远藤周作的作品中时时充斥着苦难岁月留下的悲剧色彩。基督教背景深深地融入了他的文学生涯，他是当之无愧的日本信仰文学的先驱。
其实只要经常读圣经的人，都会明显感受到上帝习惯性的“沉默”。《沉默》中的上帝是沉默的，祂拒绝作雷霆之吼、以证明自己的正义。似乎因上帝缺席，信仰的支点就落在了作为被侮辱被迫害的人之中追随基督的洛特里哥。作家远藤周作以上帝之沉默发出深深感叹：苦难才是人类的宿命。悲观的世界历史灾难图景时时浮现在脑海：第一次世界大战、第二次世界大战、广岛长崎原子弹爆炸、冷战对峙、中东动荡、非洲饥荒，还有大地震、海啸、飓风……于是远藤周作不得不发出了约伯式的追问：人为什么要承受这么多的苦难？我们能够做些什么？上帝回答是：像基督那样，加入到所有受难者之中去，积极实践以挚爱为基础的利他性伦理准则。
历史的沉默边缘化了宗教迫害的黑暗过去；上帝的沉默并未承诺人们任何幸福和希望；然而恰恰在系列沉默中，人们能看得到自己在面对苦难时体现出的坚韧、尊严与无私。爱之伦理见证的是无声的行动。这部小说具有极为深刻的普世价值，不只是让基督教徒产生共鸣，也能让非宗教徒产生心灵震撼。若是抽取宗教元素，可以发现作家远藤周作所推崇的基督教伦理关系，核心是建立在爱的伦理关系之中的。这种爱是挚爱，是深沉的、无条件的、利ta的，是彻底摒除了私欲的。祂不以个人利益为准绳，拒绝用居高临下的姿态对人进行评估，而是以感同身受关注弱者的悲悯为基点，
在不知名的教徒身受穴吊时，在费雷拉和洛特里哥处在弃教的边缘时，上帝仍然在沉默……才有了灵魂的拷问：上帝真的是全能、全知、全善的吗？如果是的话，那么为什么祂容许罪恶的存在？然而最终我们都知晓基督道成肉身，为要我们明白“他并非沉默着，而是一起受苦。”他为受苦的义人在十字架上也曾喊出“我的神，我的神，为什么离弃我？”作为祭司的洛特里哥，本应身负众望来传播希望，挽救残留的信仰，然而自己带给百姓的却是更多的死亡，那么信仰的意义又何在呢？为什么要去坚守呢？
于是洛特里哥最终走上了与费雷拉神甫一样的道路：放弃信仰、选择了世俗道德。他怀着十分痛苦的心情宣布弃教，在神圣的耶稣像上踏上了一脚。当他选择这一刻的时候才明白老师当初的决定：真正的信仰不只是单纯的仪式，而是超越肉身与灵魂的仁爱，是人与神之间的共情。
诚然，洛特里哥只是形式上选择了弃教并背叛教会，但他心中从未背叛神，而是听从神的安排去拯救信徒的生命，这是一种伟大的舍身取义之大爱。并且，上帝从未选择沉默，而是以沉默的方式向人类彰显着祂的存在，并同人们一起承受着人间疾苦，为救赎做准备。
作品中真正弃教的，是吉次郎而不是洛特里哥。吉次郎或因金钱或因苟活，一次次出卖神甫，践踏圣像，又一次次在出卖后向洛特里哥神甫告解，祈祷，祈求上帝原谅。吉次郎就像是《圣经》中的犹大，对于出卖耶稣，内心一边饱受折磨，一边祈求上帝的原谅。最让人鄙视的人，恰恰是吉次郎这个令人厌恶的小人物。
远藤周作文字中处处散发让人感动的力量。他以极富人文关怀的视野、悲悯深沉的叙述，传达出他对人性与信仰之间矛盾的思考， 以及东西方文化之间碰撞的解读。从希望到绝望，再到救赎，彰显的逻辑中，不断折射出作家对人性的懦弱与人神之间复杂情感的体悟，以及人道主义情怀的理解。是呵，“罪，并不是一般人所想象的，如盗窃、说谎。所谓罪，是指一个人通过另一个人的人生，却忘了留在那里的雪泥鸿爪”；是呵，“长久以来，这里的百姓们就像牛马一样工作，像牛马一般死掉。我们的宗教之所以能够在这地方的农民当中，如水一般浸透进去，不是别的，是因为我们让他们体会到有生以来的温暖：是因为我们把他们当人看待；是因为司祭们的仁慈打动了他们”……是呵，上帝沉默并非不作为，祂在同人们一起受苦受难，并以沉默方式拯救众生，以沉默的爱环绕众生。基督救赎从未失败，在所有人一次次的背叛中，上帝放弃了祂自己，而最终打破了祂的沉默。
