重启的整个故事都是围绕着寻找三叔而展开，揭示了他与南海王地宫、十一仓的死当区和雷城之间的关系。
早年三叔得知有人通过听雷揭示世界的秘密，还有雷城的棺液可以治愈病变。
于是二叔等人开始设计让吴邪前往雷城治疗肺部疾病，与此同时另一伙以焦老板为首的人也追踪到了雷城。
故事就此展开了三条线路：一条是铁三角倒斗的南海王墓、一条是黑瞎子在哑巴村试图混进神庙、最后一条就是三叔的回忆。
在解开地宫迷团，探索哑巴村地下河和搜索十一仓的线索后，吴邪离揭开三叔秘密的真相越来越近了。
然而吴邪从青铜门接完小哥回来后，整个人的状态就开始不对了。多次下墓和与汪家人的战斗中，吴邪吸入了大量的尸气和蛇毒加上过度的吸烟。之前因为麒麟竭的存在，这些毒物一直没有击垮吴邪。现在麒麟竭的药力即将失效，吴邪的身体已经不堪重负。
故事的开篇发生在上个世纪八十年代，一辆运输机在东南亚边境坠毁，意外发现了一个古代墓穴。
两国决定组成联合考古队，由吴三省作为中方专家，带领队伍前往勘探。谁料再往勘探过程中，队员相继遇难和失踪。吴三省亲眼目睹他们似乎被一股强大的神秘力量吞噬，被扯入黑暗中。此后吴三省也消失无踪，而十一仓的五大诡货都与这起事件有关。
多年后，成长起来的吴邪经营着吴山居。过着平淡且有些颓废的日子。
一天，还有王胖子说服吴邪接手一起仓库坍塌的工程。到达现场后，吴邪惊讶的发现了一片保存完好的吊葬古棺，具有极高的考古价值。于是他们决定姜其中一口棺材吊起，以便考古队的进一步研究。然而意外却发生了，工人们好奇的围观并触摸古棺。导致一滴棺露接触地面毒气四散，吴邪中毒被送往医院抢救。吴邪却意外得知自己身患肺癌晚期，只剩下三个月的生命了。得知噩耗的吴邪，感到如行尸走肉办萎靡不振。而就在此时，他收到了一条来自失踪了十年的三叔的短信。让吴邪陷入了一个难以解开的谜团之中。
第二天，吴邪焕然一新地出现在胖子面前。吴邪决定前往短信中所指的地方寻求真相，和王胖子一起前往北极阁气象博物馆。
在博物馆的留言簿上，吴邪惊讶的发现三叔竟然给他留了一块地。吴邪和王胖子根据三叔留下的线索，找到了一个废弃多年的气象站。他们还在里面发现了一具尸体，通过照片和证件确认死者就是三叔的朋友杨大广。在杨家祠堂的密室中，吴邪和王胖子听到了雷声停止后。棺椁中传来口哨声、还有风吴邪和胖子怀疑还有密室。他们立即打开棺椁，发现里面有一具七耳尸，耳朵上夹着着像珍珠一样的圆状物。就在此时，雷声再次响起。其中还夹杂着呼唤“吴邪”的声音，令人毛骨悚然。那个声音一直在喊“吴邪”，两人顺着声音来到地面。他们惊喜的发现小哥也来了，并且找到了藏在暗处的金万堂，四人再次进入密室。小哥在棺材下找到了一张竹简地图，通过竹简里的地图，将他们指向了下一站“南海王地宫”。
另一方面，吴二白找到了精神失常的母雪海。他和吴三省都是零四四考古队的成员，母雪海因为在南海墓中的经历变的疯癫。这么看来进入南海地宫的人，要么失踪要么发疯。而杨大广私吞了墓中的物品，并开始了长达十几年的听雷生涯。
根据杨大广留下的听雷磁带和其他信息，吴邪三人说服二叔吴二白，一起前往寻找南海王地宫。
为了下墓安全，吴二白特意找来了听雷断墓的高手刘丧。刘丧是小哥的铁粉，学着小哥在身上纹了麒麟纹身。他们到达平霞滩涂后，通过爆破几人尽数陷入沙底，误打误撞竟然找到了南海王墓的入口。
吴邪与小哥王胖子走散，被无数海蟑螂逼到死路。然后这些虫子却在汇聚后又退走了，似乎害怕吴邪背后的一座雷公石像。这时吴邪背后的雷公石像仿佛有了生命般动了起来，目光紧紧盯着吴邪。铁三角相互敲击墙壁发出暗语，试图找到对方。刘丧听到了暗语，却故意不把吴邪和胖子的行踪告诉小哥。吴邪专注的看着壁画，突然看到纸人士兵竟然复活了，可怕的是胖子和小哥都被纸人士兵*死了。
同时刘丧趁机对吴邪进行了一番严厉的呵斥，吴邪陷入了深深的自责中…… 幸好王胖子及时出现，帮助吴邪恢复了神智。原来刚才的一切都是幻觉，刘丧趁小哥单独寻路的机会诱导吴邪和王胖子进入危险地带，很快两人便被神秘生物拖入黑暗中。束手无策的吴邪只能以头磕墙传递暗语，期待小哥的救援。最终小哥果然来了，两人成功获救。身后的墙壁中，隐藏着南海王养的人手贝。虽然受伤但无大碍，三人恢复后继续前行。
王胖子意外触发了机关，导致地下磁场混乱无法辨别方向危险指数直线上升。铁三角冒险进入甬道尽头的洞口，结果被警示碑文阻止。但吴邪偏偏不信坚持进入爬行许久后，吴邪发现了一个神秘蜡烛点亮后的石门，不料这时身后却被无数怪物追赶，吴邪踢开石门逃到了偏殿。他们小心翼翼地穿过窄道，突然看到一具女性皮俑顺水飘来。这个皮俑似乎有灵性，好像在给他们引路似的。通过女皮俑的指引，他们找到了真正的殿门。但三人却相继失去了视力，吴邪认为是画中的虫子导致失明。他手中的犀牛角蜡烛具有驱邪的作用。南海王为防盗墓贼，将具有幻觉的虫子移植于甬道壁画。并警示“入者无返”，永不见天日。三人进入主殿后，发现了精致的雷声收集器和悬吊的船只。而底下的棺材已被杨家偷走。进到主墓室后，果然发现了一个秘密。割下来的壁画真的如母雪海所说，可以拼成前往雷城的地图。杨大广的死，母雪海的疯，三叔的失踪都跟雷城有关。正当他们准备离开时，突然听到*动声。突然大批人手贝和受控制的皮俑袭来，他们只能登上悬吊的大船躲避。然而在他们精疲力尽之际，一声轰鸣上方出现一个巨大的圆洞。通过绳索他们成功逃离。
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