,维特康批准了他的行动.维特康和哈维逊航向地球报告星盟即将发起的入侵,他们随后意识到仅仅让地球做好防御是不够的，于是他仿制了先行者水晶,回航前往不屈之祭司所在位置。士官长等斯巴达成功启动反应堆自毁程序后撤离到安全地带,但斯巴达格雷斯-093(Grace-093)牺牲.维特康和哈维逊驾驶无尚正义号冲向即将爆炸的反应堆.星盟集结的500艘大小战舰被先行者水晶吸引向无尚正义聚集,随着反应堆爆炸几乎全部被摧毁,只有12艘幸存。维特康和哈维逊壮烈牺牲,士官长等5人带着情报以及光环和洪魔的珍贵资料回到地球.
因为04环带被摧毁和无尚正义战舰被人类俘获，博爱之城的高阶先知决定对为此负有责任的指挥官提尔'瓦达米(Thel'Vadam)发起审判,提尔'瓦达米正是无尚正义号所属的特殊正义舰队的指挥官。战功赫赫的提尔被议会指控为异端,他无法继续指挥舰队与人类战斗.只能成为早已被先知污名化的神风烈士(仲裁者),从事幸存率极低的自*性任务.
真相先知将不屈之祭祀的团灭看作是一次小挫折,他命令塔塔罗斯(Tartarus)将幸存的12艘战舰集结于指定位置,这些战舰后来被作为忏悔先知进攻地球的增强(增援)力量.
忏悔先知独立获知了地球存在通往方舟的传送门,但他并不知道那是人类母星,他仅率领两艘攻击航母和13艘巡洋舰开始进攻地球.此时胡德总司令正在轨道防御平台(Orbital defense platform,ODP)开罗站为士官长,约翰逊和凯斯舰长授勋,老凯斯舰长的女儿米兰达(Miranda Keyes)代父出席了仪式,她是琥珀铱号(In Amber Clad)轻护舰的舰长.忏悔先知的进攻使得仪式草草结束,胡德司令命令上将哈勃(Harper)的第五舰队回防轨道防御平台,人类舰队以巨大数量优势战胜了星盟特遣队,但也遭受了不小损失.
星盟的两艘航母在UNSC舰队的攻击下继续深入,即使科塔娜用开罗站的MAC炮攻击庄严忏悔号(Solemn Penance)也没有阻止它航向地表的新蒙巴萨(New Mombasa)城.
星盟采用登舰作战的方式用反物质炸弹炸毁了轨道防御平台的雅典站和马耳他站,在开罗站也安置了炸弹.士官长奉命找出星盟安置在开罗站的炸弹,在途中救了米兰达舰长使其得以登上琥珀铱号.士官长只身带着找到的炸弹跃进太空,长剑截击机在星盟航母欢庆日号(Day of Jubilation)上反应堆核心的位置打开一个缺口,士官长将炸弹推入缺口将其彻底摧毁,然后安全落在琥珀铱号上.
忏悔先知在新蒙巴萨城及周边部署了地面部队,为了搞清楚星盟的意图,士官长奉命生擒忏悔先知.士官长和陆战队搭乘的三架鹈鹕号在旧蒙巴达(Old Mombasa)遭到圣甲虫号(Scarab)的攻击,重新集结后推进到新蒙巴萨B区,他们将圣甲虫号困于河槽内,士官长摧毁了它.随后约翰逊驾驶鹈鹕号接走了士官长返回琥珀铱号.
星盟的部队撤回到庄严忏悔号准备撤离,与此同时,第五舰队开始部属ODST登舰抓捕忏悔先知.在部属过程中,爱德华巴克(Edward Buck)带领的A(Alpha)-9小队不得不接受ONI的秘密指令,他们的着陆点被重定向.庄严忏悔号突然进行了一次大气层跃迁,胡德总司令批准了米兰达的追击计划,琥珀铱号紧随庄严忏悔号进入跃迁空间.新蒙巴萨城在跃迁中被摧毁,很多尚未着陆的ODST受到EMP影响,幸存者散落于城市各处(地球战事下下下...期再详述).
成为神风烈士后,提尔'瓦达米的第一个任务是清除临界星(Threshold)气矿中的异端塞萨'弗拉米(Sesa'Refumee),04光环被摧毁后,343罪恶火花发现了困在这里的塞萨'弗拉米,启示了光环的本质.塞萨'弗拉米随即率领部下起义成为反抗先知的异端.他将事实真相四处传播以获取支持者,这惹毛了真相先知.
为了阻止神风烈士,塞萨'弗拉米释放了特定区域的洪魔,但他领导的叛军很快也遭到洪魔的攻击.当神风烈士得知异端源于被视为神使的343罪恶火花时非常惊讶,不过神风烈士最终还是找到并*死了塞萨'弗拉米,异端被平息.当目睹343罪恶火花被塔塔罗斯粗鲁回收时,鬼面兽对待神使的态度让他感到愤怒.博爱之城和星盟舰队离开临界星.
琥珀铱号紧随庄严忏悔号跳出跃迁空间,他们发现了另一个光环-05光环(人类成为德尔塔光环).为了阻止忏悔先知发射光环,士官长和ODST乘轨道着陆舱登陆,试图找到并*死忏悔先知.在士官长到达忏悔先知所在的神庙后,天空中出现了博爱之城和星盟的庞大舰队.士官长*死了忏悔先知逃出神庙,为了躲避星盟航母的等离子攻击,士官长跳入湖中,被尸脑兽的触手俘虏.
米兰达
真相先知开始执行他的计划,他将几千年来由精英担任的荣誉卫队用鬼面兽替代.并且通过对343罪恶火花的不断考问得知了要发射光环必须要拿到索引器.这成为神风烈士的下一个任务,他搭乘塔塔罗斯的魅影号抵达洪魔严重泛滥的图书馆.与此同时,米兰达和约翰逊等人类士兵已经进入图书馆,洪魔*死了大量人类士兵,不过米兰达还是拿到了索引器,随后赶到的神风烈士打晕了约翰逊.米兰达在与神风烈士搏斗时塔塔罗斯赶到,抢走了索引器并带着米兰达和约翰逊离开.塔塔罗斯嘲讽地承认对精英的行动都是出于先知的授意,神风烈士在震惊中被击落深渊.尸脑兽的触手俘虏了他.
在尸脑兽的洞穴,士官长终于见到了神风烈士.尸脑兽通过已经被吸收的忏悔先知和05光环引导者忏悔切线(2401 Penitent Tangent)向神风烈士揭示了真相.尸脑兽说服士官长和神风烈士共同阻止光环的启动.他将二人分别传送到两个索引器可能存在的地方,士官长被传送到博爱之城,而神风烈士被传送到05光环的控制室附近.
士官长开始在博爱之城追击真相先知和怜悯先知,此时星盟的大分裂已经开始,精英开始攻击先知和鬼面兽.受洪魔控制的琥珀铱号跃迁进入博爱之城坠毁,洪魔开始传播.真相先知将索引器交给塔塔罗斯,并命令他启动05光环.真相先知和怜悯先知则计划赶往无畏舰,但怜悯先知在离开之前就被洪魔感染了,真相先知逃脱.塔塔罗斯带着米兰达和约翰逊乘两艘魅影号逃离.士官长随后*到,从怜悯先知口中得知真相先知计划乘无畏舰前往地球彻底消灭人类.为了阻止真相先知,士官长在科塔娜帮助下通过能量管道进入无畏舰.而科塔娜为了防止洪魔扩散而自愿留下,打算故伎重施通过爆破琥珀铱的反应堆消灭洪魔,但被尸脑兽俘虏.
神风烈士很快成为精英起义军的首领,他们攻击了鬼面兽的堡垒,被囚禁的约翰逊趁机逃脱.为了防止塔塔罗斯启动光环,神风烈士和约翰逊结盟,他们使用一台圣甲虫号轰开了控制室的一道门攻入控制室.神风烈士试图让343罪恶火花说服塔塔罗斯不要启动光环,但愚忠于先知的塔塔罗斯憎恨精英,他按着米兰达的手强行启动了光环.神风烈士等人立刻发动对鬼面兽的攻击,在消灭了其他鬼面兽后,神风烈士开始与塔塔罗斯对决.由于只有约翰逊带的离子束步枪才能使塔塔罗斯的护盾失效一小段时间,因此神风烈士等精英花费了很长时间才将塔塔罗斯*死.
与此同时,米兰达迫使343罪恶火花透露,简单地拿走索引器可以停止光环启动程序,但必须*掉塔塔罗斯米兰达才能拿到索引器.塔塔罗斯被神风烈士*死后,米兰达拿走了索引器,05光环的启动被终止.但这个异常操作触发了其他机制,使得银河系另外5座光环进入待机状态并可以在方舟(The Ark)远程启动,而只有地球有通往方舟的传送门.
为了提醒人类和定位方舟,米兰达和约翰逊立即赶回地球,神风烈士领导舰队在343罪恶火花协助下清除被释放的洪魔的威胁,随后也前往地球.
挂壁士官长
士官长登上无畏号后立即遭遇大量星盟士兵,他试图刺*真相先知但失败了,但他依然*死了很多敌人并通过一辆幽灵号逃出无畏舰.在无畏舰外表,他接到命令要他尽快返回地球.
