这是初号机开始向神进化的时刻，就像是恶魔一样。当真嗣看到被量产机肢解的2号机时彻底崩溃，发出了痛苦的嘶吼。此时的初号机伴随着一声愤怒的怒吼，将身上的拘束器挣脱。同时身上所长出的巨大翅膀也发生变化，形成了一个巨大的十字架。
此时在之前战斗中遗留在月球轨道上的朗基努斯枪被初号机召唤，竟自动出太空返回到地球。来到初号机身边，定格在初号机面前，对准了初号机的喉咙。此刻由于朗基努斯枪的回归，同时加上量产机以及初号机在场，此刻CO键赎罪仪式所需的条件都已到齐。
仪式正式开始，9台EVA量产机使用自身携带的复制板朗基努斯枪贯穿进了初号机的身体，把初号机的身体固定。随后接近初号机，用嘴在所展开的巨大十字光影上留下神的印记。接着将初号机带到万米的高空之上。紧接着9台白色量产机有序地全部散开，飞到各自所设定的位置，一起释放出S2机关的反转at立场。
神奇的一幕出现，空中出现象征生命之术的巨大符文，这预示着第三次人类冲击的启动。接着就是一场毁灭一切的超级大爆炸在地球上蔓延开来，地球的表面瞬间就被溶解。而在地下的都市回到原始样貌，黑之月的真容展现出来，大地显现出象征着人类的起源莉莉丝之卵。
而此时在总部的地下，凌波力正被定元堂催促着要求尽快将融合完成。可是此时的凌波力的灵魂中已经开始觉醒了自我意识，竟直接拒绝定原堂药与自己融合的要求，同时把定原堂之前移植在右手上的亚当的胚胎给夺走了。
最终林波利不顾定原堂充满着绝望的哀求，直接带着莉莉丝的灵魂回到了被封印的莉莉丝本体之中，把决定人类未来的走向的决定交由真嗣。一直沉睡在总部地下的白色巨人莉莉丝开始苏醒，同时莉莉丝脸上的面具也掉落下来，最终呈现出凌波丽的样貌。紧接着幻化成一个巨大的凌波丽飞升上了高空，出现在空中的初号机的面前。而正在初号机驾驶舱里的真嗣见到巨大的凌波力感到万分恐惧，发出惊恐的嘶吼声，打算利用真嗣自身残缺的心智完成人类的捕玩计划。
此刻9台量产机也开始和莉莉丝进行同步融合。随着所有量产机都开始发生变化，无数的诡异凌波力向着真嗣迎面来。此时的真嗣已经本眼前的场景吓得不知所措，而他所驾驶的初号机也开始不受控制地将核心暴露了出来。真嗣已经是彻底崩溃，他不停地呼救，哀求着希望立刻离开这里。
而此时莉莉丝再次变化，主勋竟然从莉莉丝身体里变化出来，对此时崩溃的真嗣进行安抚。真嗣也开始安静不再挣扎，缓缓的将双眼闭上，悬浮在初号机面前的朗基努斯之枪也随之插入进了初号机的核心之中，最终变化成代表着生命胚胎的生命之树。
从此刻开始，初号机已经同时拥有了人类的智慧果实以及使徒的生命果实，现在的初号机就已经如同神一样了。而就在人类的第三次湮灭的当下，真嗣会选择成为方舟一般来拯救人类，还是会选择如同恶魔一样将人类彻底毁灭呢？
