三部曲的收官之作《蝙蝠侠：黑暗骑士崛起》就是要将布鲁斯韦恩和蝙蝠侠这个符号分开，就和剧中的台词一样“任何人都可以是英雄。”
蝙蝠侠背负抹黑这八年里，哥谭可谓和和平平，黑帮的各种势力围剿下消停了起来，而哈维丹特被塑造成了一个真正的光明骑士，以法案的形式将罪犯送进了监狱。但戈登他处于想要替蝙蝠侠翻案和目前的制度维持了城市的和谐的矛盾之中。当制度堕落到坏人逍遥法外而普通人处处受限是，人民需要蝙蝠侠这样的英雄，它可以为了他人奉献自己，来换取制度上的平稳。戈登深知：一个被谎言编织的偶像不是长久之计，他最大的愿望是蝙蝠侠可以回来，并不是真正得到危机到来的时候回来，而是被人民真正意识到他是个英雄。他一度想要告诉别人这一切，但职业操守让他选择了放弃。将这张演讲稿存放起来。
剧情由猫女和反派贝恩推动：猫女偷布鲁斯的指纹，交易给一个贝恩控制的老板，贝恩要利用这指纹将布鲁斯公司搞*。警察赶到，戈登警长追到下水道但被贝恩擒获，虽然借助下水道逃生，但那封演讲稿被贝恩拿到，里面写了所有的真相：“蝙蝠侠不是*害哈维丹特的罪犯，而是英雄。”青年警察布莱克知道了贝恩的计划后就去布鲁斯家里劝蝙蝠侠复出。因为他小时候在布鲁斯父母资助的一家慈善学校长大，他儿时见过蝙蝠侠，认定布鲁斯就是蝙蝠侠。瑞秋和布鲁斯说过，等到哥谭不需要蝙蝠侠的那一天，我们会在一起。但他们都明白，没有那一天。放弃蝙蝠侠身份的8年时间里他是布鲁斯韦恩，在哥谭失去了至亲，昏昏顿顿八年，他也知道等到妖雾又重起时，蝙蝠侠会重新归来。这是一部要将布鲁斯韦恩和蝙蝠侠分开的电影，就如同蝙蝠侠的诞生一样，这次是布鲁斯离开了。
贝恩领着劫匪洗劫证券交易所，挟持人质逃跑。蝙蝠侠重新出山，但是所有警力将枪口对准了蝙蝠侠，使贝恩轻松逃跑，并利用布鲁斯的指纹把韦恩的企业一夜之间*。韦恩企业研制出的用来做清洁能源的核聚变装置，落入坏人手中就可以变成核弹。布鲁斯由于个人*也被迫离开董事会，同时把自己权限交给了马里昂。蝙蝠侠要猫女带他到贝恩的地方跟贝恩单挑，荒废多年的蝙蝠侠完全不是对手，蝙蝠侠被虐得遍体鳞伤，被贝恩扔到没有人可以爬出去的地牢。。唯一之前爬出去的是一个小孩。与此同时贝恩挟持了韦恩企业董事会成员，拿到了核聚变装置，改造成核弹可以随时引爆。随后贝恩宣读了从戈登的真相演讲稿，将谎言戳穿，使得群众刚刚建立起来的脆弱的信仰崩塌，并释放了监狱里所有的囚犯让哥谭重新变成黑暗之都。
布鲁斯在监狱中慢慢恢复，布鲁斯通过监狱里贝恩专门给他准备的电视中目睹了一切。最终战胜对死亡的恐惧逃出地狱。好莱坞式的结局，战胜敌人，但是没能阻止核弹爆炸，只能开着蝙蝠机拉着核弹飞到海上爆炸来救整个城市的人。这是布鲁斯韦恩以蝙蝠侠身份为哥谭人民留下的最后的正义，伴随着布鲁斯韦恩走了，
”人们永远不会知道是谁拯救了这座城市。“
”他们知道。是蝙蝠侠。“
城市中留下了蝙蝠侠的雕像。布莱克扔掉了警徽，改名为罗宾，接手蝙蝠侠的职责。蝙蝠侠的图腾仍然照亮在城市上空直到所有人成为英雄。
