《消灭都市》又是一部游戏改编动画，质量现在看来还是相当不错的，剧情的进展相当快，目的也明确。游戏方面的是跑酷类型，加上有一个“念灵”的设定，可玩性相当高，而改编的动漫和游戏相关性很大，全程都是逃跑、解密、念灵战斗等。动漫和游戏人物几乎没有什么改变，可以把这部动漫当做游戏的解说视频来看。
首先是女主小雪，三年前突然消失的城市中，她是唯一的幸存者，她的父亲曾想要阻止消失现象，没有成功。她在事件发生后，一直被神秘组织当做稀有的标本来研究，直到一个名叫拓也的快递员，接下了把她送到消失都市中的任务，就此两人拯救世界的任务开始了。就动漫的开始阶段，小雪在城市中心吐槽“持续不变的日常，名为自己的这一存在”，然后城市消失事件就发生了，最大的可能就是小雪引起了这次消失事件的发生。
小雪在神秘组织的设施中，当做试验品，研究了三年，却什么都没有研究出来。一天，拓也接下了关于
小雪的任务，并且成功把小雪带出了设施，可是拓也没想到自己遇到的阻拦不仅是设施的武装，还有神秘的念灵。两人骑着摩托逃跑，在路上遇到了第一位和尚念灵，遭遇这种神秘事件，拓也一直处于状况外，而身后的小雪出于自保，第一次召唤了念灵。小雪召唤的念灵名字叫做【明】，这个用枪的念灵，生前是小雪父亲的保镖，在三年前都市消失事件中，与都市一起消失，没想到却被小雪当做念灵召唤了出来。
拓也和小雪终于到达了委托人的车里，在车里这个委托拓也带出小雪的男人，把小雪的身份告诉了拓也。并且告诉小雪，消失的都市中传出了加密信息，这个信息内容很有可能是小雪的父亲发来的，内容为“小雪，我在城市中等你”。三年来第一次感觉父亲还可能存活的消息，小雪激动不已，同意了再次进入消失的都市。拓也接下了这个任务，开始寻找自己朋友们帮忙，一位是自己的挚友【极客】，另一位是女性友人【由美子】。极客是一个电脑的专家，由美子是神秘组织的调查员，可能是拓也的前女友，为了救下拓也背叛了神秘组织。
受伤的拓也在醒来后，还是坚持送小雪到消失都市中，由美子没办法拒绝，只好陪着一起送人。在路上遇到了组织中追来的玲奈，以及新的念灵，由美子和其手下浩太，为了拖延时间留下断后。小雪看着留下的两人，还有眼前这个打算和念灵拼命的男人，小雪第一次主动尝试召唤念灵，打败了追赶的念灵。小雪在和念灵【明】简短的交流下，平复了心情，明确表示自己想要到消失都市中，确认自己父亲的生死。
最后神秘组织的玲奈，在小雪主动召唤念灵的时候，提到小雪觉醒了，显然她能够感应到小雪的状态。玲奈可能本身也能够召唤念灵，最大的可能就是那个用刀的念灵，就是她召唤的，在被小雪打败后，玲奈收到了来自念灵的信息。
拯救世界需要力量
拥有力量的少女
是一切的起始与结束
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