最终幻想14的尼尔联动副本分为三章持续推进着剧情，随着5.0版本接近尾声，如今最终章也已上线，整个故事的脉络终于出现在了玩家面前，事件的幕后黑手也揭开了它的面纱，只能说不愧横尾太郎亲自写的剧本，给玩家发了一把又一把的刀子？
5.1版本拉开了尼尔联动的序幕，矮人族村落里莫名出现了一群2B小姐姐模样的复制人，对方一副来者不善的样子，围攻一个白色版2B，她自称2P，在这个时候玩家扮演的主角光之战士赶到，救下了2P，并和在场的一对矮人族姐弟一起，用在附近找到的一把钥匙，打开了山体里的一扇门，发现了一处工厂的废墟，大量的复制人在里面被流水线式制造出来。
过五关斩六将，抵达复制工厂的尽头后众人却见到了一个意想不到的人：9S，在前作里，他作为主角之一，带着玩家揭开了寄叶的秘密，把真相公布于众，而FF14里，9S一出场就对玩家身边的2P发起了攻击，一番激战后玩家击败了9S，它坠落于山谷中不知去向，而2P也在这个时候因为能量耗尽，停止了活动。
5.3版本迎来了尼尔联动剧情的续章，玩家一同跑腿下来捡到了一个辅助机和另一个钥匙以及备用的机械零件，唤醒了休眠的2P，然而2P抢过了钥匙之后反过来召唤出了一堆白衣人对玩家发起攻击，原来钥匙其实是信号发送装置，这时2B突然出现帮助玩家击败了2P，随后2P逃走，为了追击她，新的副本人偶军事基地出现了。
这个副本的场地和原作里的地堡及其相似，玩家在这里还见到了机库以及2B小姐姐的房间，可以说是对原作极其高程度的还原了。
击败最后BOSS后，玩家得知白色生命体是一个未知光球制造出来用于对抗她们这样的黑色生命体的，从任务剧情里还能发现，这对受到排挤的双胞胎姐弟其实早前就见到过这个光球，在这里为结局埋下了伏笔。
在人偶军事基地里，2P军团制造了一个拔地而出的高塔，玩家将要在里面进行最后的战斗，无论是白球，还是变成小飞机黑进系统的小游戏环节，都非常还原了。
最终BOSS的目的就是为了吞噬整个艾欧泽亚世界，而9S和2B为了阻止反派，选择了牺牲自己，一同进入召唤阵，来关闭这道门，不知为何，矮人族的姐姐也加入进去，一同化作了光，消失在人们的视线中，只留下了一封信……
矮人族弟弟悲痛欲绝，但是故事还没结束，玩家每周都可以完成一个周常任务，推进真结局的进度，了解为什么姐姐要牺牲自己，以及有没有机会和弟弟再度相聚。
此前尼尔原作的结局就已经在玩家的胸口捅了一刀，如今和FF14的联动，横尾太郎又一次拿起了笔，写下了一个让人意难平的剧本，让人不禁大喊“横尾老贼，真有你的啊！”
