1943年9月到1944年11月是抵抗运动的最终阶段。这一阶段又可以分为两部分，43年9月至44年8月是对抗德国法西斯的艰难时期，此时，国内抵抗党派分裂，民族解放阵线成为抵抗运动的主体，面对德军的几次大规模围剿，游击战士们顽强抵抗，保留了核心抵抗力量并重新发展壮大起来。
44年9月至44年11月是阿尔巴尼亚抵抗运动的决胜阶段，阿尔巴尼亚民族解放军围歼了国内的德军，将其赶出阿尔巴尼亚境内，并清除了国内其余势力，共产党在阿尔巴尼亚建立了新的政权。
国民阵线的倒戈与德国傀儡政府的建立意大利法西斯的投降使得其在阿尔巴尼亚所设立的军事和政治机构全线崩溃。阿尔巴尼亚游击队则继续开展进攻。
在北方，阿巴斯库比领导的合法运动以及其他民族主义团体占领了几个主要城镇;在南方，民族解放阵线取得的成就更为壮观，他们不仅将他们在南部的占领区联合，还占领了例如科尔察、吉罗卡斯特和爱尔巴桑等城市。国民阵线的占领区则主要在发罗拉及其南部港口周围的乡村。
然而，德军的迅速入侵很快就破坏了各党派们维持起来的局面。希特勒担心意大利的投降会使得盟军开辟从意大利通往巴尔*道路，从而使得德国南部边界暴露在盟军的直接攻击之下。"为了阻止盟军登陆阿尔巴尼亚，德国决定对阿尔巴尼亚发动攻击。
在入侵阿尔巴尼亚前，德国国防军制定了一系列军事计划，准备对意大利在巴尔干地区的据点采取代号为“轴心计划”的行动，命令德军接管、夺取或摧毁意大利在巴尔干地区的参与兵力。德军于1943年7月至8月进入阿尔巴尼亚，到8月中旬，大约有6千名德国士兵驻扎在阿尔巴尼亚。
德军入境后，很快就占领了阿尔巴尼亚的机场和港口，还在阿尔巴尼亚海岸线上建立防御据点，以防盟军从亚得里亚海攻入。他们占领了阿尔巴尼亚主要城镇，将游击队赶入了乡村和山区。
德国人计划建立一个独立与中立的阿尔巴尼亚，最好由一个亲德政府来掌权。《穆吉协定》被撕毁后，10月7日，国民阵线的中央委员会命令其队伍停止抵抗行动。
同意大利人统治时期一样，这些*担心遭到来自德军的报复。他们的许多核心据点都位于沿海平原的城镇和暴露地区，都在德国的严格控制之下。
此外，国民阵线很清楚自己的敌人--阿尔巴尼亚共产党组织精良，且有来自苏联以及南斯拉夫的支持，足以让其打败德国侵略者并在战后夺取全国政权，而此时正是借助德军力量摧毁敌人的良好时机。对德国来说，国民阵线的选择正中下怀他们很乐意看到阿尔巴尼亚抵抗力量的分裂。
因此，二者开展了比意大利人统治时期更全面的合作。他们开始通报民族解放阵线的活动，并接受德国人的资金，从通敌政府和德国人手中购买武器。
德国成立“中立政府”后，多数国民阵线成员掌权，继续与民族解放阵线作战。"这使得共产党把国民阵线*和地拉那政府的成员归为彻头彻尾的通敌和叛徒。
总体来说，在1944年5月之前，德国及其傀儡政权在阿尔巴尼亚获得了比其他占领区更高的支持率。因其为了扭转自己的形象做出了不小的努力，他们一直追求在某些方面让人民拥有某种程度的自治，而其在阿尔巴尼亚的施加暴行也少于其他地区。
一位德国历史学家估计，德国统治下的阿尔巴尼亚政府得到了25%至 30%的的支持，剩下30%至 35%的人持中立态度，35%至45%的人持反对态度。然而，人民的支持度最终不可避免地开始减弱，这主要是由于抵抗运动的持续增长和德国人因此而进行的报复行动。
德军入侵初期虽然一直戴着伪善的面具，却也同样进行了残酷的屠*。英国特别行动处(S.0.E.)的大卫·斯迈利上尉在他的回忆录中回忆了德军入境后的暴行:
“在我回去的路上，我看到了其他村庄的浓烟，我以为是意大利人为了报复而放的火。我错了，因为我遇到了萨菲特·巴特卡和他的部队，他告诉我，我看到燃烧的是巴尔马什村，是德国人放的火。他说，他们把家中妇女和儿童活活烧死，并在他们试图逃跑时向他们开枪......这是我们第一次报道在阿尔巴尼亚的德国人。”
早在意大利正式投降前，阿尔巴尼亚抵抗就已经开展了入侵的德国军队的行动。早在1943年7月，游击队就在科尔察到约阿尼纳的公路上袭击了一支德国车队。
8月19日，斯迈利上尉和国民阵线*在科尔察巴尔玛什村附近道路几个拐弯处各埋了8枚地雷。-艘大型半履带运兵车拖着88mm 口径的坦克在一组地雷上爆炸。游击队向运兵车开火，18名德国人被打死。
半小时后，由23辆德国卡车组成的大车队从莱斯科维克方向驶来。第一辆卡车在另一组地雷处爆炸，第二辆和第三辆卡车被伏击，五名试图逃跑的德国人被*。阿尔巴尼亚人在这两次成功的攻击中都没有伤亡。
9月14日，阿尔巴尼亚民族解放军与德国军队开展了第一次正面交锋，德军被击毙 3000人，被迫撤退至山上，民族解放军取得了胜利，占领了发罗拉附近的两处军营，并释放了 7000名被关押的意大利士兵，其中许多人随之加入了阿尔巴尼亚部队。
22-23日，阿巴斯·库比领导的游击队与意大利226军团的第一营一起突袭了地拉那西北部的克鲁亚，来自地拉那的75辆车组成的德国机动纵队被击退，两辆坦克也被炸毁，许多德军伤亡，其余一部分被俘。另一支德国纵队也在爱尔巴桑地区遭到伏击，90名德军被击毙。
德国入境后，于10月末吸纳了以国民阵线为首的党派的力量，共同对抗共产党。与此同时，阿巴斯·库比离开民族解放阵线，自己建立合法派运动，这使得阿尔巴尼亚国内的抵抗斗争形势更为复杂。
1943年10月底，阿尔巴尼亚北部和科索沃地区局势平静:地拉那周围的地区活动着各类游击队;国民阵线和共产党间关系日益紧张:阿尔巴尼亚南部的大部分土地都被共产党游击队占领。11月起，德军开始对共产党游击队发动一系列的进攻，以图摧毁他们，这一系列进攻一直进行到1944年1月，被称为“冬季战役”
德军开展的为期三个月的冬季战役使得共产党游击队元气大伤。冬季对于物资匮乏的民族解放阵线来说原本就很难度过，同时，灵活作战的德军与对当地情况熟知的国民阵线成员一起，给了共产党游击队沉重的一击。霍查在3月份给纳科·斯皮鲁的信中承认，“形势很困难，确实非常困难……但是，正是在这种困难的情况下，我们必须努力不丧失我们的地位。
事实证明，无论是德军还是国民阵线成员，都没有意识到共产党游击队的顽强。队员们善于机动作战，在冬季战役的溃败后，他们及时分散，并重新集结起来;多数游击队身着便服，也掩护了他们的人身安全。
然而，这使得德军对阿尔巴尼亚平民失去耐心和信任，开始对手无寸铁的平民进行镇压。大批爱国者甚至普通市民，都被逮捕投入监狱或集中营。2月4日早展，德军和当地警察在地拉那打死了 84名平名。"这种残暴的镇压不仅没能吓退共产党游击队员，反而使反对德国残暴统治的人越来越多。
与此同时，德国在阿尔巴尼亚的军队部署也发生重大变化。由于其他占领区局势恶化，1944年3月初，279号步兵师撤退并被派往俄罗斯前线，100号师在月底被派往匈牙利。虽然它们有后续的替换部队，但这些士兵多来自于战俘和集中营。
不久，他们顶不住压力叛变，投奔了民族主义者或共产党的队伍中去了。除此之外，盟军于1943年10月13日空袭了地拉那机场，在1944年2月又进行了7次空袭，主要袭击了德军在阿的军事设施。“随着天气开始好转，这些袭击事件增加，并影响到阿尔巴尼亚的许多主要城镇。
英国对阿尔巴尼亚的援助也增长了。1月有25.8吨空投物资。2月，共投放20.6吨。3月的吨数增加到29吨，4月的吨数下降到27.8吨，这些投放物资远不能满足游击队的需求，因此不能认为英国的物质援助是决定性的，但它们确实在游击队的关键时刻起到了重要的作用。
1944年8月底，在罗马尼亚统治的崩溃和保加利亚的危急促使德国最高指挥部最后确定了从巴尔干半岛撤出的计划。贝尔格莱德总部命令所有单位，包括第二十一兵团，准备撤退，以免被夹在前进的苏联和不断壮大的游击队之间。随着军事局势的不稳定，德国法西斯友好占领阿尔巴尼亚的伪装开始褪去。
11月11日，游击队再次发动进攻，11月17日下午，第297步兵师的几个营从都拉斯开到地拉那，用重炮突入该城。经过 20天的战斗，游击队终于解放了地拉那。这一时期，他们还解放了爱尔巴桑。随后，在南斯拉夫人民解放军和游击队军事代表团的帮助下，阿尔巴尼亚民族解放军于11月29日顺利解放了斯库台，实现了阿尔巴尼亚全境的解放。
