与F/A-18和幻影2000C一样，F-16配备了电传飞行系统。电传飞行（FBW）是一种用电子接口代替传统的飞机手动飞行控制的系统。飞行控制装置的动作被转换成电线传输的电子信号（因此称为电传飞行术语），飞行控制计算机决定如何在每个控制面上移动执行器，以提供有序的响应。电传操纵系统还允许飞机计算机发送的自动信号在无需飞行员输入的情况下执行功能，如自动帮助稳定飞机或防止飞机在性能范围外不安全运行的系统。
驾驶F-16和其他战斗机如F-15感觉不同。操纵面由计算机控制：你只需告诉飞机你想让它做什么。
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FLCS（飞行控制系统，也被昵称为“Flickiss”）是一个数字四通道系统，液压定位控制面。FLCS对俯仰、横滚和偏航控制输入具有一定程度的控制。俯仰运动由水平尾翼的对称运动控制。横摇运动由襟翼和水平尾翼的差异运动控制。偏航运动由方向舵控制。翻滚协调由ARI（副翼-方向舵互连）提供。如果主起落架速度超过60节或攻角超过35度，ARI功能不可用。
飞行控制系统（FLCS）可以使用三种主要的操作模式，也称为“gains增益”。这些增益将修改电传操纵系统如何移动控制面。
巡航增益（正常工作模式）
飞机正常飞行时激活（起落架升起，无FLCS故障）
起&降增益
当起落架展开时，或当ALT FLAPS高度副翼开关设置为EXTEND伸出时，或当空中加油活门打开时，在400节以下激活
备用增益
飞行控制计算机检测到FLCS故障时激活
FLCS通过移动方向舵和襟翼，自动补偿偏离中心的火炮发射和火炮发射过程中的气体排放。火炮补偿优化为0.7–0.9马赫。超出这些速度射击可能会产生不利影响。
LEF（前缘襟翼）和TEF（后缘襟翼）
前缘襟翼由FLCS控制，作为马赫数和攻角的函数。
后缘襟翼由FLCS控制，作为起落架手柄位置、ALT FLAPS襟翼开关位置和空速的函数。
飞行控制计算机采用许多输入参数，以便为飞行操纵面计算适当的运动。FLCS控制器的增益由大气数据输入进行调度，侧滑角和侧滑率根据惯性导航系统（INS）的输入进行计算。以下是FLCC（飞行控制计算机）的简化表示。
FLCS配置模式和限制器
飞行控制系统（FLCS）可使用两种主要配置模式：CAT I和CAT III。
根据武器和外部油箱的装载量，飞机将自动检测出您应该处于什么CONFIG配置设置。STORES CONFIG（存储配置）警告表示FLCS存储配置开关未正确设置。
CAT I:空对空配置，在空空武器和中心线燃料箱装载时使用。
FCS将飞机加速度从-3 G限制到 9 G，直到达到15°AoA（迎角）。
在15度以上，最大G是AoA和空速的函数（在AoA为20度时为 7.3 G，在AoA为25度时为 1G）
FCS将最大AoA限制为25度
最大方向舵偏转开始在14°AoA左右减小，然后在26°AoA时无法偏转
CAT III:空对地配置，在安装空对地武器和安装外翼燃料箱时使用。
FCS将最大AoA限制在15.5-15.8度
指令横滚率降低了I类最大指令横滚率的40%，以降低横滚耦合偏离飞行的风险
最大方向舵偏转在3°AoA时开始减小，然后在15°AoA时无法偏转
笔记：
注1：CAT配置开关本身不是“G限制器”选择开关。它限制了迎角，进而根据AoA和空速的函数限制了最大可达到的G。
注2：当起落架展开时（起飞/着陆期间），FLCS增益作为俯仰速率指令系统运行，直到10度AoA。在10度AoA以上，FLCS作为俯仰速率/AoA指令系统运行。
注3：超过35°AoA时，横摆率限制器提供横摇和偏航轴防转控制输入。它还切断了控制杆的滚动指令。
注4：低于-5°AoA且小于170 kts，偏航率限制器提供防转舵输入。
