1931年6月，江淮大地遭遇百年罕见的特大水灾，灾区涉及江苏、安徽、湖北等8个省区，受灾总人口计五千多万，有40多万人死亡，而高邮因地处里下河浅洼平原，西傍“地上悬湖”高邮湖，大运河穿城而过，又成为了这场水灾的中心，时人有“洪水横流，弥溢平原，化为巨浸，死亡流离之惨触目惊心”之谓。
1931年6月，淮河进入汛期。但运河扬州段大堤春修夏防严重疏忽，治理经费按规定年计40万元，却被层层截留，直到发洪水的前一年仅收到8.1万元。当年六七月间，江淮流域连降大暴雨，运河扬州段湖河水位暴涨，运河大堤岌岌可危。高邮人民请求开启归海坝，以缓水情，8月2日，高邮县御码头水位已达到9.46米的历史最高位（正常年份为5-6米），运河大堤危急万分，朝不保夕，下午4时，县政府官员带领军警强行开启车逻坝缓解水情，8月4日晚，新坝、南关坝被洪水冲破，至此归海三坝齐开，洪水直泻里下河平原。
开坝后，大运河和高邮湖的水位均双双下降，险情缓解，高邮百姓纷纷走上街头，欢呼庆祝，有的大户人家甚至搭台唱戏，以示庆幸。就这样，历史的时钟缓缓走到了8月25日，下午3时，高邮湖上突然再次刮起西风，暴雨如注。26日凌晨转为西北风，高邮湖发生罕见湖啸，猛烈的湖水疯狂扑向运河大堤，顿时全堤漫水。凌晨5时，高邮城北的挡军楼、御码头等地堤坝先后溃决，其中挡军楼决口最大，约550米。洪水似山崩地裂，高邮城瞬间变成一片汪洋。
旧社会人们应对自然灾害，没有科学意识，愚昧与迷信共存。相传溃堤的那天深夜，一中年妇女叫吉桂子，在过高邮北门木板桥前，还用铜钱占卜，是字是磨（即有字无字）尚未有结果，北门木板桥就崩了，浪头把木板连同妇女一起卷走。一位1914年出生的厚道人，听说七公殿唱戏谢神消灾，前去看戏。七公主殿分为两进，戏台搭在大殿前面。他上堤一看，看到湖水已浸过西堤，湖水河水连成一片，浪头很大，丢下麻包，也不济事。
由于溃堤发生在凌晨时分，人们仓促之下无法应对，家住东大街34号的倪文福开了家豆腐店，溃堤那天是凌晨，泥水从北门大街涌向东大街，他们全家四人赶忙爬上北门城墙，亲眼看到棺材店陈五的大儿子在北门桥崩坍时被淹死。草巷口的邵家米店，全家除了一个在扬州学生意的，十来个人全部淹死了。据当时的一位记者报道，一户王姓人家，丈夫抱着7岁的大儿子，妻子抱着4岁的小儿子，6岁的女儿在后面跟随。大水涌来，慌乱间丈夫扔掉抱着的大儿子，并催促妻子也扔掉小儿子快跑。妻子不忍，丈夫便上来抢夺，小儿子大哭着紧抱父亲的脖子不放，全家人撕心裂肺地哭成一片，这当儿，洪涛顷刻间将这一家人吞没了。后来洪水退去，当地百姓捞获出王姓人家尸体，父亲与小儿子仍相互抱着没有松开，一幕幕，一桩桩惨绝人寰。
据1931年9月12日给政府呈文附件，高邮运河段从北向南溃堤主要有挡军楼决口150余丈，庙巷口90丈，御码头10丈，七公殿30丈，车逻南50丈，三十里铺60丈。溃堤后，里下河地区十余县顿成一片汪洋泽国，据统计，有1320万亩农田颗粒无收，倒塌房屋213万间，损失达2亿元以上，受灾民众约58万户350万人，有140多万人逃难外流，7.7万多人死亡。天津《益世报》在1931年9月3日第四版刊登了一篇题为《高邮溃堤记》的新闻报道：“二十五日，忽然大风大雨，彻夜不歇。及至午后四时，环绕扬城运河水志，于一钟头内忽然骤降二三尺，同时高邮邵伯电报电话，已均不通。众人传言：上游河堤必有溃决之处。延至六时，运河中始见漂浮的尸体家具，顺流南泻，络绎不绝......”
延至次年春天，洪水犹未退去。高邮百姓栖息于水中，寒暑侵凌，加以水中尸骸积久腐坏，瘟疫暴发。位于运河扬州段的高邮、邵伯；里下河地区众县，霍乱、痢疾等烈性传染病流行，死者往往丢弃田野。仅高邮一县死于瘟疫者便达数千之众。1932年4月23日《申报》载：“经洪水浩劫后，孑遗之民，无以为生，饥饿殆不可免......时疫流行。一人得病，传染一家，死者无棺盛殓，往往弃尸田野。棺木出售—空，大小木店概改制棺木。”
运河扬州段发生特大水灾后，举国震惊，国民政府号令全国赈济，但当时中国面临外患内忧，国穷民困，国家和社会的总体救助水平低下，在大面积的严重天灾面前，国家财政捉襟见肘，只好靠追加一定数额的救灾公债来筹款，不但款数有限，而且又引发一连串弊端，使得事情雪上加霜。灾民从政府方面得到的救助实在可怜，有调查说，截至当年11月份（灾发接近半年），灾民平均每家得到的赈款不过大洋六角，占各户平均损失的0.13%。
社会救助中的民间赈济自然也是一条渠道，同胞互助，奉献爱心，真情无限，汪曾祺的父亲汪菊生冒险前往文游台为病人治病，送救济物资和食物；名医许步仙、钱立功在灾后免费问诊，甚至不收药费，为不少人治好痢疾、伤寒、丹毒等病。华洋义赈会”总会火速运来“花旗”面粉，扬州、镇江等分会组织各饼店加工制作馒头、烧饼、“京江齐”等干粮，由专人负责监督随船来邮督放。
1931年9月，在泰州传教的美国传教士托马斯·汉斯伯格驾驶着自家的住房船，从泰州到高邮实地考察。在高邮，他对大堤进行了全面察看，做了大量的调查研究。随后，他将调查的结果写成书面材料，又亲自到上海向华洋义赈会秘书长威廉姆·绍特请求捐助重建大堤。他的请求得到了华洋义赈会的认可。托马斯被委派全权负责运堤修复资金和工程质量管理，1932年初，托马斯偕全家再次来到高邮，投入运堤修复工程。他们全家住在狭小的船上，时时受着疫病的威胁，常常遭到兵匪的干扰，与中国的工程师和民工们生活在一起整整七个月。终于，运河大堤高邮段又屹立起来了。
