随着时间的推移，中原地区的形势发生了巨大的变化。曹操挟天子以令诸侯，将他的敌人逐个消灭，袁绍也在曹操的攻击下惨败。曹操急于征服天下，但他面临着两位难以对付的英雄——孙权和刘备。
孙权盘踞江东，而刘备则是一位拥有宏大抱负的皇族。此时，刘备已经投靠荆州的刘表，恰逢荆州各地发生叛乱，刘备请求前去平乱。
在平定叛乱后，刘表为了感谢刘备，将新野赠给了他。来到新野后，新野还在建造中。不久后，刘琦前来告诉刘备，刘表已经病重，希望刘备尽快前往荆州。刘表见到刘备，表示自己时日无多，将荆州托付给他，并让刘琦和蔡瑁辅佐他。
离开时，伊瑾告诉刘备，蔡瑁计划加害他，让他尽快从密道逃走。从密道逃走后，刘备来到了水镜先生的住所。水镜先生告诉刘备，他手下有很多猛将，但缺乏善于谋略的人才。刘备问卧龙凤雏在哪里？水镜先生告诉他，得其一可安天下。说完，水镜先生让刘备在这里过夜。
当晚，刘备听到水镜先生和一个人交谈，猜测那个人可能是卧龙凤雏之一。第二天，他问昨晚来的人是谁。水镜先生告诉他，那个人是卧龙先生诸葛孔明。刘备得知孔明在荆州以西的隆中，便前去请求他出山。孔明的弟弟诸葛均告诉刘备，孔明是崔州平，他们约好一起出去游玩，等家兄回来后，就去新野告诉刘备。
回到新野后，伊瑾告诉刘备，曹操的一万精兵正在前往博望坡，孔明出山的第一战就是在这里打响的。为了防止关羽和张飞不服从指挥，孔明借来了刘备的军队，让他统领三军。
孔明命令关羽带领军队前往博望坡左侧的山中埋伏，等待敌军通过后，再切断他们的粮草。
孔明命令张飞带领军队前往博望坡右侧的安陵埋伏，只等南面起火，就可以出击攻击敌军中军，并命令关平、周仓等人准备好引火之物，等待敌军到来后放火。孔明和赵云在正面迎击敌军，来到博望坡后，发现曹军大将曹仁已经在这里等候。双方展开激战，当火势升起时，关羽和张飞等人趁机冲入曹军，十万大军就此覆灭。
刘备听说曹军被打败了，便犒赏三军。此时，荆州的刘表病情加重，他派人告诉刘备，让孔明留在新野看守。刘备迅速赶赴荆州，刘表向刘备透露，待他去世后，刘备可以自行接管荆州。此时，曹操的大军已经南下，刘备的团队面临巨大的危险。在刘表去世后，蔡瑁成为荆州的新主人，并向曹操投降。襄阳和荆州都落入了曹操的手中。曹操即将攻打新野，孔明建议刘备趁吊丧之机夺取荆州，但刘备念及刘表的临终嘱托，不忍心在其子手中夺权。孔明只能劝说刘备前往江夏暂避，刘琦身患重病，将江夏托付给刘备。
此时，孔明得知东吴的鲁肃被困在新野，于是命令刘备将其救回，并与东吴联合抗曹。在新野，孔明击败了蔡勋，找到了鲁肃，并在荆州击败了蔡仲、蔡和两兄弟，找到了船只。孔明和鲁肃乘坐船只来到了东吴，拜见了孙权。此时，东吴的众臣都对孔明的大都督身份表示质疑，更有甚者要求孔明借到十万支箭和东风。孔明自信满满地答应了下来。
孔明和鲁肃来到了柴桑，在老树枝山洞中找到了硝石，制成了火药。随后，孔明和鲁肃乘船前往北方圣山，与大蛇进行战斗，解救了巫女，得到了巫女赠送的秘法之书。孔明用火药炸毁了阻挡襄阳的石头，并在宫殿的地下室中与蔡帽进行了战斗，得到了百万支箭。回到柴桑后，孔明与孙权进行了对话，得知他们需要想办法将曹操的船只连接起来。
孔明拜见了水镜先生，在柴桑城下面的一个隐秘小居处找到了庞统，庞统答应孔明前往曹军献祭，以使曹军的船只连接起来。
孔明和孙权来到了赤壁，孙刘联军和曹操的百万大军即将展开激烈的战斗。孔明用风作法，东风大作，东吴的无数火船撞入水寨，火蒸气息，风启火势。船如箭发烟焰，涨天曹军中船只被铁索锁住，无处逃避。三江面上，火烛风飞，一派通红，漫天彻底。曹军被东吴的火船攻击，火海一片。曹操的大军被烧毁，曹操逃回岸上，被东吴的黄盖追袭。张辽驾小船冲来，箭射黄盖，救出了曹操。
曹操停留片刻，出山试一试，但发现左右两侧都有周泰和周泰的军队，他被逼得无处可逃。幸好，周瑜的大军出现，一路追*，曹军的士兵伤亡惨重。孔明认为曹操已经失败，于是让人在山上放烟，等待曹操前来。
曹操还未上岸，太史慈又*了出来，曹操精疲力尽。左右乌林之西，这是哪里？曹操发现这是乌林之西。曹操仰天大笑，嘲笑周瑜没有计谋，孔明也很聪明，但如果在这里埋伏一支军队，我们可能就无法应对了。赵云出现了，两边的鼓声震耳欲聋，火光冲天而起，曹操被吓得几乎要掉下马，徐晃、张辽和赵云展开激烈的战斗。
曹操慌忙逃窜，天色已经暗了下来，黑云笼罩着大地，大雨倾盆而下，湿透了曹操的衣服。曹军逃到了葫芦口，已经疲惫不堪。曹操在此稍作休息，众人脱衣晾晒，马匹也被解放到野外。曹操坐在树林里，仰面大笑。然而，当他来到树林下方时，他再次大笑，仿佛在嘲笑诸葛亮的埋伏。如果诸葛亮真的埋伏了军队，即使我们能保住性命，我们也可能会遭受重创。正在说话时，四下突然冒起了火烟，带头的是燕人张翼德。在巨绮山口，四下火焰巨绮山口一军摆开，张飞横矛立马，站在山顶上，许褚、徐晃、张辽等人一起与张飞展开搏斗。曹操拔马而逃，众将脱身，但都已受伤。我们只能通过山谷口的小路才能逃脱。华容道非常狭窄，但路线却有好几条。虚虚实实，让人难以捉摸。曹操心想，诸葛亮非常聪明，他可能会在山僻处烧烟，不让我们走小路，以免我们中埋伏。我们只能走大路，以防被诸葛亮算计。曹操仰天大笑，仿佛在嘲笑诸葛亮的埋伏。如果诸葛亮真的埋伏了军队，我的性命就不保了。还没说完，只见关羽提着青龙偃月刀，骑着赤兔马冲了出来。曹军吓得魂飞魄散，面面相觑。程昱想以昔日的恩情请求关羽放行，但关羽为了报恩，已经斩*了颜良和朱文丑，曹操也只能无奈地告诉他，他已经过了五关，斩了六将。关羽觉得自己欠曹操一个人情，于是他勒马回头，放走了曹操和众将。刘备和孔明为众将准备了犒劳，只有关羽独自回来。
关羽回来后，孔明为他举杯庆祝，称赞他立下了不朽的功勋，为天下除掉了大患。但关羽表示，他这次回来是来请死的。他告诉孔明，他在华容道放走了曹操，这违反了军令。孔明拿出了军令状，准备执行军法，但刘备等人为关羽求情。孔明知道此事，但在没人的时候，他告诉刘备，他夜观天象，发现曹操还没有死，所以他让关羽还了这个人情。此时，前线传来了消息。
曹操逃回洛阳，留下重兵把守荆州和襄阳。周瑜计划趁赤壁之势攻打荆州，但南部各郡却被曹仁击败，被迫撤回江东。孔明建议刘备趁机夺取荆襄，刘备随即命令孔明率领军队出征。
