金刚菩提子色差严重，通过后期盘玩无法使颜色保持一样，它的色差是由菩提的劣籽和异树生长这两方面因素所决定的。建议用备用的籽换掉色差严重的菩提，不断盘玩新籽使其包浆变色。另外，初期的色差可以通过正确的盘玩方法得到恢复。
选择金刚菩提子初期就应该注意尽量不要有色差，金刚菩提分为红皮籽黄皮籽，应当挑皮色比较一致的，同时注意选择皮质相同的，这样出现的色差会小些。 金刚在上色过程中会有个尴尬期，都会出现不同程度的色差，一般盘玩一两年后色差会逐步消失。 其一，将颜色较深的金刚菩提子用备珠换下来，待其他其他珠子颜色追至相同深度以后再换上。 其二，如若没有备珠或者备珠不足，可将珠串的顺序重新串一下，将深色的串一起，浅色的串一起。然后盘玩的时候多盘浅色部分，或者干脆将深色的珠子取下。 其三，最简单最有效最完美的方法是购两条一起盘玩，这样在盘玩过程中逐渐将色差大的珠子取下。最后两条拼出来的一条珠子的颜色是最完美的。
