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由于在弗吉尼亚州马纳沙斯小撮邦联军队的猛烈抵抗，在1861年7月，在欧文·麦克道尔少将率领一次向邦联的行军并进行第一次马纳沙斯之役（第一次牛奔河之役），及后被邦联军将领约瑟夫·强斯顿及皮埃尔·博雷加德击退返回华盛顿。这次战役邦联军将领汤玛士·杰克森得到“石墙”的称号，因为他有如石墙般抵御联邦军队。被这次失败所惊醒，及以防更多奴隶州脱离联邦，同年7月25日美国国会通过Crittenden-Johnson Resolution，声称战争是为保存联邦而不是终止奴隶制度。
乔治·麦克莱伦少将在7月26日接手联邦波多马克军团（他曾当联邦军司令，但其后让亨利·哈勒克接替），战争在1862年正式展开。在总统林肯强烈要求开始进攻行动下，麦克莱伦在1862年春季由里士满东南，约克河与詹姆斯河之间的弗吉尼亚半岛入侵弗吉尼亚州。虽然麦克莱伦在半岛行动（Peninsula Campaign）中到达里士满大门，约瑟夫·强斯顿在七松之役阻止他的前进，继后罗伯特·李和部下詹姆斯·隆史崔特、约瑟夫·强斯顿在七天战役将他击退。北弗吉尼亚行动，包括第二次牛奔河之役，均以南方胜利告终。麦克莱伦违反司令哈勒克增援约翰·波普在弗吉尼亚州联邦军的命令，令罗伯特·李的邦联军更易打败为数两倍的敌军。
在第二次牛奔河之役的鼓励下，邦联首次入侵北部，9月5日李将军率领北弗吉尼亚军团45000人越过波多马克河进入马里兰州。林肯随后向麦克莱伦归还波普的部队。9月17日麦克莱伦和李在马里兰州夏普斯堡附近安提耶坦之役[8]交战，是美国历史上最血腥的一天。李的军队到最后被制止，在被麦克莱伦歼灭之前回到弗吉尼亚州。安提耶坦之役被认为是联邦的胜利，因为它阻止李的北侵并让林肯有机会宣布《解放黑人奴隶宣言》。
怯懦的麦克莱伦未能在安提耶坦追击后，他被安伯洛斯·本赛少将接替。本赛很快就在12月13日的弗雷德里克斯堡战役落败，向玛莉高地正面进攻徒劳无功，超过12000联邦士兵伤亡。战役后本赛被约瑟夫·胡克少将接替。胡克同样不能击败李的军队，虽然数量上与邦联比较超过2比1，他在1863年5月在钱斯勒斯维尔战役遭到羞辱。
在6月李的第二次北侵被乔治·米德少将接替。米德在7月1日至7月3日的最血腥的盖茨堡之役打败李，并被认为是整场内战的转捩点。在7月3日的皮克特冲锋亦是邦联军的最后高潮，不单是因为它代表了李将军计划向华盛顿施压的终结，而且控制密西西比河的主要据点维克斯堡在翌日陷落。李军死伤约28000人（米德军23000人）。但是林肯不满米德未能拦截李的撤退，在米德非决定性的秋季攻势后，林肯决定转向西部战场一决雌雄。
