为了协调游击队的战斗行动和组织游击队与苏军的协同，建立了专门的机构。根据国防委员会 1942 年 5 月 30 日的决定，在最高统帅部大本营下设中央游击运动司令部，参谋长为白俄罗斯共产党（布）中央委员会* N·K·波诺马连科。
为了领导游击斗争，建立了加盟共和国、边疆区和州的游击运动司令部。领导这些司令部的是各加盟共和国共产党中央委员会、边疆区委和州委的*或委员。
中央游击运动司令部受党中央委托，于 1942 年 8 月底至 9 月初召开的国防人民委员部和中央游击运动司令部领导成员与乌克兰、白俄罗斯、奥廖尔州、斯摩棱斯克州地下党组织的代表及各大游击组织的指挥员和政治委员联席会议，促进了敌后斗争规模的扩大。会议的总结和敌后斗争的最重要问题，写入了苏联国防人民委员 N·B·斯大林 1942 年 9 月 5 日《关于游击运动的任务》的命令。
