作为一款以海盗为题材的Steam生存类沙盒游戏，《ATLAS》虽然为玩家提供了多种多样的特色玩法，但是最为核心的仍然是海盗的玩法。海盗海盗，那就离不开海洋，而基于这款游戏的真实度，想要在海上自由行动，就必须依赖船只。
船只在《ATLAS》里已不仅仅是简单的代步交通工具，还在各大海上战场上大显身手。无论是偏爱周游世界的佛系玩家，还是喜欢刺激海战的硬核玩家，都离不开船只。在这款游戏中，玩家可以自由打造专属于自己的船只。
根据船只的大小分类，无非就是大中小型三类，但是在海盗世界，几乎没有出现过一模一样的船只，归根究底，就是因为开发团队引入的船只个性化建造系统。运用各种船只建造元素，玩家能够为自己的船只设计出独一无二的外观和功能来。
船只的个性化建造玩法中，最值得关注的莫过于模块化的栏杆系统和三类全新的建筑塔了。所谓模块化栏杆，就是支持玩家在建造船只或者正式起航之前放置在船只上的各类栏杆，主要包括标准栏杆，小艇附件栏杆，货架栏杆，加农炮栏杆等等，每种栏杆都有不同的功能，比如说货架栏杆能够提升船只的装载能力，这在贸易版本中是非常实用的。而加农炮栏杆几乎是每一艘战斗型船只必备的。
在不久之前，船只的个性化建造玩法中还引入了三类建筑塔，它们分别是亚特兰蒂斯塔尖，工业发电机和诅咒塔的军队，它们不仅仅在外观上大相径庭，功能上也各具特色。每一种建筑塔都可以为船只提供强大实用的buff。各种个性化建造元素的引入使得游戏中的船只五花八门，船只建造玩法变得新奇有趣，
