每个地方都有自己的传说故事，而中国有许多锁龙井，也被称为锁蛟井。其中最早的神话故事是关于禹王锁蛟的。相传龙门山是一条阻挡恶龙进入海洋的地方，这只恶龙有一个叫做“蛟”的小儿子。虽然蛟的体型很小，像一条七寸长的蛇，但它的力量却可以掀起三重波浪。恶龙挡住了黄河，而蛟经常在洪水源头盘旋，使水像猛兽一样吞噬田地，伤害人畜。长期以来，人们对恶龙和恶蛟非常痛恨。后来，在大禹凿龙门时，恶龙被砍断。在临死之前，恶龙让它的最小儿子蛟破坏黄河两岸，引发洪水，使大禹的治水工作前功尽弃。于是，蛟躲在黄河滩上的草丛中，准备掀起波澜。几个月后，恶蛟果然卷土重来，水灾再次发生。
黄浪翻滚，河水掀起数丈高的巨浪，但巨浪并没有前进，原本自北向南的河流，竟然冲破东西两岸，导致岸边土崖崩塌，肥沃的田地和村庄都毁于一旦。大禹和难民一起站在黄河岸边，目睹着这一幕悲惨景象，面带悲伤。后来，大禹得知葛条可以捆住蛟，于是他来到了龙门山请当地人砍葛条，让水手将木排放入黄河洪水中，带着几个精通水性的人，勇闯洪水，直奔被恶水扬起的数丈高的峰顶。恶蛟看到大禹带着人渡过海洋，恶龙张口欲吞噬大禹，但大禹抓住机会，抛出九十九条葛条，将恶龙紧紧缠住。恶蛟想要挣脱，但葛条却越缠越紧。就在这时，黄河巨浪突然倒退，河岸不再塌陷，村民们可以重建生活了。大禹和壮士们在龙门出口的河中巨石上，用一块大石头锁住了这只恶蛟。
随着时间的推移，葛条腐烂，邪蛟被锁在海底，成为巨大的怪物。这就是古代小说中所说的“海底蛟龙”。尽管有许多关于锁龙井的传说，但它们确实存在于现实中。其中最有名的包括北京的北新桥锁龙井、南京的仓巷锁龙井、南昌的万寿宫锁龙井和禹王锁蛟井。这些故事为人们所熟知，民间传说中，锁龙井的种种奇异现象似乎都在暗示着锁龙井的另一端有着不寻常的事物。北京的北新桥锁龙井传说特别有名。相传刘伯温和姚广孝发现北京城有许多海眼可以通向大海，其中有两个比较大，一个是东直门，另一个是北新桥。为了防止洪水泛滥，他们捉住了一条龙，将其锁在了北京北新桥的海眼中。
他们在海眼上建了一个深井，并用一条长长的大锁链系在井上。井上还修建了三座殿堂，供奉佛像。姚广孝记得帮自己锁住龙的是岳飞，所以选择了岳飞的佛像供奉在殿堂中。龙公见自己被锁住了，最后问了一个问题：“姚公子，我什么时候能出来？是被关一千年还是一万年？”姚广孝回答说：“等这座桥老旧了，需要修缮的时候，如果修了桥翅，你就可以出来了。”从那以后，北新桥从未出现过桥翅。之后，龙子也被抓来锁在海眼中，同样问了一个问题：“姚大人，我会被关一千年还是一万年？我什么时候才能出来？”姚广孝回答：“只要听到城门打开时的钟声，你就可以出来。
”但是，从那以后，城门的开关声就不再是钟声，而是钟声。很巧的是，北边正好有一座镇海寺，使这个传说更具可信度。日军占领北京后，当地人被要求拉起井中的铁链。铁链被拉上来，覆盖了整个区域，看不到尽头。日本人没有放弃，让他们继续拉。拉着拉着，井中的水开始反黑，并发出奇怪的牛叫声。当地人和日本人都被吓坏了，立即将铁链放回井中。在2004年，北京地铁5号线的建设过程中，据说“锁龙井”被打开，导致事故发生，只能迂回绕道而行。这件事也被新闻报道，称地铁需要绕路，以保护北新桥的古井。至今，许多科学家都不敢接触这口井。除了北京的锁龙井，南京的锁龙井也有一个著名的故事。
明朝开国皇帝朱元璋定都南京后，有一天他去朝天宫散步，偶尔抬头，看到墙上有一个影子在左右摇晃，朱元璋惊讶地看着两条八爪金龙在打斗。朱元璋吓坏了，以为这是要夺取他江山的征兆。从那时起，他就心生疑虑。善于察言观色的刘伯温告诉朱元璋，他有办法解决金龙的问题，决定使用七十二地煞之法，这个方法需要用到七十二口井。这些井象征着七十二道钉子，用来钉住金龙，使它无法再翻身。他们还在安品街挖了一个百丈深的井，井底放着一条铁链，可以缠住龙的身体。他们还将原来的小巷名字改成了仓巷，意味着龙被关在仓库里，无法出来。每个锁龙井都有自己的故事，都是用来惩罚犯罪的龙或蛟。
一些锁龙井没有得到探测，有些被人们探测过，但它们都有相同的特点：铁链很长，拉动铁链需要很长时间，井水会翻滚，散发出腥味，井底会传来牛鸣般的声音，与1934年营川坠龙事件中龙的叫声相似。然而，专家介绍说，所谓的锁龙井似乎并没有那么神奇。当时建造锁龙井的主要目的是为了控制暗河，而那条长长的铁链是用来压住泉眼的，类似于现代使用高标号水泥填塞的方法，只不过古人的方法更加科学和合理，可以控制链条的长短。而当铁链被拉动时发出带有血腥气味的声音，是因为下面的河水湍急澎湃，铁链在水中放置了很长时间，已经氧化生锈。一旦拔掉铁链，很可能无法控制水流，导致该地区被淹没。
