《精灵宝可梦：不可思议迷宫空之探险队》中主角的选择是非常多的，玩家可以选择火、水、草、电、普通、格斗、地面几个大系列，不过相比起来火系的优势比其他几个大很多，输出强悍，远近兼备，更多如下。
空之探险队主角共分为火、水、草、电、普通、格斗、地面、几大系列，其中火属性的突出特色是输出强悍，远近兼备，（虽然主力远程技能喷射火焰往往一周目后期才能习得……）并且打击面丰富，智慧度方面也都偏向于进攻。
不过，缺点是没有回复能力，而且过于重视进攻往往在回复能力与本身的迷宫探险能力上很弱，事实上在本作中，个人认为探险与恢复能力某种程度上是比进攻更为重要，但即便如此，作为队中主力输出位的队长，选择火系是不错的选择，具体到每个主角，火系四个主角各有千秋
不想挑就直接选小火龙
水系的特色是远程攻击多，泡泡，泡沫光线，水之波动都是远程攻击，并且水系宠物都可以习得全屏打击技能暴风雪，所以水系给人的感觉是偏火力支援而非冲在一线，与正统作中水系主角普遍强势的情况相反，空探中水系反而很弱势，之所以这样，第一是空探中前中期有很多水系敌人，并且前期有许多蓄水众，导致本系打击力不稳定，更不提一些水系早期没有远程打击能力，遇到敌人泡泡乱射只能硬着头皮冲上去用冲撞打……第二则是水系要么前期升级技能坑爹，（比如，你选水跃鱼，没拿到水之波动的话就等着哭瞎吧！）要么后期乏力（水箭龟膝盖中了一枪）在游戏中，往往能找到很多更好用的水系，它们往往除了四维成长差一点其他的都可以压制水系主角们，当然，这也不是绝对的。
杰尼龟：准确说是前期最强的水系主角，中期可以获得应援和队友守护两个非常好用的智慧，并且是唯一一个可以自学水之波动的主角，此外，队友守护 保护是它的王牌combo，在探险中可以提供很大帮助，虽然后期会有不少其他的水系在这一点可以做的更好……
小锯鳄：和其他水系主角比它显得更像是当队长的而非支援型角色，自身无法习得本系远程技能，不过升级就可以拥有冰牙，咬碎，垂死挣扎等其他属性打击手段，技能pp值偏多，应该算是一个中规中矩的进攻性角色。
水跃鱼：空探系列主角之耻非它莫属，前期技能表可以说是渣渣一般，连泡泡都没有，好不容易四十二级才有远程技能水压，可是那命中才四颗星，坑的一比，除了水系技能就只能自学一个非常坑爹的扔泥，坑爹的威力坑爹的命中，最关键的是……水跃鱼不是地系!搞半天，这么坑爹的非水系打击技能居然还不是本系技能啊?!我特么还不如用撞击!!!进化后的泥爆弹终于比上面这招好了些，可也只是好一些而已，我宁可指望拿到挖洞技能机学挖洞好了，好歹挖洞还是本系输出= =……
小企鹅：水系主角中的最强后期，前期的技能虽然有些奇奇怪怪的问题，但是没什么大碍(比如啄击打到带着不幸之种的敌人导致自己降级什么的，其实只要注意消息栏往往可以避免)，啄击跟钻孔啄可以有效打击草系，弥补水系攻击对草无力的短板，十八级自学泡沫光线，虽然比水之波动差一点但是完全可以接受了，二周目后进化了，那就牛逼了：水流喷射、剑舞、金属抓、光栅炮都来了，要物理有物理，要特殊有特殊，要远程有远程，要近战有近战，不管是做队长还是打支援都十分管用。
