小智首次在百代森林见到菜种的时候，和菜种进行了一场对决，在对战中小智的草苗龟被对方的草苗龟打败，本来引以为傲的草苗龟的速度，没想到对方草苗龟的速度更胜一筹（也不知道这只速度基础只有31的宝可梦动画为何要将它设定为每只速度都很快），到达了百代市之后，在博物馆里小智得知了菜种原来就是道馆训练家，并且自然向菜种提出了挑战，在解决了百代市的偷窃危机之后，小智和菜种的比赛也正式开始，而对战规则则是三比三。
PS：本文纯属个人看法，如有错误，敬请指正。
相关集数：钻石＆珍珠第37集《百代道馆！对抗菜种》
第一回合＆第二回合：草苗龟VS樱花宝＆姆克鸟VS樱花宝
菜种第一只派出的是樱花宝，小智派出草苗龟，樱花宝利用了开放场地下的晴天天气而快速使用了日光束，小智见情况不利收回了草苗龟，之后派出姆克鸟，在对攻上明显是姆克鸟的属性占优，且小智利用了天空中云朵遮蔽太阳的瞬间快速上升，之后在下降的时候又利用了云朵离开太阳之后重新投射下来的太阳光影响了樱花宝，只能说这个战术真的是很漂亮，随后就是翅膀攻击、电光一闪以及燕返的三连发，直接让樱花宝失去了战斗能力。
第三回合＆第四回合：姆克儿VS草苗龟＆草苗龟VS草苗龟
菜种第二只派出的是当初打败了姆克儿的草苗龟，这次姆克儿利用翅膀攻击一步步逼近草苗龟将其卡在了树上，随后对其使用了一发燕返，但还是被草苗龟使用寄生种子加上撞击给打败，小智第二只派出的则也一样是草苗龟，面对对方会使用飞叶风暴以及寄生种子的草苗龟，小智这边采用的则是灵敏的反应以及可以及时续航的光合作用招式，随后在空中躲避了攻击之后对菜种的草苗龟使用了飞叶快刀，双方随后在互相撞击之后，菜种的草苗龟率先失去了战斗能力。
第五回合＆第六回合：草苗龟VS罗丝雷朵＆长尾怪手VS罗丝雷朵
菜种的最后一只宝可梦是罗丝雷朵，上来就使用打草结绊倒了草苗龟，随后使用了晴天下有着火系属性的气象球将其打败，小智最后一只派出的是长尾怪手，长尾怪手利用了树林环境的优势，轻松躲避了罗丝雷朵的一系列招式，不过后面还是中了罗丝雷朵的闪光，不过即便如此长尾怪手还是利用其在华丽大赛中的经验，使用了环绕的高速星星包围了罗丝雷朵，之后在恢复了视力之后接上了一发真气拳，将罗丝雷朵打败，至此，小智赢得了胜利。
于是，小智就这样得到了第二个徽章，而这集还有一个有趣的点是火箭队三人组在地下挖矿挖到了不少宝物，但是宝物全被一个路人大叔给捡了，火箭队这边错失了发财的机会，还因为吃了一顿饱饭而满足，，，
