一只蜥蜴手握功夫熊猫的天会法杖，开启了通往灵界的神秘之门。它借此将功夫熊猫西域的宿敌们一一召唤而出，凭借自己灵活的长舌，将敌人的绝技一一化为己用。不久，它便施展了大龙的独门绝技～点穴手，成功制服了大龙，并将其囚禁于特制的牢笼中，使其彻底失去反抗之力。最终，它竟然汇聚了各路武学高手的绝技，化身为一只令人胆寒的怪物。面对如此强大的对手，功夫熊猫阿宝又将如何应对呢？
这一天，阿宝正忙于为老爹的面店代言，突然被师傅找到，被告知必须尽快选出下一任的神龙大侠继承者。因为只有这样，阿宝才能全身心投入修炼，将功夫提升到前所未有的高度，成为和平谷的精神领袖，像曾经的乌龟大师一样，守护山谷，传递智慧，点燃希望。阿宝却对神龙大侠的头衔恋恋不舍，陶醉于人们的崇拜与敬仰之中，对于如何传授智慧给他人更是一筹莫展。
在师父的催促下，阿宝无奈与师父一同出席和平谷的神龙大侠继承大会。会场上，众人纷纷使出浑身解数，展示自己的独门绝技。才艺展示结束后，师父郑重宣布，将由神龙大侠阿宝来选出下一任的接班人。在观众的欢呼声和师父的催促下，阿宝被逼到了不得不做出选择的境地。经过一番激烈的讨论，师父也感到无可奈何，阿宝只能叹息着离开会场。就在这时，阿宝敏锐地察觉到一个身影悄悄潜入了英雄大厅，他立刻推门而入，准备一探究竟。
最后阿宝也打开了灵界大门，目送妖兽回到灵界，很难想象魅影妖后去到灵界会受到怎样的遭遇。回到和平谷后，阿宝将要传位于小珍的消息告诉了师傅，师傅气得直接去冥想了。至此，影片结束。
