前文回顾：
在大部分玩家心里，《DOOM》系列就是一款主角手撕恶魔脚踩怪兽的射爆游戏，从1993年的DOOM1开始，这种血腥暴力的虐*元素就一直存在。
但在DOOM系列的十几部作品中，却有一款作品并没有按照先前的既定剧本走，这部作品最大程度地放弃了爽快的射击体验，转而去营造原先系列游戏中存在不多的恐怖氛围，而它就是《DOOM3》。那么他的特别之处在哪里呢？这就要从它的游戏剧情说起了。
超级企业“联合宇航公司（Union Aerospace Corporation，简称UAC）”在火星上建立了他们引以为傲的“火星城”，并在上面进行许多高精尖的科学研究。2145年开始，基地上的工作人员开始陆陆续续的申请调离此地，UAC董事会也收到了越来越多的对于火星城的*——天才科学家Malcolm Betruger博士（德语Betruger意思是“叛徒”）的举报。
在此期间，火星城人员之间开始流传关于半夜出现的奇怪的声音、来历不明的震动以及大量具有强烈攻击和自虐行为的病人的传闻。为了调查此次事件，UAC公司派遣特使Elliot Swann和他的保镖Jack Campbell，以及游戏的主角——一位不知名的陆战队员来到火星城进行调查。
（Elliot Swann）
到达火星城后，Swann和Campbell与Betruger进行了谈话，但谈话的结果并不令人满意，Betruger表示许多工作人员是因为无法适应这里的工作才选择离开的，并把近期出现的各类传闻推到了UAC对于拨款的吝惜上。
Swann要求视察火星城的每一个角落，包括最先进的德尔塔实验室，Swann告诉Betruger如果现在的情况得不到改善，UAC将会停止对火星城的资金支持。被威胁的Betruger博士一点都不觉得害怕，他告诉Swann不要挡他的路，因为令人惊奇的事情即将发生。
（Malcolm Betruger）
另一方面，主角在见到士官长后被分派了一项任务——寻找一名失踪的科学家，被找到的科学家告诉主角恶魔是真实存在的，并希望在一切还没有发生之前告诉其他人。谁知谈话刚一结束，怪异的能量震动席卷了整个殖民地，恶魔出现了。
火星城瞬间变成人间炼狱，处处都是变异的人类和面目可憎的怪物。士官长要求还活着人去陆战队指挥部集合，当主角*出血路赶到指挥部附近后发现自己是唯一活着抵达这里的人，更为糟糕的是指挥部的大门已被损坏无法进入。士官长联系到主角后，希望他前往德尔塔实验室附近的一个临时据点，并要求他与尝试前往通讯大楼与地球联系的一支Bravo小队会和。
主角在赶路的过程中惊讶地发现Swann，Campbell与Betrugerh博士都还活着，而博士的种种举动暗示着他早已预料到要发生的一切。另一边，Bravo小队遭到了怪物的袭击，队员死伤惨重，唯一的幸存者将通讯卡交给主角让他赶快去与地球联系，并告诉他Swann和Campbell打算制止所有求救信号的发出。
主角到达通讯大楼后发现通讯设备已经被Swann和Campbel破坏掉了，没有办法只得去卫星控制室上传通讯密码卡中的求援信息。当主角把通讯卡插入读卡器后，Swann出现在了屏幕上，并告诉主角不要发布求救信息，因为怪物很有可能会劫持前来营救的飞船去入侵地球。
士官长与Swann各持己见，到底该听哪一方呢？如果选择不向地球求助，那么Swann会夸奖主角做了明智的选择，而士官长则切断了通讯；如果选择通知火星的事故，那么Swann会指责主角会毁了一切（选择不会影响主线剧情，之后都会前往德尔塔实验室）。
主角在离开通讯设施后由于天桥崩塌而逃入火星城废物回收设施，在这里他遇到了这一切的幕后黑手Betrugerh博士，如果此前听了Swann的话，Beetruger会说他可以亲自引诱地球的飞船来到火星上把恶魔带回地球，而选择听了士官长的话Betruger则会“感谢你让他少操一份心”。由于之前的爆炸引起泵机故障，整个实验室即将被毒气所覆盖，主角必须赶在毒气浓度*死他之前打开这里空气净化系统，当然他成功了。
到达德尔塔试验室后，主角并没有遇到士官长，但却从实验室中幸存的科学家口中得知，这里是UAC进行瞬间传送实验的地方。UAC的传送实验让他们知道了异世界的存在，Betruger博士在当时下令组织组织志愿者去异空间探险，并尽量带回生物标本进行研究，这项计划为UAC带来无法估量的“财富”，他们发现这个异世界就是“地狱”，而那些参与了实验的志愿者却一个个开始变得疯狂，直到死亡。
Betruger博士自己也进入过异世界，虽然他没有像那些志愿者一样死去，但也和他们一样变得疯狂。接着他又将一个被称为“灵魂方块”的火星遗迹带到了地狱，这一行为造成了瞬间传送平台的稳定器失灵，地狱从异空间爆发，瞬间吞噬了火星城。
主角随后在追击Betruger博士的过程中被传送装置传送到了地狱，本以为他会尸骨无存，谁知他却从地狱中*了出来并带回了“灵魂方块”。回到实验室的主角遇到了受伤的Swann，特使告诉主角地狱恶魔们已经在地下深处创造了一个连接两个世界的传送门，他本来计划和Campbell一起去摧毁那个地狱之门，但是自己却遇袭受伤，Campbell只能独自前进。
Swann提醒主角要提防士官长，并要求他完成任务。主角在火星城的中央服务器附近发现了奄奄一息的Campbell，他用最后的力气告诉主角士官长打伤了自己，随后主角便看到了已经变成坦克型的怪物的士官长。
在击败了士官长后，主角进入了地下遗迹，并知晓了关于这一场灾难的一切：在人类纪元之前，“Praeleanthor”（火星人）早已在火星上拥有了自己的宗教与科学，它们发现了跨维度旅行并以此研究出了传送门，结果却打开了通往地狱的大门。恶魔们很快通过传送门占领了火星，火星文明遭到毁灭。
残余的火星人制造出了神秘的灵魂方块（Soul Cube），灵魂方块拥有极为强大的力量，火星人用此将恶魔们赶回了地狱，并关闭了通往地狱的传送门。火星人留下石碑，警告之后的任何人都不要尝试打开通往地狱的大门。后来人类在开发火星的过程中发现了石碑，UAC的科学家们利用石碑上的信息重新复制出瞬间移动技术，却没有及时解读警告信息，等到他们明白为何不能拥有瞬间移动技术的时候灾难已经发生了。
（soul cube）
最后的决战在火星的地下深处展开，主角用灵魂方块击败了最终Boss——看守地狱之门的Cyberdemon，而灵魂方块自己也飞进了地狱之门并将其封闭。五天后，救援部队来了，他们带走了幸存的主角，发现了Swann的遗体，但是Betruger博士却不知身在何处。而在地狱的深处，Betruger博士已被恶魔同化，变成了一个翼龙一样的怪物，暗示着一切还远没有结束。
地狱入侵事件给UAC造成了不小的损失，因此在一段时间内根本没有与火星有关的计划。2146年5月1日，一颗卫星发现了火星城残骸附近的微弱的信号，于是UAC在8月8日再一次启动了火星殖民计划。先前被Betruger赶回地球的Elizabeth McNeil博士被任命为火星殖民地的首席科学家兼最高行政长官。
（Elizabeth McNeil）
McNeil派遣了一只小型探险队前往了信号的源头，探险队在此过程中发现了一间隐藏的密室，在进入密室时，队伍中的一名战斗工程师走在了最前面，而他也是本次的主角。在没有任何征兆的情况下，密室的大门自己打开了，密室中悬浮着一颗像是人类心脏的神秘物体。当主角用手碰到这个物体时，强大的能量波蒸发了队伍中除他之外的所有人，而在遗迹的另一处，一个地狱的传送门再次开启，火星殖民地再次沦陷。
已经变成怪物的Betruger博士让三个被称为“地狱猎人”的怪物去夺回被主角带走的神秘物体。指挥官MacNeil和主角取得了联系，命令他找回一块从火星人遗迹中的发掘出的石碑并带着它前往最近的考古实验室进行分析，找回石碑后，这个神秘物体的真实面目也浮出了水面。神秘物体的名字叫做“地狱之心”，是地狱恶魔们用来入侵火星的工具，而在主角与地狱猎人的战斗中发现地狱之心还拥有封印恶魔力量并使用它的能力。
在与McNeil见面后，MacNeil告诉主角地狱之心必须被摧毁，而从石碑中破译出的信息得知，想要摧毁地狱之心必须前往地狱的深处。为了进入地狱，主角前往了旧火星城的德尔塔实验室，那里遗留下来的传送装置可以把主角送回地狱。主角被传送进地狱后来到了石碑中记载的地方，却在此遇到了变成巨大翼龙的Betruger博士。
Betruger将主角咬在嘴里并要求他把地狱之心交出来，生死存亡之际，主角把地狱之心塞进了Betruger的嘴里，地狱之心与Betruger一起消失了，巨大的冲击波将主角震晕了过去，而他昏迷之际听到了McNeil“欢迎回家”的声音......
以上内容涵盖DOOM3以及拓展资料片DOOM3:RESURRECTION OF EVIL中的全部剧情。虽说在游戏爽快感上，DOOM3与前两代相差甚远，但在恐怖氛围的营造以及故事叙事方面还是有很大的提升的，起码玩家在血虐恶魔时，更加清楚自己这么做的目的是什么了。很多人认为DOOM3是一款血统不纯的游戏作品，但游戏，终究还是要与时俱进的不是吗？
