这个故事发生在东京八丈岛附近的海域，那里将要启动一座全球各地警方监控相连的先进设施——“太平洋浮标”。来自世界各地的工程师们齐聚一堂，为了与欧洲刑警组织联网而努力。与此同时，一项基于人脸识别的全新黑科技也正在测试阶段...与此同时，柯南和他的伙伴们前往八丈岛进行观鲸之旅。在途中，柯南接到了冲矢昴（赤井秀一）的电话，得知欧洲刑警组织成员在德国惨遭琴酒*害。为了调查真相，柯南决定潜入“太平洋浮标”。就在工程师们忙着准备系统启动时，突然发生了一起案件！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中拥有核心技术的U盘也被黑暗组织夺走！与此同时，水下传来了未知潜水艇逼近的声音，让人感到毛骨悚然，而一个神秘的黑影也在悄悄接近灰原哀…
这部作品将名侦探柯南、FBI和警察与黑暗组织展开了一场多方计谋的对决，最终演变为一场红黑大战。危险的“潘多拉魔盒”终于被打开，尘封已久的秘密即将浮出水面。故事发生在东京八丈岛附近的海域，那里即将启动一座全球各地警方监控相连的高科技设施——“太平洋浮标”。
为了与欧洲刑警组织联网，来自世界各地的工程师汇聚于此。同时，一项基于人脸识别的全新黑科技也正在测试中...与此同时，柯南和他的伙伴们前往八丈岛观鲸。途中，柯南接到了冲矢昴（赤井秀一）的电话，得知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒*害。而为了调查真相，柯南则选择潜入“太平洋浮标”。就在工程师们正在为系统启动做准备时，突然一起案件发生了！一位女工程师被黑暗组织绑架，她手中的核心技术U盘也落入了他们的手中！
与此同时，少年侦探团、FBI以及警察等几个大阵营同时登场，纷纷展开计谋较量，火力PK，一场红黑大战即将爆发，成为海上巅峰之战！随着剧情的回归，柯南再次与黑暗组织展开对垒。
强大的角色阵容、曲折的推理情节、颠覆想象的“柯学”黑科技以及壮观的海陆激战，这部柯南剧场版深受观众喜爱，获得了超高的满意度。观众们纷纷表示，“看完这部电影让我重拾了对柯南的初心”，“黑暗组织的回归带来了很多亮点”，“这是首部百亿柯南电影，见证了历史时刻”！
