大报恩寺遗址，位于南京市秦淮区中华门外，雨花路1号。
大报恩寺遗址，位于南京市中华门外，北邻外秦淮河，南接雨花台，东至1865园区，西至雨花路，整个景区占地面积约为200亩左右。
自中华门城堡的南门，向南经过长干桥，沿着雨花路，前行大约150米左右，道路的东侧便是“大报恩寺遗址”景区的正门。
2008年，在大报恩寺琉璃塔遗址下发现了宋代长干寺地宫，距今千年，是全国最大的竖穴式地宫，历史上寺塔屡毁屡建，地宫则从未扰动。“三大殿遗址”更是被誉为“规格最高、规模最大、保存最完整的中国古代寺庙遗址”。今日，仍然可以探寻到六百多年前的香水河和香水河桥、永乐御碑、宣德御碑、御道、“三大殿”、油库、画廊等诸多遗址，当年寺院的宏大规制一目了然。
在景区前的“大报恩寺遗址公园”导览图上，标志出13处遗址的位置，即香水河/香水河桥遗址、御道遗址、天王殿遗址、北画廊遗址、明代水工遗址、义井遗址、油库遗址、宋元明清土层遗址、伽蓝殿遗址、法堂遗址、观音殿遗址、大殿遗址、月台遗址等，以及御碑遗址和地宫遗址等。
大报恩寺遗址，2013年3月5日被列入全国重点文物保护单位名录，在大报恩寺遗址景区前，立有“全国重点文物保护单位”石碑，碑的背面刻写有关于“大报恩寺遗址”的相关说明。其内容为，“大报恩寺遗址，在秦淮区中华门外长干里，全国重点文物保护单位。2010年度全国十大考古新发现之一。大报恩寺前身曾屡废屡建，寺名亦屡屡更易。寺先有塔，不知所始。东吴年间初为尼人居其地，吴末之际，寺与塔俱毁。西晋于原地复立寺。东晋后始称长干寺。梁武帝扩建，改名阿育王寺。陈代复名长干寺。北宋真宗天禧二年（1018）改名天禧寺，元改名慈恩旌忠教寺。明永乐十年（1412），明成祖于此重建大报恩寺及九层琉璃宝塔，塔高约80米，九层八面。明代初年至清代前期，大报恩寺琉璃宝塔作为南京最具特色的标志性建筑物，被称为‘天下第一塔’。清咸丰九年（1856）毁于太平天国战火。2008年8月，在南京大报恩寺遗址出土的铁函中发现了七宝阿育王塔，内藏‘佛顶真骨’。”
大报恩寺虽然遭到了战火的破坏，但地面上仍然有一些建筑或遗迹保存了下来。进入大报恩寺遗址景区，迎面的“报恩广场”上便是“香水河桥及御道遗址”。
香水河、香水河桥以及御道，重建于明代永乐10年（1412年），毁于十九世纪中叶的太平天国时期。香水河桥为单跨拱桥，长12.60米，宽7.15米，残高3.40米。桥栏杆已无存。桥拱全部用弧形石块以子母口相互咬合的方式连接，内跨径2.90米，拱高1.90米。拱顶上铺厚度为15至20厘米的三合土，再铺设厚度为25至30厘米的青石板，形成桥面。
香水河桥遗址在山门之后，站在香水河桥前，可以将天王殿，琉璃宝塔顶连成一线。香水河，在佛教有八功德水的含义。香水河桥为青石桥面，桥面微拱，桥下是香水河，宽约3米，河沟通向外秦淮河，是功能完善的排水系统。据说当年朝拜进香的人们，可以乘坐小船由外河进出寺院。
大报恩寺原有的御道仅仅遗存了西端的局部区域，为了保护和展示连贯的御道，景区西部主入口的进出流线分设在御道遗址的两侧。
香水河桥一带原先都是居民住宅，有些房屋就盖在桥面上，据说当年进行考古发掘时，在地面下近一米深处发现了这座古桥。桥面中间铺设了一排巨大的青石板，宽约2.50米，从桥上一直向前铺去，同时，四周还有已经损坏的桥护栏和护栏的间隔石柱础，有些石构件上还雕刻着精美的纹饰。桥身下是半圆形的桥拱，之下都是黑色的淤泥，说明这里确实是一条小河。
当时清理发掘出来的香水河道，河道的两壁由巨型条石砌成，每块条石长约80厘米，厚约30厘米，切割得非常规整，甚至连河道的底部也都是用条石铺就。整个河道虽然已在地下埋了600多年，但似乎没有损坏。香水河北面河道的尽头，是一个连接河道与排水涵道的水闸，三米多宽的河道在此“收缩”为一个不到一米宽的排水涵道，这条涵道通向秦淮河，是大报恩寺排水系统的一部分。
香水河桥的南北侧，对称布置有御碑亭各一座。
御碑亭的基址共有两座，分别位于中轴线的南北两侧，南侧为永乐御碑，北侧为宣德御碑。两碑皆面向中轴线，距中轴线约52米。两碑亭基址布局相同，皆为基槽围绕的方形土台基，边长14米。基槽四角设有大型角石，边长55至58厘米，高170厘米。夯土台基上共有12个柱础，四角各设三个。台基正中为石碑座，用8块长方形大石砌筑。碑座上为石赑屃，整石雕凿。永乐御碑现已不存，宣德御碑尚存。两基址朝向中轴线方向皆设有台阶，两碑之间有一条砖铺道路，宽约6.60米，与中轴线垂直。
北侧碑亭中是明代宣德3年（1428年）3月15日御制大报恩寺右碑，碑通高8.55米，碑身和碑额高6.00米，其中碑额高2.00米，宽2.10米，厚0.82米，篆书“敕建大报恩寺志”，尾记宣德年款；碑身面南背北，高4.45米，宽1.91米，厚0.62米，曾用水泥修补黏合；底座长4.20米，宽2.55米，高0.54米；底座上的龟趺头部已残缺，残长3.20米，高1.90米，碑身上的碑文已经漫漶难辩。
南侧碑亭中是明代永乐22年（1424年）2月御制大报恩寺左碑，青石质，碑身无存，仅存龟趺座，且龟趺座完整，龟身浮雕纹饰尚清晰，长4.25米，高2.40米，宽2.06米。
大报恩寺左碑和大报恩寺右碑，其中左碑碑文约计444字，右碑碑文约计429字，碑文内容在明代葛寅亮所撰《金陵梵刹志》以及《金陵大报恩寺塔志》等中均有记载。左碑的碑文为明成祖朱棣所撰，说明建大报恩寺是为了报“父母大恩”；右碑的碑文为明宣宗朱瞻基所撰，向明太祖、明成祖和明仁宗三位先皇告成，歌颂祖先的功德。
御制大报恩寺左碑/永乐二十二年二月□日
朕惟佛氏之道，清静坚固以为体，慈悲利济以为用，包含无外，微妙难名，匪色相之可求，无端倪之可测。圆明普遍，显化无方，有不可思议者焉。朕皇考太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝、皇妣孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后，开创国家，协心致理，德合天地，功在生民。至盛极大，无以复加也。朕以菲德，统承大宝，负荷不易。夙夜惟勤，惕惕兢兢，只循成宪，重惟大恩罔极，末由报称。且圣志惓惓，惟欲斯世斯民，暨一切有情，咸得其所。继述之重，其在朕躬。仰惟如来万法之祖，弘济普度，慈誓甚深，一念克诚，宜无不应。增隆福德，斯有赖焉。南京聚宝门之外有寺，旧名长干，吴赤乌之岁所建。历世既远，兴替相因。宋真宗时，改寺额为天禧。国朝洪武中，撤而新之。岁月屡更，将复颓圮。永乐乙酉，尝命修葺。未几，厄于回禄。今待命重建，弘拓故址，加于旧规，像貌尊严，三宝完具，殿堂廊庑，辉焕一新，重造浮屠，高壮坚丽，度越前代，更名曰大报恩寺。所以祗灵迎贶，上资福于皇考、皇妣，且祈普佑海宇生灵及九幽滞爽，咸获济利，用仰承我皇考、皇妣之圣志，而表朕之孝诚。今将竣事，特志其本末于碑，用昭示如来之道化。我皇考、皇妣之功德，配天地之广大，同日月之光明，而相为悠久于万万年。
御制大报恩寺右碑/宣德三年三月十五日
夫大觉之道，肇自西域，入中国，行于天下，其要归于导民为善，一切撤其迷妄之蔽，而内诸清净安稳之域，以辅翼国家之治。而功化之妙，下至幽冥沦滞，靡不资其开济，是以功超天地，泽及无穷。历代人主，咸崇奖信。我国家自太祖高皇帝受命为君，功德广大，同乎覆载。太宗皇帝奉天中兴，大德丰功，海宇悦服。仁宗皇帝嗣临大宝，功隆继述，远迩归仁。三圣之心，与天为一，与佛不二。是以道高帝王，恩周普率，四方万国，熙皞同春。朕承天序，寅奉鸿图，惟祖宗之心，操存不越；惟祖宗之道，率履弗违；至于事神爱民，一惟先志。南京聚宝门之外，故有天禧寺，我太祖皇帝加修葺之致，清理之功。岁久而毁，太宗皇帝更新作之，名大报恩寺。上以伸圣孝，下以溥仁恩。经营之精深，规模之广大，极盛而无以加焉。垂成之日，龙舆上宾。仁宗皇帝临御，用竟厥功。制作之备，岿焉焕焉，踔立宇宙，光映日月。于以奉万德之尊，会三乘之众，永宣灵化，弘建福德，显幽万类，覆被无穷，盖自古所未有也。其兴造之由，已见永乐甲辰御制之碑，龙章丽天，本末完具。兹谨述三圣所以嘉厚象教之盛心，刻文贞石，昭示悠久。于戏！钟山巍巍，大江洋洋。圣德长存，慧化不息。亿万万年，与天同寿。
中华门外三藏殿后街北山门一带，石碑原先就被包围在一片低矮的居民住宅之中，碑身局促于北山门6号院内，残存龟趺在正学路44号院内。巨大的龟趺被夹在两间房屋中间，在居民区内到处散落着早先遗留的石础和石基等石构件，有的用来做门槛，有的用来做门枕。
《金陵大报恩寺塔志》中记载，“宣德三年御制大报恩寺碑右碑，在北山门内。左右狭隘民屋环杂，碑高二丈余，洪杨之役，寺全毁。惟此碑独存。文字剥蚀，仅有碑额及碑文末二行，字迹粗可辨认，全文见金陵梵刹志。”
在瞻园“太平天国历史博物馆”的展厅内，有一个“太平天国石雕水池”，水池尺寸长为173厘米，宽85厘米，高38厘米，池内侧高度为22厘米，水池四周雕刻了龙、凤、虎、牡丹等花纹，有二龙戏珠、狮子戏球、双凤朝阳、五蝠捧寿等精美图案。水池边沿上能模糊地辨出“皇妣孝慈昭宽至仁文”、“致理德合天地功在生”、“负荷不易夙夜惟勤悌”等文字。
石雕水池为上世纪五十年代在瞻园内发现，瞻园曾为幼西王萧有和的王府。根据考证，该石雕水池为幼西王府的遗物，系利用明代南京大报恩寺碑改凿而成，也就是那块消失的永乐二十二年二月所立的御制大报恩寺左碑。
继续前行，进入主门厅，正面便是天王殿遗址。
天王殿为大报恩寺北区中轴线上的第二座建筑，现存天王殿为永乐10年（1412年）明成祖朱棣命工部，按皇家规格的营法建造，平面呈“中”字形，坐东朝西，五间三进，面阔26.60米，进深15.30米。殿前为前台阶和月台，面阔17.50米，进深6米，殿后为后台阶，面阔17.50米，进深4.60米，南北各与一座偏殿连接。建筑坐落于夯土台基之上，为带有前廊与月台的五开间、三进深的大型建筑，足以见大报恩寺“宫阙规制”的建筑规模。现址重建于永乐10年（1412年），毁于19世纪中叶太平天国战火。
大报恩寺遗址北区北侧，为北画廊遗址。根据文献记载，明代大报恩寺曾有画廊多达百间以上。
明代周晖撰《金陵琐事》卷三“报恩寺回禄”中记载，“成祖造报恩寺于聚宝门外，乃长干旧寺基，数年方成。佛殿画廊，壮丽甲天下”。在17至19世纪来华欧洲画师所绘大报恩寺的图画中，琉璃塔周匝的画廊清晰可见。
明清时期的寺院格局为廊院式，中轴线上有些主要的建筑，两侧用走廊将其围绕起来，走廊里可以供人参观。当时的走廊的两侧有许多壁画，便被叫做画廊。北画廊遗址地势自西向东由低到高，可以想象当年画廊的宏大规模，画廊的两侧各有一口水井，根据考古推测，可能是因消防而建。
北画廊遗址的外侧为明代水工遗址。明代水工遗址为大报恩寺的排水暗渠，是罕见的明代官修大型排水设施，遗存分为室内和室外两个部分。水通过暗渠排往秦淮河，砌造暗渠的砖石，为明代修建城墙的砖。暗渠之中还设有栅栏，用来防盗。排水暗渠上面则是大报恩寺北部院墙的墙基，是大报恩寺最北侧的边缘。
在大报恩寺遗址景区的北区北侧，有着“义井遗址”。
义井是宋代长干寺的遗迹，根据史料记载，宋仁宗天圣5年（1027年），丞相李迪发愿为民造福，可政大师谏言在城南长干寺建造义井，后经善信唐文遇捐献善款，义井得以开凿。这口井是宋明两个朝代所建，下面是宋代砖，上面的砖为明代时期，在明代建大报恩寺时又加砌了一层，因为是官井，砖砌非常考究。
油库遗址，位于天王殿遗址北侧，为明代大报恩寺灯油存储所在。根据文献记载，大报恩寺琉璃塔佛灯永明，塔上有灯144盏，每日耗油64斤，需100名童子轮流值班，负责添油、剪芯、擦拭明瓦。所以，需要有专门的地方用来储存灯油。当时有人盛赞琉璃塔“白天似金轮耸云，夜间似华灯耀月”，金碧辉煌，昼夜通明，寺内香火与塔灯烟火升腾入云，煞是壮观。
宋元明清土层遗址，位于大报恩寺遗址北区的北侧，展现了宋代砖遗址和宋元明清历代的土层堆积情况。这些重要的遗迹与遗物，与文献记载的大报恩寺历史沿革相互印证，具有极高的考古价值。
在遗址处可以看到三个朝代不同的历史遗迹，包括宋代保护的塔基的护坡和房屋，明代的夯土台基以及清代的古井等。从东晋的长干寺到宋代的天禧寺，再到明代的大报恩寺、寺塔一直在原址上基础上叠加重建。
伽蓝殿遗址，位于大报恩寺琉璃塔塔基的正北部，平面呈“凸”字形，坐北朝南，该殿正中的夯土台基呈长方形，长11米，宽6.20米，现存台基高出地表6米。现址重建于明代永乐10年（1412年），毁于19世纪中叶太平天国战火。
伽蓝殿遗址的展示，将“护法”与“报恩”两大主题融于一体。北侧雕刻着伽蓝三尊与马皇后、碽妃的雕像，两侧墙面分别刻有《佛说父母恩重难报经》和《大乘本生心地观经》。
法堂遗址，位于大报恩寺遗址北区中轴线的最东端，原为五间三进夯土台基式建筑，长25.60米，高14.70米。法堂，又称讲经堂或讲法堂。大报恩寺的前身天禧寺在宋代即为大讲寺，元代升格为皇家御讲之所。明初，天禧寺曾被明太祖朱元璋定为讲教大刹，也是全国佛教事务管理机构僧录司的所在地。
观音殿遗址，位于大报恩寺遗址北区的中轴线上，琉璃塔塔基东侧，原为三间三进夯土台基式建筑，长18.54米，宽11.50米。
大殿（大雄宝殿）遗址，位于大报恩寺遗址的中心处，平面呈“凸”字形，坐东朝西，七间五进，面阔53.03米，进深36.30米。建筑台基的夯筑方法为一层土、一层碎砖瓦的方式分层夯筑。殿前凸出部分为大雄宝殿的月台。
现址重建于明代永乐10年（1412年），毁于19世纪中叶太平天国战火。
在大殿遗址一侧的草坪上，可以看见遗留的石柱础。据说当年的柱础有两米见方，只比故宫最大的宫殿“太和殿”稍许小一些，足以见当年寺院的宏大规制。
月台遗址，位于大报恩寺遗址北区的中轴线上，原为大殿突出连着前阶的平台，面宽17.50米，进深6米，为明代大报恩寺举行重要仪式和祭拜活动的场所。
当年大报恩寺的南、北两侧，曾有画廊百余间，其中北区画廊采用遗址进行了原样展示，而南区的画廊遗址已经被毁坏，采用了部分复原展示，保留原有规制和通透空间感，再现当年大报恩寺画廊的壮丽形象。
大报恩寺的山门朝西，建筑布局总体上可以分为南、北两大部分。寺庙中最重要的宗教性建筑皆分布于北区；而为寺院配套的附属建筑大都位于南区，两者之间以院墙相隔。大报恩寺北区的建筑排列也极为有序，沿着中轴线依次有山门（金刚殿）、香水河桥、天王殿、大殿、琉璃塔、观音殿、法堂等建筑。
据说大报恩寺的山门也曾保存下来，为两层砖木结构，晚清建筑形式，长23米，宽10米，檐口高约7米，曾为长干旅社所使用。
1898年《江宁府城图》和1903年《陆师学堂新测金陵省城全图》等地图中，标注有报恩寺、报恩寺旧址以及北山门、南山门等位置。
长干里一带，是江南佛教圣地，素有“佛陀里”之美誉。自东吴建初寺始元，晋代长干寺继起，并以供奉舍利而名闻天下。宋初长干寺再兴，不久改名为天禧寺，供奉佛祖顶骨真身舍利。至明代永乐年间弘拓旧址、度越前代，兴建皇家寺庙大报恩寺，尤以琉璃塔巨构殊型，壮丽东南，长期被西方作为中国建筑的标志。太平天国期间，大报恩寺不幸毁于战火。
明代葛寅亮撰《金陵梵刹志》中“聚宝山报恩寺”记载，“在都城外，南城地。离聚宝门一里许，即古长干里。吴赤乌间，唐僧会致舍利，吴大帝神其事，置建初寺及阿育王塔，实江南塔寺之始。后孙皓毁废，旋复。晋太康间，刘萨诃又掘得舍利于长干里，复建长干寺。晋简文帝咸安间，敕长干造三级塔。梁武帝大同间，诏修长干塔。南唐时，废。宋天禧间，改天禧寺。祥符中，建圣感塔。政和中，建法堂。元至元间，改元兴天禧慈恩旌忠寺。至顺初，重修塔。元末，毁于兵。国朝洪武间，工部侍郎黄立恭奏请修葺。永乐十年，敕工部重建，梵宇皆准大内式，中造九级琉璃塔，赐额“大报恩寺”。嘉靖末，经火荡然，惟塔及禅殿、香积厨仅存。万历间，塔顶斜空欲坠，禅僧洪恩募修彩饰，灿然夺目。塔下有放生池，构亭其上，曰濠上亭。塔左而前为大禅殿、公塾、方丈、香积相鳞次。又前为藏经殿，贮经板其内。禅殿后为禅堂及请经堂，皆今丙丁年间用寺租及檀施重修。禅堂后有唐玄奘石塔，即藏爪发处。寺外之左有山蔚然苍翠者，曰雨花台，登览最胜处。自此琳宫栉比，名胜所萃，而规摹宏状，罕与此俪。至浮屠之胜，高百余丈，直插霄汉，五色琉璃合成，顶冠以黄金珠宝，照耀云日，夜篝灯百二十有八，如火龙腾焰数十里，风铎相闻数里。群山、大江、都城、宫阙，悉在凭眺中。赐有洲田、廊房、蔬圃。寺额设右觉义一员，所统次大刹二，郭内曰能仁，郭外曰弘觉。中刹十四，郭内曰高座，曰永宁，曰永兴，曰西天，曰普德，曰碧峰；郭外曰崇因，曰外永宁，曰祝禧、曰花岩，曰祖堂，曰清福，曰福兴，曰建昌。”
其中殿堂包括，“金刚殿，五楹。天王殿，止存基址。左、右碑亭二座。正佛殿，止存基址。琉璃宝塔，九级。左大禅殿，五楹。又傍小房三楹。后禅殿，五楹。观音殿，三楹。放生亭，一座。公学，十楹。方丈库司，韦陀殿、香积厨七楹，中方丈七楹，左方丈六楹，右方丈八楹。右伽蓝殿，三楹。僧远一百四十八房，食粮牒僧三百五十名，学僧一百五十名。基址四百亩，东至国公神路，南至郭府坟，西至寺前大街，北至驯象街。”
经殿包括，“前殿，三楹。正佛殿，五楹。左贮经廊，十九楹。右贮经廊，十九楹。”
禅堂包括，“正门，一楹。韦陀殿，一楹。正佛殿，三楹。禅堂，左、右十楹。十方堂，五楹。斋堂，二楹。静室，二楹。请经僧房，七楹。殿库等房，七楹。”
《金陵梵刹志》中的“大报恩寺全图”展现了当年大报恩寺的全貌，图中可以看见琉璃塔、山门、天王殿、画廊、法堂、观音殿、油库、伽蓝殿、祖师殿、钟楼以及放生池、藏经殿、贮经廊、大禅堂等建筑及景观。
诸多的历史典籍中，均有关于“大报恩寺”的记载。1937年出版，张惠衣编撰的记载寺庙的志书《金陵大报恩寺塔志》，收集了明代初期建造、毁于清代咸丰6年（1865）的皇家寺院“金陵大报恩寺”及寺中之塔全面翔实的参考资料，内容涉及大报恩寺的历史沿革、建筑规模等，全书11.4万字。
《明寺观志》中记载，“大报恩寺在聚宝门外，吴赤乌间，有康居国异僧领徒至长干里，结茅行道，能致如来舍利。孙权为建塔奉焉，名寺曰建初，实江南寺塔之始。梁名长干寺，宋改名天禧，本朝永乐初，悉撤其旧而斥大之，赐今名焉。”
《南畿志》中记载，“大报恩寺在聚宝门外，吴赤乌间有康居国僧来居长干里。吴大帝命致佛舍利，为建塔寺，名曰建初。梁天监改名长干，宋天禧中改名天禧，元末兵毁。国朝永乐中，敕大建之，名大报恩寺，有御制碑文。琉璃塔在报恩寺大殿后，即古长干舍利塔，永乐初建。”
顾炎武撰《建康古今记》中记载，“大报恩寺，在聚宝门外。《实录》：洪武十三年十二月，重建天禧寺。初，吴主孙权赤乌四年，于长干建寺。孙皓时废。晋太康二年，沙门惠远复建，因名曰长干寺。南唐时又废。宋真宗天禧二年，又建寺，始名天禧。元末毁于兵。至是重建焉，诏僧守仁住持。永乐十年八月丙午，重建天禧寺。二十二年三月甲辰，赐天禧寺名大报恩寺。宣德三年六月，南京大报恩寺成，命应天府常以民夫五十人及留工匠五十人备洒扫修理。”
大报恩寺顺东向西，寺院整体建筑分为南北两大部分。北部为寺院主体部分，其主体建筑中轴线布局排列有序：山门（金刚殿）、香水河桥、天王殿、大雄宝殿、琉璃塔、观音殿、法堂。香水河桥的南北两侧各置御碑亭一座，观音殿的两侧有祖师殿和伽蓝殿，观音殿后南北有画廊百间，祖师殿前有钟楼一座，而与之对称的伽蓝殿前却无鼓楼。
大报恩寺，前身长干寺的建寺年代及创办人，尚无史料可寻。据说初为比丘尼建的一座精舍，后毁于吴末孙琳之乱，西晋初由僧人原址重建，东晋时获取了阿育王第四女所造金佛像及其铜花趺等，修建了阿育王塔；孝武帝宁康年间（373年至375年），高僧慧达在寺内发现佛祖真身舍利，为此又建一塔，形成双塔供奉之制。
梁大同年间（535年至546年），梁武帝下旨改造阿育王塔，并整理塔下佛舍利，大兴土木，扩建寺庙，并亲临寺庙礼拜，设无碍大会；隋代时期，寺庙遭废弃，其舍利等圣物被移奉长安日严寺；五代南唐时期，寺址一度沦为军营庐舍，《天禧寺新建法堂记》中记载，“至南唐时为营，庐舍杂比，汗秽蹂践，无复伽蓝绪余”。
北宋时期再度复兴，端拱元年（988年），僧可政于终南山得唐三藏玄奘大师的顶骨舍利，在长干寺建塔瘗藏。天禧年间，寺改称为天禧寺。天禧2年（1018年）宋真宗下诏整修寺庙，赐名佛塔为“圣感舍利塔”。
元代，天禧寺被皇家选为讲所之一，高僧志德奉旨入讲天禧寺，天禧寺亦获“元兴天禧慈恩旌忠寺”赐额。元末，寺庙除舍利塔的塔身幸存外，其余均毁于战火。到明代初年，该寺的历史已达千年之久。
明代洪武年间，鞍辔局大使黄立恭奏请重建此寺，于洪武21年（1388年）完成，朱元璋亲自指定僧录司右讲经守仁为该寺住持，重建之后的天禧寺，与灵谷寺、天界寺并列为南京三大刹。永乐年间，朱棣曾下令修缮天禧寺浮图，永乐6年（1408年），寺塔全毁于大火。永乐10年（1412年），朱棣敕工部于原址重建，又建九级琉璃塔，至宣德3年（1428年）落成，赐名“大报恩寺塔”，整个工程历时17年之久。建成后的寺院，规模十分宏大，有金刚殿（山门）、碑亭、天王殿、大佛殿、观音殿、祖师殿、伽蓝殿、三藏殿、法堂、钟楼、藏经殿、画廊、禅堂、僧房等，更有九层琉璃塔。
明代嘉靖45年（1566年），大报恩寺遭遇天火，除琉璃宝塔、禅堂等幸存外，大部分被烧毁殆尽；从嘉靖直至明末，先后有洪恩雪浪法师、祠部主事葛寅亮、寺僧松影等修缮琉璃宝塔、复建画廊以及修建藏经楼等，部分恢复了大报恩寺的旧观。
清代期间，大报恩寺不断得到修缮。顺治5年（1648年）寺僧休然复建了无梁殿、万佛殿等，顺治15年、康熙元年、康熙38年（1698年）对琉璃宝塔、大雄宝殿、天王殿等进行了维修和兴建。嘉庆5年（1800年），再次维修了大报恩寺塔。
清代咸丰4年（1854年），大报恩寺及琉璃塔在太平天国兵燹中被彻底摧毁，如此庞大的建筑群经劫难之后所存无几，寺庙原有的宣德御碑侥幸残存，还有其南隅的三藏殿尚有部分建筑未毁。清代宣统元年（1910年）曾在此开办“江苏僧师学堂”。之后在寺院遗址上逐渐建起民房，仅留下北山门、南山门、宝塔山、宝塔根、宝塔顶等与寺院及宝塔相关的地名。
2008年7月，考古学者在大报恩寺遗址发现长干寺地宫，继而获取佛祖顶骨舍利，2015年12月建成大报恩寺遗址公园。
在明代正史之中，明成祖朱棣重建大报恩寺的目的是为了报答父亲朱元璋和马皇后的养育之恩，但传说却有着不同的解释：一说为纪念生母，另一说为纪念侄子朱允炆。
传说朱棣生母碽妃是一个高丽女子，因为碽妃早产，朱元璋疑其私通被赐死。朱棣登基后，以借纪念朱元璋和马皇后的名义来兴建寺塔，其实是为了纪念他生身的母亲。《明史》等正史所载，朱棣为“高皇后第四子也”；而《南京太常寺志》中记载，“孝陵祀太祖高皇帝，高皇后马氏，左位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王……右一位碽妃生成祖文皇帝。”
《金陵大报恩寺塔志》中记载，“明永乐十年，敕工部重建，准宫阙规制，监工官、内宫太监汪福、郑和等，永康侯徐忠、工部侍郎张信，征集军匠夫役十万人，奉敕按月瞻给粮赏，至宣德三年始告完成。”
大报恩寺在明代永乐、宣德年间建造，由郑和等人担任监工官。此间正值郑和率领下西洋船队多次远洋海外之时，因而对这项工程难以全力照顾，工程进展缓慢。宣德3年（1428年），明宣宗朱瞻基特下御敕，要此时已出洋回国任南京守备的郑和“即将未完处，用心提督”，限期完工。并将郑和下西洋所结余的百万余两银，全部投入此项工程之中。
大报恩寺竣工以后，郑和专门为大报恩寺手书一卷《妙法莲华经》，整篇经文用金粉写成，长达40多米，置于寺中，并还将其从海外带回的“五谷树”、“娑罗树”的奇花异木种植在寺内。清代陈文述曾有《五谷树诗》一首，其中云，“楼船十万泰西回，此树曾随舶棹来。移植远从鹦鹉地，托根终傍凤凰台。种分萧寺双株老，花为丰年几度开。野史纷纷说三宝，貂珰亦自不凡才。”
五谷树，学名“雪柳”，春天开花，夏天结果。果蔬形似稻麦黍谷稷，由此得名。据传为郑和下西洋带回来的植物，其果实形状能预测五谷收成。明代周晖《金陵琐事》记载：“五谷树有二株，一在皇城内，一在报恩寺，不但结子如五谷，亦有如鱼蟹之形者。乃三宝太监西洋取来之物。”
六百多年前，郑和参与了建设大报恩寺。根据考证，郑和所作的事情，大致可以分为三个阶段。一是自永乐10年（1412年）开始兴工至永乐11年（1413年）郑和第四次下西洋前，作为督工参与了大报恩寺建筑基础的修筑和建设，二是郑和第四次下西洋至第六次下西洋结束，此期间郑和的主要精力在通番睦邻，受到时间、精力的限制，在修筑过程中参与较少；三是永乐22年（1424年）至宣德3年（1428年），郑和守备南京，修理南京宫殿，在此负责大报恩寺的修筑工作，直至寺院的最终完成。
