首先，宋高宗赵构绝嗣，无奈之下只能选择宗室子弟继承皇位。
宋高宗本人能够生育，有儿有女，不过，因为南宋初建，金兵经常来犯，宋高宗以及皇子皇妃经常处于惊慌逃亡生活中。另外，宋高宗身边的护卫也并不忠心，后来更爆发兵变，要废掉宋高宗，拥立小皇子。这次兵变史称苗刘之变。
因韩世忠仗义勤王，苗刘之变被镇压，不过，宋高宗因为受到惊吓，却失去了能力。以后，御医多番救治，始终未见好转。小皇子也因为感染风寒，幼年夭折。
在没有儿子的情况下，宋高宗接受大臣请求，效仿宋仁宗，将宗室子弟养在宫中。若自己以后生下儿子，就将宗室子弟外放。若没有生下儿子，万一皇帝发生意外，江山也不会无人继承。
其次，宋太宗一脉的宗室，基本上被金国掳走。
金国大军在攻破开封之后，不但是把宋徽宗以及在京城的所有皇子全部掳走，并且将在京城的宋太宗一脉的全部宗室子弟都掳走。
因此，皇子当中除了宋高宗因为出使金国，在当时并不在京城，恰恰躲过一劫外，宋徽宗一脉几乎死绝。
当然，在金国押解诸位宗室北上期间，有个别宗室子弟在一些人的保护下偷偷逃离，并且在北方找到了依附势力，并竖起大旗反抗金国。一些人甚至试图与宋高宗叫板，争夺皇位正统继承权。
其三，宋太祖一脉多已经没落。
在追随宋高宗逃到江南的残存宗室中，还是有一些势力较大的宋太宗一脉。比如为岳飞一案叫冤的一位宗室王爷，就是宋太宗一脉，宋英宗后人，在宋徽宗时代更担任过宗正这样的重要职位。
正因为这些人在宋徽宗、宋钦宗朝势力较大，他们的子孙也就不容易掌控。
反观宋太祖的子孙，因为一百多年的血脉传承，他们与京城皇族的关系已经极为淡漠。就如宋孝宗，小时候的生活就是玩泥巴，家中穷苦得很。无论他的父系还是母系，都是普通百姓，根本不会对宋高宗的皇位产生任何威胁。
因此，宋高宗才会放心将他养在宫中，让他的宠妃认下宋孝宗作为养子。不过，即便如此，宋高宗也一直在努力生孩子，一直到自己五十多岁，已经没希望了，快要退位前不久，方才正式敕封宋孝宗为皇子，给宋孝宗正式的名分。
总之，因为选择宋太祖一脉最符合自己的利益，宋高宗才会做出那样的选择！
