《轩辕剑5》共有六个结局，其中四个是常规结局，两个是隐藏结局。常规结局包括：
【一】主角众人击败酆都大帝，飞升仙界；
【二】主角众人净化了封印在轩辕剑中的怨气，回到了人间；
【三】主角众人牺牲自己，封印了酆都大帝，拯救了世界；
【四】主角众人在与酆都大帝的战斗中失败，世界毁灭。隐藏结局包括：
【一】主角众人在与酆都大帝的战斗中胜利，但付出了巨大的代价，世界只剩下了一片废墟；
【二】主角众人在与酆都大帝的战斗中失败，但主角的灵魂穿越到了另一个时空，开始了新的生活。
轩辕剑5的结局是：陈靖仇成功地将轩辕剑交给了女娲娘娘，女娲娘娘用轩辕剑的力量将世界恢复了原状，并重新创造了一个和平繁荣的世界。陈靖仇、小雪和余英男三人最终在昆仑山隐居，过上了幸福的生活。
