因为《宠物小精灵》里的神奇宝贝属于“生物”，所以同样无法脱离生老病死的自然规律，虽然部分传说级的神奇宝贝因为身体构造较为特殊可以永恒不死，但是绝大多数普通的神奇宝贝依然存在生命时限，从而导致种群数量的减少甚至灭绝。
但真正威胁神奇宝贝生命的因素不止是生命的终焉和致命的疾病，还有食物链的猎食关系和人类造成的污染，当然还有无法避免的自然灾害。
其实无论是因为什么，它们都是将要濒临灭绝的物种，也许曾经的你我并未关注它们，但是当某一天《宠物小精灵》里面的某只神奇宝贝，突然从我们眼前消失并出现在动画的“传说”或资料中时，也许我们见到的便是最后一只珍稀神奇宝贝。
臭臭泥
臭臭泥这种神奇宝贝很少有人会喜欢它们，毕竟全身暗紫色的污泥真的有些令人难以接受，然而它们却是城市中最美的神奇宝贝，因为它们会寄居在下水道或阴暗潮湿的地方，并以人类制造的垃圾为食，在《宠物小精灵》的动画中，基本没有到过负责城市环卫的人物，但城市却依然非常干净，其实这绝对归功于臭臭泥，但是当环境逐渐变好不再有垃圾的时候，臭臭泥赖以生存的环境也许就不存在了，而到那时也许臭臭泥便只能在神奇宝贝教科书上看到了。
鬼斯通
鬼斯通是幽灵型神奇宝贝，喜欢恶作剧以惊吓旅人为了，鬼斯通喜欢黑暗讨厌光亮，通常会选择在夜晚或阴暗的地方出没，然而当人类的都市逐渐扩大自然面积逐渐减少，再加上人类都市的灯火通明，使得鬼斯通的容身之处越来越少，也许在不久的将来鬼斯通只能出现在《宠物小精灵》的恐怖传说中了。
大葱鸭
大葱鸭经常拿着一根棒棒葱，在神奇宝贝的世界中被视为最美味的猎物，而在人类的世界中也被誉为“自带作料的行走美食”，而对于我们来说也许它才是那道真正的知名美食，其实说到这已经非常明确了，唯一被吃到“濒临灭绝”的就只有它，虽然心里觉得很不舒服，但嘴里的口水不由得我不诚实。
菊石兽，多刺菊石兽&化石盔，镰刀盔&化石翼龙
这些是远古时期的神奇宝贝，因为经历神奇宝贝远古时期大灾难时逃过一劫，所以在不知名的岩洞中幸存下来，但因为常年处于黑暗之中所以一直处于睡眠期，直到动画中小智与火箭队坠落到这个岩洞中，它们才首次苏醒。
