在吗？在拉屎吗？谁能拒绝在蹲坑的时候一起回忆我们的童年？数码宝贝话不多说承接上集。
被冲散的孩子们各自来到神秘地区美美与巴鲁兽遇见了黄金大便兽和大聪明芝蒙兽，大便兽疯狂向美美投掷大便。就在美美即将被大便淹没时，神圣光芒使大便兽变回好的大便。之后便向美美透露光子郎与甲虫兽的下落并且希望和美美约会。真是普信便下头便。
美美找到正在钻研墙壁文字的光子郎，二人在迷宫里不停的摸索着出路，不巧碰见了迷宫守卫成熟骑数码宝贝的人马兽。人马兽不由分说疯狂追赶美美，好在光子郎与巴鲁兽及时赶到。随后巴鲁兽进化成为仙人掌兽，甲虫兽进化成为比多兽。双方也展开了激烈的交战，经过一番努力成功将人马兽体内黑色齿轮打出体外。
众人也从人马兽口中得知，神圣计划是为了保护和拯救整个数码世界的机器。而在这时又一次被恶魔兽控制的狮子兽赶到这里，随后一拳直接干趴人马兽。美美与光子郎二人赶忙拿出神圣计划，而神圣计划所释放的充满黄色的光芒也让狮子兽根本无法睁开双眼，随后害羞的逃掉。
得救后的二人也一同继续寻找剩下的伙伴们，另一边漂浮在海面上的阿丈也遇到了奥加兽。正所谓仇人见面分外眼红。双方随即大打出手，哥玛兽也进化成为海狮兽与其交战，一发鱼叉机关炮打向奥加兽。随后带着阿丈赶忙逃离能量耗尽的海狮兽也退化成为哥玛兽。二人在海中飘荡着，不巧被苏娜吊上岸来也算成功与伙伴会合。
二人二人兽来到一处阴森教堂，其内部竟然有许多人类。可是这些人类全部都是由成熟期数码宝贝猛鬼兽变化而来。而猛鬼兽们想要将素娜和阿丈一同献祭给恶魔兽。比丘兽和哥玛兽则被关押起来，好在两只数码兽智商都是125加在一起，成功骗到猛鬼兽将打晕逃脱出来。
就在二人将要被献祭时，哥玛兽与比丘兽纷纷进化，与巨大猛鬼兽战斗起来，众人合力打倒猛鬼兽，而素娜和阿丈也发现了无限山，并认为众人也会前往，两人则先一步赶到无限山内。而可怜的阿武与巴达兽迷了路哭得嗷嗷直叫。巴达兽十分可怜兮兮的表示为什么只有自己不能进化，而一旁的阿武也安慰起巴达兽，并认为巴达兽的进化一定超级炫酷，比如猪猪兽攻击是吃绝招是睡797，或者是河马兽绝招是流鼻涕。这种猜测也令巴达兽对进化产生的抗拒。
二人一路走走停停来到培育数码蛋的儿童乐园，原来每一个数码兽都是从数码蛋里孵化出来，随后慢慢成长进化。就在阿武对数码兽的成长感到震惊时，负责照顾数码蛋的成长期。数码宝贝艾力兽突然出现，对二人的到来感到十分戒备。当得知二人在照顾刚出生的数码兽时，又疯狂的嘲讽二人，一人二兽也耍起了小孩子脾气，互相开始比试起来。
小朋友的友情就是这么简单，一来二去几人也成为了朋友。恶魔兽在看到巴达兽后也确信只要在巴达兽没有进化之前消灭二人，那么这个世界便没有人能阻止恶魔兽。随后则派黑化狮子兽以及奥加兽前来*掉阿武二人。
在这紧要关头太一和阿和赶到暴龙兽和加鲁鲁兽也与狮子兽和奥加兽战斗起来。眼看不敌无数黑色齿轮涌入狮子兽体内，这也让狮子兽的力量得到了成倍的提升。只要一击兽王拳便解决掉加鲁鲁兽和暴龙兽。眼看巴达兽即将命丧当场。凌空飞起的仙人掌兽一拳干倒狮子兽，成功将其救下光子郎与美美赶到救援。
在光子郎的提示下，二人使用神圣计划成功逼出狮子兽体内的黑色齿轮将其变回原来的样子。恢复神志的狮子兽也与众人一同前往恶魔兽的巢穴来进行最后的战斗。
可是得到黑暗力量的恶魔兽体型无比庞大，其力量也令众人无法抵挡。即使所有数码兽都进化，也被恶魔兽三下五除二通通解决掉。失去战斗力的众人只能眼睁睁的看着恶魔兽将阿武抓入手中。就在这时光芒四射，巴达兽成功进化成为天使兽。第一步中最强越级战斗神兽终于出场，其神圣的光芒充斥着整个黑暗的数码世界。
随后天使兽举起神圣之仗将七个孩子们的神圣计划之力全部注入自己的身体之中，其力量之大就连天使兽的身体也无法承受，如此一击下去必然只有同归于尽。可天使兽也顾不上这么多，只有消灭黑暗力量才能保护自己最重要的伙伴。权杖承载的力量开始收缩，最后汇聚在自己右拳之上天使兽。
天使兽与恶魔兽同归于尽。恶魔兽在被消灭前也告诉天使兽，即使消灭掉我还有更强的黑暗力量，最终会统治整个数码世界，而天使兽也就此消失，其飘散的羽毛也成为数码蛋。只要耐心孵化，巴达兽还会重新出现在众人面前。随着恶魔的消失整个法西路岛全部合并，成为最初的岛屿。地面也出现一个仪器，随着光芒迸发，一位老头出现在众人面前，老头名为玄内，干啥啥不行。
骗人第一名玄内拜托众人前往沙巴大陆消灭黑暗力量，并且在沙巴大陆上拥有可以与徽章集合的钥匙，二者合并后可以产生新的力量。来令数码兽进行更强的进化，而打败最终boss后众人则可以回到原来的世界。为了能够见到思念的家人们，众人也决定前往沙巴大陆做最后的战斗。海的尽头是什么？是艾伦还是金木？
众人也想知道于是开始伐木造船，曾经被帮助的数码兽们也纷纷出现，想要为孩子们尽一份力。如此强大的伐木阵容如果给了光头强，那也没有熊大熊二什么事了。而阿五的数码蛋也成功孵化出巴达兽的幼年期浮游兽，众人乘船与数码兽们告别前往新的旅程。海面之上风平浪静，巨鲸兽出现将众人吞入体内。而在巨鲸兽内部，众人也发现了黑色齿轮。太一利用巴鲁兽的藤蔓以及神圣计划成功粉碎黑色齿轮，这也让巨鲸兽重新恢复神志将众人送出海面。在得知众人想要前往沙巴大陆时，巨鲸兽也决定帮助众人将小伙伴们送往沙巴大陆。
