其实世上最初没有神奇宝贝，只有一些没有特殊力量的生物，但是神奇宝贝的始祖“贝莱林希亚”偷吃了位于世界中心的神树上的一片叶子，立刻发生了变异，拥有了诸如水枪，火花一类的技能。贝莱林希亚迅速成为了生物圈的首领，但他仍不满足，又吃了神树的一朵花，获得了更强的力量。此时他开始滥施暴政，天怒民怨。终于他又吃了神树的果实，这次连神树也愤怒了，它转换为动物形态，与贝莱林希亚展开机战，最终神树用它的力量将贝莱林希亚封印，但贝莱林希亚被封印前最后一刻使用自己全部的力量摧毁了神树，于是两者同归于尽，而神树剩余的叶子，花，果实全部化成了能量分散到碲球各地，使得地球上30%生物获得了特殊能力。物竞天择，适者生存，最后剩下70%的生物都被淘汰，从此碲球生物界迎来了神奇宝贝时代。
其实人类最早是由合众地区的花椰猿进化而来的，在人类出现初期，人类拥有种子机关枪一类的能力，但在生物竞争中仍然不占太大优势，于是人类选择了群居。后来人类学会了驾驭火，制造和使用工具，用语言和文字沟通，冶炼金属，以及使用圆柑果实、赤铜矿和重晶石三种原料加工而成的原始神奇宝贝球捕捉和驯化神奇宝贝。人类的草系特殊能力久不用退化了，但极个别个体出现返祖现象，导致“超能力人”的产生。
