除杂质
榨汁所得的葡萄汁含有许多杂质与葡萄残渣，常浑浊不清，容易变质，且会产生怪异的草味，必须先去除再进行发酵。最常用的是自然沉淀法，只要半天到两天的时间就可以完成。天气较热或葡萄质量不佳的年份，需要通过降温或添加二氧化硫来抑制氧化与发酵，因为只要一发酵，产生的二氧化碳气泡就会干扰沉淀，无法达到澄清的效果。
二氧化硫是一种自然的抗氧化剂与抗菌剂，除了在葡萄园中可用来防治粉孢菌，在葡萄酒的酿造过程中也经常使用，最后在装瓶时也必须添加，具有保存、防腐的功能。没有添加二氧化硫的葡萄酒，相当脆弱、不稳定，很容易变质。霞多丽是对于氧化耐受度较高的品种，在榨汁后，如果一开始就添加二氧化硫保护，可能会降低之后的抗氧化能力。在勃艮第的酿酒传统中，曾经流传先让葡萄汁氧化变浑浊，转成棕绿色后再添加二氧化硫的做法，这可以避免之后葡萄酒提早氧化的风险。新式的酿酒法从一开始就添加二氧化硫，让霞多丽失去习惯氧化的机会，反而增加了氧化变质的风险。
发酵前的澄清并不需要做到绝对纯净，这样反而会让酒失去一些风味与个性。有些酒庄甚至会直接跳过发酵前去渣的程序，其中包括知名的酒庄，如夏山-蒙哈榭村的 Ramonet榨汁后直接入桶发酵，完全不经沉淀。这种方法要求在之后的酿造上更加小心，须减少搅桶与换桶，以降低酒变质的风险。
有些年份的葡萄汁会过于浓稠，很难通过沉淀澄清，有些酒庄会加入特殊的酶，将汁中的果胶水解成可溶于水的物质，降低浓稠度。有些地区澄清的方式更为复杂，在夏布利地区，因为机器采收较多，有时为了让葡萄汁更干净，还会通过凝结或过滤法来澄清葡萄汁。
酒精发酵
澄清过的葡萄汁已经可以开始进行酒精发酵。只要温度适宜，葡萄汁中的野生酵母会将葡萄糖转化成酒精。这个看似简单的过程，在勃艮第却存在许多可能性，酿酒师可以通过不同的方式来酿造霞多丽。勃艮第因为气候较冷，如果需要，酿酒师可以通过加糖来提高1％—2％的酒精度，但也可以完全不加。大约加17克的糖可以提高1％的酒精度。现在虽然大部分的酒庄会采用人工选育的酵母，但是仍有酒庄不会另外添加，而是直接让原生酵母自然发酵。
过去，为了让酵母一开始就快速起作用，有些酒庄会在采收开始之前预先采摘一点葡萄培养酵母，以添加在第一批葡萄汁中，让酒精发酵可以实时开始。发酵会产生二氧化碳，因为二氧化碳的比重较空气稍大一些，有保护葡萄汁免于氧化的功能。葡萄汁越晚发酵，氧化的风险就越高，由于二氧化硫也会抑制酵母菌的作用，此时不适合再添加，以免让发酵更加延迟。
为了方便控制温度及保留新鲜果味，大部分的白葡萄酒都是在不锈钢酒槽内进行酒精发酵。但在勃艮第却有些不同，有很多酒庄选择在容量相当小的橡木桶内进行，尤其是产自金丘区的白酒，大多在木桶中发酵，越顶级的越是如此。霞多丽是白葡萄中和橡木桶最契合的品种，仅通过选择橡木桶，酿酒师就可以展现自家风格。
在勃艮第，每家酒庄的葡萄园面积都不大，而且常常需要分开酿造，一片只有0.1公顷的葡萄园，大概可以酿造一到两桶228升的白酒，如果要在不锈钢酒槽酿反而麻烦。勃艮第葡萄园分散的特性让霞多丽在橡木桶中发酵显得顺其自然，而事实上这也是勃艮第的传统。不过，作为一种发酵容器，橡木桶确实为霞多丽带来很多风味上的改变。
除了适合小量酿造，橡木桶也容易控温、让酒变得圆润，同时增添特殊香气的功能，但酒庄却需要增加更多的成本与时间。橡木桶在博恩丘区的酒庄最常采用，在夏布利和马贡内区则有较多酒庄选用不锈钢槽。以橡木桶发酵的不便在于每一桶都必须独立照顾。因为发酵的速度和温度都不相同，为了方便照顾，有许多酒庄会先在不锈钢槽内发酵，然后再入木桶，通过这样的方式，酒精发酵会比较一致。酒商通常采用这种方式。由于全球的葡萄酒迷习惯直接将霞多丽和橡木桶的味道联系起来，所以即使酒槽发酵的酒，也常会放入橡木桶中培养一段时间，以泡出橡木桶味。
红酒和白酒发酵的最大不同在于最佳的发酵温度，红酒一般在30℃，但白酒却低很多，必须控制在15℃-20℃，若是17℃C-18C更好。温度过高会加快发酵，无法保留清新细致的果味，香气会过于浓腻、不清新。相反，温度过低，发酵慢，会产生菠萝等热带水果香气，虽然可口，但同一化的味道常常掩盖了葡萄本身特有的风味。当葡萄汁温度升到13℃时，酵母就会开始起作用，将糖发酵成酒精和水，同时也会发热，使温度升高。
在发酵的高峰期，温度会升得相当快，大型的酒槽必须具备冷却系统，以免温度过高。木桶的温控较为自然简单，因为容量小，升温慢，在阴冷的地窖中，自然能维持在15C-20C。因为低温发酵比红酒慢，会拖一个月或更久的时间，特别是在发酵末期，酒精度高糖分少，酵母已不太活跃，若遇上冬季低温，甚至可能让发酵中止。也有到来年春天回暖时才完成酒精发酵的例子。
勃艮第的白酒大多会进行乳酸发酵，不过，因为勃艮第的葡萄农并不急于完成，常跟白酒的培养同时进行。
