蝙蝠侠、蝙蝠女和罗宾一同前往水族馆。小丑将化学品倒入水族馆的水里，导致鱼类变异。这时小丑的喽啰们出现，与蝙蝠侠一众缠斗起来。
这些打手根本不是蝙蝠侠人等的对手，很快几人就搞定全场。在打斗中，水族馆玻璃破裂，为首的被称为小丑的弄臣的矮子被小丑鲨鱼一口吞掉。鱼缸的水混合着化学品流了一地，蝙蝠侠察觉出这鱼缸不足以存放所有的化学品，这里不是小丑的最终目的。这时，小丑突然出现袭击了罗宾，这小丑正是“丑角”，丑角一边暴揍罗宾一边嘲讽罗宾被自己曾经*死的过去。蝙蝠侠和蝙蝠女很快上前制伏了丑角。原来丑角擅作主张，想自己通过在水族馆设伏将蝙蝠侠人等一网打尽，他终是低估了蝙蝠侠。
在制服丑角后，蝙蝠侠向吉姆戈登警探汇报情其中一个小丑的落网。吉姆告诉蝙蝠侠，自己这边好像逮到了另一个小丑。蝙蝠侠听完，安排蝙蝠女和罗宾看押丑角，并强烈叮嘱二人在看押期间记得确保完成其搜身。自己则迅速往吉姆处赶去。
罗宾和蝙蝠女对丑角一番搜身，袖口隐藏的刀刃扑克，胸口的喷酸胸花。这些都是小丑的惯用道具。
这时丑角开始嘲讽罗宾，他嘲讽罗宾用着自己以前的名号，一个正常人怎么会用*死自己的人的名号。一番嘲讽成功激怒罗宾，这正中丑角的下怀，罗宾缓缓举起枪，蝙蝠女试图劝阻，但此时的罗宾依然失去理智，扣动扳机，丑角小丑被爆头。蝙蝠女愤怒指责罗宾的可怕行为后，便愤怒地离开了。
一处公寓，笑客小丑正和老婆孩子愉快地共进晚餐，罪犯小丑突然闯入。画面一转，这公寓竟是破烂不堪，而所谓的笑客的家人不过是两具玩偶。从这里看来，笑客某种意义上可能还有某种人性尚存吧。罪犯将笑客从沉浸中拉回现实，并告诉笑客，丑角已经嗝屁的消息。
蝙蝠侠来到案发现场，死者是退休多年的法官沃尔斯。这位法官被自己的狗袭击，但在袭击前就已经中了化学毒气，正是前面阿克汉姆的那三人所中的那种。所以目击者口中的小丑其实是这个被感染毒气变成小丑模样的法官。蝙蝠侠告诉吉姆，这个法官多年前一直受阿克汉姆的贿赂，然后把犯人送到疯人院。
这时蝙蝠女芭芭拉出现，她要和蝙蝠侠谈谈关于杰森的事情。蝙蝠侠与蝙蝠女离开现场，蝙蝠侠驾驶蝙蝠战车，蝙蝠女骑车紧随其后。蝙蝠女告诉布鲁斯，杰森动手*死了小丑。这无疑是犯罪。芭芭拉希望蝙蝠侠能为此做点什么，蝙蝠侠却告诉芭芭拉，如果我们因此逮捕杰森，就意味着杰森将会脱下面罩，而作为目击证人的芭芭拉也必须露出真容，那蝙蝠女是哥谭警长吉姆的女儿也会随之曝光。蝙蝠侠深知，杰森一直饱受小丑的煎熬……
哥谭街头，杰森正对着小丑的喽啰一顿暴揍，他要独自查清剩下化学品的位置，通过自己头罩的扫描，杰森发现喽啰满身的泳池清洁剂残渍。
蝙蝠侠带着芭芭拉来到城外的黑门监狱，他要见一个人。原来在法官被害的现场，蝙蝠侠发现法官在被狗咬之前就已经被人用奖杯敲死了。蝙蝠侠当时并未告诉吉姆。因为在奖杯上，发现了一个人的指纹。而这个人如今就被关在黑门监狱。他就是乔.切尔----*害蝙蝠侠父母的凶犯。
可当二人找到乔.切尔时，却发现乔在几个月前就已经身患四重癌症。如今乔正在黑门医务室治疗，恐时日不多。那乔就绝不可能在今晚去刺*法官，蝙蝠侠明白了这一切都是为了将自己引入此处。这时，阿福传来消息，杰森利用自己头盔访问了蝙蝠洞的服务器，他似乎发现了另两个小丑的踪迹。
杰森通过线索，独自一人来到哥谭运动馆。当杰森偷偷潜入馆内，来到游泳馆时，眼前的一幕惊呆了老铁。化学品侵满的泳池里，漂浮着密密麻麻的人体
杰森上前查看，突然水中的人睁眼一把抓住其脚踝，吓得杰森连忙开枪才得以挣脱。还没缓过神来，杰森被人从背后捂住嘴巴，中了埋伏。
当杰森再次醒来时，自己被扒光了衣服绑在椅子上，两个小丑正站在他的面前。小丑对杰森进行疯狂的精神折磨，并试图让杰森认为这一切的后果都是归咎于蝙蝠侠。他们把杰森的红头罩改成小丑的样子让杰森戴上，接着用撬棍敲击杰森的头。他们想把杰森变成下一个更优秀的小丑。
蝙蝠侠和蝙蝠女通过定位找到了杰森的位置。二人刚一踏进运动馆，无数被化学毒气变成小丑模样的喽啰冲了过来。经过一番艰难的打斗，终于解决了这些喽啰小丑。二人在一旁的屋子发现了浑身赤裸，遍体鳞伤精神崩溃的杰森。杰森被带回芭芭拉的住所休息。而蝙蝠侠打算继续追查线索。
黑门监狱，小丑突然闯入带走了乔.切尔。小丑打开了摄像机，希望给乔来一场采访，采访的内容正是“你为什么当时要*死韦恩夫妇？”
通过一系列的受害事件调查，蝙蝠侠也终于明白。小丑们是在制造更好的小丑，而袭击杰森并留其活口就是为了故意向蝙蝠侠透露这一点。杰森有些愤怒，他认为如今的一切都是因为蝙蝠侠过于软弱。于是杰森和布鲁斯大吵起来，杰森表示布鲁斯一直在让自己陷入绝望，两人越吵越烈，芭芭拉赶紧劝阻，这才让双方冷静并回到小丑的问题上。
蝙蝠侠分析了三个小丑，罪犯是初代小丑；丑角则是水族馆那位，像个儿童节目主持人；而笑客似乎是个虐待极端狂。而初代制造了后面两位小丑。在说完对小丑的身份分析后，布鲁斯终于朝杰森道出了对不起，自己辜负了杰森托德。并希望杰森丢弃红头罩，重新开始。
很快，蝙蝠侠得知乔.切尔被小丑带走，蝙蝠侠再次赶到黑门监狱。在乔的牢房里，蝙蝠侠发现了乔给自己写的许多封忏悔信，但不知为何都没有寄出。狱警告诉布鲁斯关于乔的事情只有伊万斯牧师知道。杰森和芭芭拉陆续赶到黑门监狱，芭芭拉告诉杰森，他爆头小丑的行径给自己和布鲁斯带来了多大的困扰。而杰森也终于意识到自己的错误，无比忏悔，满心愧疚。
布鲁斯来到伊万斯牧师的办公室，将乔的信扔给伊万斯牧师，并问起乔的事情。伊万斯告诉布鲁斯真相。原来在很早之前，还没生病前的更早前乔就已经开始写这些忏悔信，由于曾经年少的提前辍学，导致他写的每封都是不完整的。他已经改过自新了。
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