作为一款更加专注于“区域经济“发展的模拟经营类游戏，《海岛大亨6》中，玩家统治的将是一套升级过的群岛系统。随着领土的扩大，玩家所需要管理的内容和领域也变得越来越多，而每个岛上所存在的资源的不均衡，也为玩家发出了新的挑战和任务目标。
新的群岛系统提供了大量异国风光的岛屿，但这些拥有大量资源的岛屿，却没有太多的平地来建造大型区域，玩家唯有通过在修建相关设施时更为合理的使用可建造区域，来尽可能的优化资源的采集与种植。
可以建造的资源型建筑大体分为采集和生产两大类。玩家可以根据不同岛屿所拥有的特产资源来打造一个完整的产业链闭环，最终甚至能通过群岛的生产力发展来最终影响整个地区的推进。
与前几代不同，《海岛大亨6》支持岛民们可以推翻总统。随着时间的推移，玩家治下的群岛也会进入不同的时代，随之而来的便是民众对生活需求的提升，一旦玩家无法满足，民众的满意度就会持续下降，最终导致总统被推翻。在游戏中后期，政治因素成为了岛屿发展的重要一环，甚至没有之一。
