1>全球同温层运输舰
2047年，Nod大神宫被GDI的离子炮摧毁后，泰伯利亚矿爆发；为了阻止泰伯利亚矿的蔓延，GDI委员会授权GDI工程和建筑公司研发了“同温层垃圾储存和处理系统”用于清理泰伯利亚矿污染物。作为建筑垃圾的运输驳船，它有大型货舱，可以防止泰伯利亚矿污染泄露。通过自身动力进入轨道后，用弹射器将垃圾射向太空，再返回地表。
由于第四次泰伯利亚战争中Nod分离主义者的崛起，和他们采用的游击战术，GDI迫切需要*部队快速投送舰。他们将运输泰伯利亚矿污染物的驳船改装成军用运输船，称为全球同温层运输舰(GST)，2071年首飞；其货舱用于运输步兵和载具，机库还停放着小型飞行器。垃圾弹射器改为轨道空降舱，同时它也是移动战场指挥中心。
舰桥
由于GST和其他战舰的打击，Nod分离主义者在2073年转入地下活动；之后第一支舰队一直绕地球轨道飞行，一旦出现情况就空降部队。在GDI战役第三关中，玩家需要守护坠毁的GST并等待其修复，这个任务是致敬命令与征服2中科迪亚克指挥舰的相关任务。
2>支援基地
GDI支援基地吸取了第三次泰伯利亚战争中思金人遗留的技术，高空悬停能力得到很大改善。它用于为散布在世界各地的GDI部队提供支援。该舰通常出现在GDI势力范围的边界的暴动频发区，由轻型飞行器护航。
升级前
升级后
这种飞行的GDI支援基地是所有基地中移动最快的，可以穿越所有地形。它能部署战斗机、轰炸机和空中炮艇。升至最高级后，还能在发射台发射空中战舰。其需要着陆才能打开舱门，舰长可以放出飞行器用于修理、电子战或增强友军的战斗力。
基地可以升级推进器，增强机动性。升到2级就能拥有导弹防御系统，用于防空。升到3级就能激活维修系统，无论是在部署还是飞行状态下，都可以在一定半径内修复友军单位。
克里斯蒂安.皮尔斯舰长指挥的GSC肯尼迪号自爆摧毁了被分离主义势力劫持的GST Mathuselah号，皮尔斯等人此前已经撤离了飞船。Mathuselah号要撞击芝加哥，因肯尼迪号自爆的影响偏离了坠落点。
肯尼迪号
Mathuselah号坠毁
3>Arcus实验重型多用途轰炸舰
Arcus是GDI研制的实验重型多用途轰炸舰，在战争后期部署到战场上。它安装了重型护甲，装备了3座双联装链炮、2座双联装粒子炮、2座导弹塔和高爆炸弹，短时间就能击落Nod兄弟会的Basilisks。该舰拥有货舱，可以垂直起降部署军队。
在Nod战役的最终任务“The End of All Things”里，凯恩在Ground Zero试图激活Threshold 19(凯恩之塔)，而Wesley Riggs将军派出Arcus攻击他(仅此任务出场)；Arcus摧毁了大多数Nod基地，除了帕克指挥官控制的那座。帕克在GDI夺走泰伯利亚矿控制网络的控制权之前成功摧毁了Arcus。
Threshold 19
4>大天使级重型维修艇
GDI的大天使级重型维修艇拥有4个维修机械臂，装有重型护甲，没有武器，体积和科迪亚克级重型战列巡洋舰差不多大，可以修理载具，可以看作增强版的Spanner。4个修理臂可以修理单一目标或多个目标，但无法修复自身(除非达到“英勇老兵”级别)。
NOD兄弟会里对应大天使级的是Medusa，但后者只能在使用技能“固化矩阵”时维修单位，相当于大天使级的“增强改造”技能。而且Medusa拥有武器：EMP导弹和能量束。
增强改造技能
如果玩家用该舰在多个目标上释放技能，可以获得成就。
技能：
1>破坏武器：降低目标敌人的攻击力；
2>增强改造：固定不动，快速修理周围的友军载具
升级：增强改造
5>科迪亚克级重型战列巡洋舰
由于命令与征服2中的科迪亚克指挥舰被GDI委员会封存，GDI缺乏大型空中战舰。在第三次泰伯利亚战争中，思金人的毁灭者战舰和行星突击母舰威力强大，火鹰无法在短时间内消灭它们，所以战后GDI开始研究浮空战舰。
6年后(2068年)，GDI公布了太空舰队的中流砥柱——科迪亚克级重型战列巡洋舰。该舰以命令与征服2中的传奇指挥官迈克尔.麦克尼尔的指挥舰命名。但该舰不是无武装的指挥舰，而是战舰，拥有三座三联装610毫米炮(比现实中的大和级战列舰的主炮还大得多)，防空武器是三座双联装火神炮。它还有16单元的垂直发射系统，但游戏中不能使用。
它的重型远程主炮安装在底部，射程超过了所有防御塔；炮弹造成爆炸伤害，对加固建筑和地面小目标集群的攻击力很强。但炮塔不能360°旋转，战舰转向也不快。防空炮在顶部，可以有效对付轻型飞机(如毒液)。它的耐久是游戏中所有空中单位里最高的，超重型护甲对实体炮弹和火箭防御力很高，但对激光抵抗力很差，面对Basilisks尤其明显。
后来科迪亚克升级了电源重定向电路和闪电装甲，加强生存能力。通过自身的电流越强，闪电装甲防护越好，但开启闪电装甲会切断提供给武器的电源，所以无法攻击；剩余的电源会提供给发动机，大幅加快速度。由舵手决定将电源提供给武器还是防御/速度。
闪电装甲
科迪亚克在2069年首次部署，GDIS迈克尔.麦克尼尔使用它们摧毁了保护非洲一个重要的分离主义势力基地的加强激光方尖碑。NOD兄弟会惧怕这些战舰，他们的高级指挥官甚至考虑放弃无法防空的激光方尖碑。科迪亚克体积太大，支援MCV无法生产它，和锤头鲨类似，它平时在高空巡航，有指挥官召唤才进入战场。
科迪亚克是支援组达到20级时解锁的最终单位，当达到第三层，升级点数足够后才能建造一次。Nod对应科迪亚克的单位是利维坦，但后者无法对空；不过利维坦对地攻击力比科迪亚克大很多。当玩家用科迪亚克摧毁几个目标后可以获得成就。
在GDI的任务中，科迪亚克是New Adana地区的GDI政府隐藏的、对付起义的终极武器。
在New Adana待命的科迪亚克
技能：闪电装甲：科迪亚克速度更快，防御力提高，但无法攻击。给附近的友军提供防御力加成。
升级：允许使用闪电装甲。
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