辣椒色素的提取较早是用油溶法和溶剂法。油溶法，即用动、植物油类（如鱼油、棉籽油、豆油、菜油、椰子油、玉米油等）浸泡辣椒皮或辣椒粉，然后分离出溶解在油中的色素，这种方法的缺点是油与色素的分离比较困难，难以得到浓稠的色素。
正己烷提取和近几年发展起来的一种新的提取方法-亚临界丁烷低温萃取法，都可以很好地将辣椒红色素提取出来，而且具有规模大、生产成本低、色价高等优势。
两种提取工艺的差别就在于提取后粕渣的综合利用上。正己烷提取后的粕渣因为经过100℃以上的高温直接蒸汽脱溶，所以粕渣变黑，只能做肥料或饲料。而亚临界低温提取后的粕渣颜色为棕黄色，其中的活性物质及纤维素等性质没有改变，在食品工业上仍然有很高的利用价值，比如作为辣椒酱的填充物，作为辣椒粉的辣度调节剂等。
