Seele主导的“人类补完计划”其实非常单纯，只是正片提到的比较少，所以才显得神秘。
达成计划的条件有两点：1、约定之日到来。2、进行处刑莉莉丝的仪式。这是SEELE在经历了南极调查，得到了死海文书之后得出的结论。来历不明的死海文书，成为了SEELE指导整个“人类补完计划”的剧本。
碇司令是知道“死海文书”的部分内容的，在TV版24集他明确的说出了只要击败最后一个使徒，他的愿望就会实现。剧场版中SEELE也直接使用了“约定之日”来指代“人类补完计划”的日子。为了实现“击败所有使徒”这个必要条件，才有了NERV，才开始了“亚当再生计划”，人类才造出了能够与使徒正面对抗的EVA。
“处刑莉莉丝”是人类补完计划最重要的步骤。在eva的设定中，所有人类的灵魂来自莉莉丝，肉体诞生于LCL之海，处刑莉莉丝可以使生命之树再度出现，人类的灵魂将回归莉莉丝。
注意，剧场版中的生命之树是倒着画的，象征着逆生。但是处刑莉莉丝也不是谁都能做到的，需要十二台EVA，以及朗基努斯之枪来进行仪式，然而剧场版中只生产出了九台。
其实人类补完的剧本并没完全如seele所愿，派渚熏去端掉NERV没有得逞，老碇临时翻脸也让SEELE没法得到莉莉丝，还趁着攻击鸟天使的时候让零号机把朗基努斯之枪插到了月亮上。于是，seele只好退而求其次，选择了莉莉丝的复制体也就是初号机来完成最终的仪式。
在剧场版《真心为你》里面，量产机带走了初号机，并且差一点就完成了处刑仪式。
