数码世界最强下忍之间的对决终于打响，木叶飞舞之处火亦生生不息。青蛙兽火急火燎打开房门，启禀怪蛙皇陛下，暴龙改造者已经兵临城下，黑暗魔环遮天蔽日，花拉兽和蘑菇兽就这样被控制，将来到数码世界冒险的孩子们团团围住，双方展开了激烈的追逐战。
巴达兽两个大逼兜扇懵花拉兽，小猫咪直接祭出最强神技，仅用一个眼神就吓退了对手。其他数码宝贝们纷纷祭出各自绝学，小蘑菇打不过就开摆，将孩子们交给了忍者伊贺兽成熟期数码宝贝。
眼看敌人掏出手里剑，麻鹰兽举起手指疯狂嘲讽，摇身一变疾风忍者兽。为了决出谁才是最强下忍，双方立刻扭打在一起，木叶飞舞之处火亦生生不息。
第六次忍界大战终于打响，其他孩子们还在对抗强敌，整个小镇的数码宝贝都被控制，打不完根本打不完，主角团只能先猥琐发育一波。千钧一发之际，小青蛙打开秘密逃生通道，感受到了伙伴的召唤，忍者兽主动叫停了这场无休止的争斗。
为了报答上次的救命之恩，青蛙和蝌蚪们决定吹响反攻的号角，必须要跟暴龙改造者殊死一搏。谁知高高在上的陛下帅不过三秒，妥妥的完全体之耻。趁着怪蛙皇熟睡之际，伊贺兽亲自给对方套上了黑暗魔戒。
总有刁民想害朕，历史总是惊人的相似，发疯的怪蛙兽对着城镇无差别破坏，又开启了日常拆家的任务。魔音灌耳犹如滔滔江水连绵不绝，主角团纷纷开启装甲进化，唯有摧毁黑暗之塔才能结束这场闹剧。
两位小情侣的战斗智商非同凡响，为大家上演了一波完美的借刀*人，终于摧毁了黑暗之塔。雷龙兽和钢钻兽联手克敌，三下五除二将怪蛙皇掀飞在地。
虽然小镇上的数码宝贝们已经恢复了原样，但忍者之间的战斗并未结束，原因就是不可能有两个人同时使用飞镖。为了击败忍者兽，伊贺兽祭出伊贺流的独门绝技，多重影分身之术技惊四座。忍者兽并没有坐以待毙，树叶隐身术惊艳亮相，草替手里剑一招制敌。
两位下忍之间的战斗终于分出了胜负，发疯的怪蛙皇又一次陷入了沉睡，大家一起瞄准黑暗魔戒发起进攻，终于让陛下恢复了原本的模样。暴龙改造者默默注视着这一切，仿佛在酝酿着一个巨大的计划。现在只剩下阿助的诚实徽章没被发现。
孩子们来到一处海上油田展开冒险，D3暴龙机终于有了反应，这就意味着附近肯定有装甲数码蛋。伊织表示该轮到自己出场了，带头四处寻找。这时超海龙兽破水而出，一尾巴掀飞建筑物，彻底切断了主角团的逃跑路线。海水顺着裂缝喷涌而出，塔内的氧气越来越稀薄。伊织表示这一切都是我的错，没有弄清状况才中了敌人的陷阱。
一旁的巴达兽突然有了新发现，这里居然有一艘紧急救生艇。哥哥姐姐们将生的希望交给了伊织，不顾小朋友的反对强行塞进艇内。拜托伊织回去以后通知阿助学长前来增援，只有海狮兽才能化解本次安危。
此刻的阿助正在补习班考试，为了赶快回去解救伙伴，伊织谎称阿助的父亲意外生病住进了医院。得知此事的学长并没有怪罪小朋友，连忙给军师光子郎打去电话。另一边的小分队也没有坐以待毙，终于找到了诚实装甲数码蛋，其他人完全拿不起来。穿山兽非常期待自己的新造型。
